利用Lammps ReaxFF研究反应动力学一例

maoxinxina · 发表于 Post on 2024-4-11 14:30:50

把文献中的力场文件输入后，又得到了新的报错ERROR on proc 0: step 2: ran out of space on angle_list: top=16000, max=14179 (src/REAXFF/reaxff_valence_angles.cpp:381)

neoje · 发表于 Post on 2024-4-14 00:45:15

maoxinxina 发表于 2024-4-11 14:30
把文献中的力场文件输入后，又得到了新的报错ERROR on proc 0: step 2: ran out of space on angle_list: t ...

您好，能请问下这篇文献是哪篇文献吗

maoxinxina · 发表于 Post on 2024-4-15 08:27:56

neoje 发表于 2024-4-14 00:45
您好，能请问下这篇文献是哪篇文献吗

在Amber官网里面的力场文件中能找到这篇文献的来源。

neoje · 发表于 Post on 2024-4-15 12:41:19

maoxinxina 发表于 2024-4-15 08:27
在Amber官网里面的力场文件中能找到这篇文献的来源。

好的好的，谢谢！

王五 · 发表于 Post on 2024-6-9 23:58:06

本帖最后由王五于 2024-6-10 09:30 编辑

老师您好，感谢您的分享，我在重复您模拟的过程中出现了一些问题，不知如何解决，不知您可否不吝赐教。模拟过程中的in文件和结构文件如上传文件所示，问题：1）在模拟的结果中，并未发现C16，甚至C10以上的物质都很少，不知道是哪一步出现了错误？2）在利用reaxff模拟热解乙炔之前是否要先进行动力学平衡？

Graphite · 发表于 Post on 2024-6-10 09:51:07

王五发表于 2024-6-9 23:58
老师您好，感谢您的分享，我在重复您模拟的过程中出现了一些问题，不知如何解决，不知您可否不吝赐教。模拟 ...

（1）这个倒没什么错不错的，用的模型、力场文件和我本就不一样。不过data文件里面边界是341A，物质实际却填充在大概<30A的范围内，是有意为之吗？
（2) 和其他模拟的判断方式一样。

张德胜 · 发表于 Post on 2024-6-10 11:33:50

Graphite 发表于 2024-6-10 09:51
（1）这个倒没什么错不错的，用的模型、力场文件和我本就不一样。不过data文件里面边界是341A，物质实际 ...

您前面的例子盒子尺寸不就是341.5A么，应该是按照您的数据进行重复的。

Graphite · 发表于 Post on 2024-6-10 16:49:14

张德胜发表于 2024-6-10 11:33
您前面的例子盒子尺寸不就是341.5A么，应该是按照您的数据进行重复的。

我那体系是均匀分布的，是个稀疏气相。他这个一开始所有分子就压在不到盒子边界1%的体积里。

Q1ngKl · 发表于 Post on 2024-7-9 15:07:39

请问文中提到的关于bonds和species输出可以在跑完拿到轨迹后重跑获取，具体是怎么操作呢？
是指写一个只dump路径信息的in文件跑完，然后再用个输出bonds和species文件的in文件再跑一遍吗？

Graphite · 发表于 Post on 2024-7-9 22:20:11

本帖最后由 Graphite 于 2024-7-9 22:24 编辑

Q1ngKl 发表于 2024-7-9 15:07
请问文中提到的关于bonds和species输出可以在跑完拿到轨迹后重跑获取，具体是怎么操作呢？
是指写一个只du ...

对，最后不是run（步数），而是rerun (相应指令）（相应轨迹）
注意轨迹得够密，如500帧或1000帧，然后reax/c/bonds和reax/c/species的频率和轨迹的频率一致。
如果对bonds和species的采样方式有一些要求（比如reax/c/species每100步采样1次，5次取平均，500步输出一次这种），那么最好还是正常跑的时候输出。

如果你的体系不是特别复杂，只是需要得到物种变化规律，可以用我另一个帖子提供的工具计算物种（0.9版本）。目前只是用van der Waals半径决定分子连接性，所以不太适合特别复杂的结构。这个夏天之后会更新到基于图论的分子识别。也可以用reactnetgenerator，它也可以直接读dump轨迹。

Q1ngKl · 发表于 Post on 2024-7-10 13:10:19

Graphite 发表于 2024-7-9 22:20
对，最后不是run（步数），而是rerun (相应指令）（相应轨迹）
注意轨迹得够密，如500帧或1000帧，然后r ...

好的，非常感谢您的解答

ddddnight · 发表于 Post on 2024-9-17 22:52:21

# 判断类型1-1、1-2、2-2（也就是C-C、C-H、H-H）成键的键级判据设为0.55、0.4、0.55
老师您好，你这个地方写的是C-C成键的键级判断设为了0.55，我在有些文章里面看PP、PE塑料的热解过程中，对于C-C键的键级判断是0.3，这杨合理吗？这个热解键级判据应该怎么设置呢？
(我参考论文中是这么写的：fix 4 all reaxff/species 1 100 1000 species.out element Cu H C C cutoff 3 3 0.3）

Graphite · 发表于 Post on 2024-9-18 19:38:34

ddddnight 发表于 2024-9-17 22:52
# 判断类型1-1、1-2、2-2（也就是C-C、C-H、H-H）成键的键级判据设为0.55、0.4、0.55
老师您好，你这个地 ...

本质上是对键的判定严格不严格。很多文献和文章、ppt常用的是0.3，这意味着成键判定很松。但其实据我挖掘的结果，单纯是很早一篇文献用的0.3，然后lammps默认值是0.3，被沿用下来而已。
像gview/vmd/ovito之类的可视化软件，读取xyz/gro这类没有键定义的坐标文件时，会给<1.6 A/<1.7 A的两个碳之间加个键，和这其实是一码事。
这个值可以调，我这里写成0.55只是因为认为我这个问题（加热小分子合成大分子）应该判定严格一些，免得强静电吸附、半成键不成键的状态被当做成键。关键是道理能说得通、对比的对象保持一致。

ddddnight · 发表于 Post on 2024-9-18 21:02:07

Graphite 发表于 2024-9-18 19:38
本质上是对键的判定严格不严格。很多文献和文章、ppt常用的是0.3，这意味着成键判定很松。但其实据我挖掘 ...

好的老师，明白了，感谢您的回答！

筛石灰 · 发表于 Post on 2024-9-20 21:45:16

请问老师，lammps reaxff力场可以在windows系统下跑吗

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