利用Lammps ReaxFF研究反应动力学一例

Graphite

筛石灰 发表于 2024-9-20 21:45
请问老师，lammps reaxff力场可以在windows系统下跑吗

LAMMPS的所有功能都能在windows下编译使用，但是何必呢

QQi

老师您好，请问这个乙炔热解的例子有相关的文献吗，想学习一下

Uus/pMeC6H4-/キ

Graphite 发表于 2023-7-21 13:20:24
# 设置系综，NVE系综仅作为时间积分使用，用fix temp/rescale对温度实施硬控。（不等于CSVR/V-rescale，不一定适合别的体系)
# 根据温度（1373K）设置初始速度和随机数种子。
fix ensemble         all nve
fix vrescale         all temp/rescale 10 1373 1373 1.1 1.0
velocity        all create 1373 114514

你好，我有个基础问题，想确认一下Lammps用Bussi的CSVR热浴跑NVT的分子动力学要怎么设置。

阅读Lammps手册知道fix nvt默认用Nose-Hoover热浴，同时实现控温和时间积分；而fix temp/csvr用CSVR热浴，只有控温功能而没有时间积分，需要按Thermostats页所说联用fix nve做时间积分来让原子动起来。fix nve默认采用velocity Verlet算法，在有PBC且没有修改受力或速度的fix时产生符合微正则系综的轨迹。

按我的理解是应该如下书写指令：

fix 1 all nve
fix 1 all temp/csvr 360 360 100.0 123456789

主要不确定的在于顺序是不是不能颠倒（会变成NVE），以及这个all作为group ID是否需要提前用set group之类的设置。

Graphite

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-10-18 17:10
你好，我有个基础问题，想确认一下Lammps用Bussi的CSVR热浴跑NVT的分子动力学要怎么设置。

阅读Lammps ...

你说的没错。程序上fix nve只是时间积分。nvt就是nve又挂了个Nose-Hoover恒温。其实只是lammps开发者钦定了这种简便写法。

你也可以像fix nve + fix temp/berendsen + fix press/berendsen，得到的就是NpT系综。

能不能颠倒我没试过，正常是先写nve。all是保留关键字，在任何时候下都表示所有原子。

gavin1113

您好，我是新手，请问可以发一下“ffield.reax.chon.2019.params”这个力场文件吗

guoqizhi

老师，请问这个in文件为什么没有进行弛豫？

lbl

老师您好，我想知道该怎么rerun呢，我在rerun的时候出现了丢失原子的报错，正常跑则没有这个报错，而且我rerun出来的species文件中没有形成团簇，只有单个原子，我想知道该怎么解决呢？

菲比的洪均

老师您好，最近在使用LAMMPS的时候遇到了一个问题，就是在计算一个只包含CHN三种元素的体系在高温下的分解路径时，在弛豫阶段体系就会发生分解，请问您有什么解决办法来防止体系在弛豫阶段的分解吗

Graphite

菲比的洪均 发表于 2025-3-13 11:33
老师您好，最近在使用LAMMPS的时候遇到了一个问题，就是在计算一个只包含CHN三种元素的体系在高温下的分解 ...

弛豫阶段别加高温，或者初始建模就不合理。

Gonglinquan

您好，我最近在使用您开发的reaxff_species.py代码进行物种数据的清洗，这个代码在一个较小的species.out文件，1M左右，能够正常得到输出结果，但在另一个较大的文件，有10M左右，却只能将所有原子视为一个分子，无法进行详细识别，请问这可能是什么原因造成的呢？

Graphite

Gonglinquan 发表于 2025-4-11 22:31
您好，我最近在使用您开发的reaxff_species.py代码进行物种数据的清洗，这个代码在一个较小的species.out文 ...

0.3版本已经不再维护，请用最新版本

TinnKuka

老师好，请问为什么我跑完后rerun dump file的时候fix reaxff/species 输出的是单个原子呢？像这样：
#  Timestep    No_Moles    No_Specs           O           C           O           C           H           C           O           H
       1000        5550           8         500         500         500        1500        2020         510          10          10

我试过更改cutoff结果不变。

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已解决！我的fix reaxff/species 刚开始Nevery Nrepeat Nfreq设置的是 10 10 1000， 改成 1 1 1000 就好了。

yjb

运用老师的输入文件，报错
ERROR: Computed temperature for fix temp/rescale cannot be 0.0 (src/fix_temp_rescale.cpp:136)
输入文件如下：
fix ensemble         all nve
fix vrescale        all temp/rescale 10 600.0 600.0 10.0 1.0
velocity        all create 600.0 114514
明明设置了温度为600不知道为什么还是报错。

Graphite

yjb 发表于 2025-5-9 21:51
运用老师的输入文件，报错
ERROR: Computed temperature for fix temp/rescale cannot be 0.0 (src/fix_te ...

1.可能是文件保存或者同步问题，这里识别成0.0了
2.看fix temp/rescale的手册，window=10.0其实没意义，而且前面也说了temp/rescale不一定适合所有体系，体系不特殊的话正常的nose-hoover或者csvr恒温器就可以。

yjb

Graphite 发表于 2025-5-12 12:50
1.可能是文件保存或者同步问题，这里识别成0.0了
2.看fix temp/rescale的手册，window=10.0其实没意义， ...

谢谢 老师