利用Lammps ReaxFF研究反应动力学一例

Graphite

筛石灰 发表于 2024-9-20 21:45
请问老师，lammps reaxff力场可以在windows系统下跑吗

LAMMPS的所有功能都能在windows下编译使用，但是何必呢

QQi

老师您好，请问这个乙炔热解的例子有相关的文献吗，想学习一下

Uus/pMeC6H4-/キ

Graphite 发表于 2023-7-21 13:20:24
# 设置系综，NVE系综仅作为时间积分使用，用fix temp/rescale对温度实施硬控。（不等于CSVR/V-rescale，不一定适合别的体系)
# 根据温度（1373K）设置初始速度和随机数种子。
fix ensemble         all nve
fix vrescale         all temp/rescale 10 1373 1373 1.1 1.0
velocity        all create 1373 114514

你好，我有个基础问题，想确认一下Lammps用Bussi的CSVR热浴跑NVT的分子动力学要怎么设置。

阅读Lammps手册知道fix nvt默认用Nose-Hoover热浴，同时实现控温和时间积分；而fix temp/csvr用CSVR热浴，只有控温功能而没有时间积分，需要按Thermostats页所说联用fix nve做时间积分来让原子动起来。fix nve默认采用velocity Verlet算法，在有PBC且没有修改受力或速度的fix时产生符合微正则系综的轨迹。

按我的理解是应该如下书写指令：

fix 1 all nve
fix 1 all temp/csvr 360 360 100.0 123456789

主要不确定的在于顺序是不是不能颠倒（会变成NVE），以及这个all作为group ID是否需要提前用set group之类的设置。

Graphite

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-10-18 17:10
你好，我有个基础问题，想确认一下Lammps用Bussi的CSVR热浴跑NVT的分子动力学要怎么设置。

阅读Lammps ...

你说的没错。程序上fix nve只是时间积分。nvt就是nve又挂了个Nose-Hoover恒温。其实只是lammps开发者钦定了这种简便写法。

你也可以像fix nve + fix temp/berendsen + fix press/berendsen，得到的就是NpT系综。

能不能颠倒我没试过，正常是先写nve。all是保留关键字，在任何时候下都表示所有原子。

gavin1113

您好，我是新手，请问可以发一下“ffield.reax.chon.2019.params”这个力场文件吗