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[综合交流] 求助利用ORCA+Multiwfn生成小分子的RESP原子电荷时遇到forrtl: severe (24)报错问题

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楼主
各位老师好:
       初学分子动力学模拟,利用 ORCA+Multiwfn 生成小分子的 RESP 原子电荷(学习Sobereva老师ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本”操作)
       在将RESP_ORCA.sh拷贝至工作目录,使用chmod +x ./RESP_ORCA.sh加权。将小分子PDB结构文件也拷到当前目录。然后运行:./RESP_ORCA.sh JZ4.mol2./RESP_ORCA.sh nrp1noh.pdb
       结果出现了以下报错信息:

forrtl: severe (24): end-of-file during read, unit -4, file /proc/279851/fd/0
Image              PC                Routine            Line        Source            
Multiwfn           000000000208F84B  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           00000000020BE6F2  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           0000000000856256  Unknown               Unknown  Unknown
Multiwfn           0000000000431822  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.31.so       00001458FB81B083  __libc_start_main     Unknown  Unknown
Multiwfn           0000000000431729  Unknown               Unknown  Unknown
awk: cannot open tmp.xyz (No such file or directory)
rm: 无法删除 'tmp.xyz': 没有那个文件或目录
Running optimization task via ORCA...
[file orca_tools/Tool-Misc/qccc2ic.cpp, line 640]: No atoms to convert in Cartesian2Internal

The optimization task has failed! Please check content of opt.out to find reason
The script is terminated
rm: 无法删除 'opt_*': 没有那个文件或目录

       请教各位老师,应当如何理解本则报错,怎么进行修改呢?

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发表于 Post on 2023-7-29 16:01:49 | 只看该作者 Only view this author
./RESP_ORCA.sh JZ4.mol2./RESP_ORCA.sh nrp1noh.pdb 显然没法这么运行
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-29 16:05:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-29 16:01
./RESP_ORCA.sh JZ4.mol2./RESP_ORCA.sh nrp1noh.pdb 显然没法这么运行

对不起老师,没有检查好自己的问题就莽撞发出,耽误老师们的精力。我的命令是:./RESP_ORCA.sh nrp1noh.pdb

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发表于 Post on 2023-7-29 16:12:23 | 只看该作者 Only view this author
ccyyxx 发表于 2023-7-29 16:05
对不起老师,没有检查好自己的问题就莽撞发出,耽误老师们的精力。我的命令是:./RESP_ORCA.sh nrp1noh.p ...

你还要指定电荷和自旋多重度才行
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2023-7-29 16:18:57 | 只看该作者 Only view this author
ccyyxx 发表于 2023-7-29 16:05
对不起老师,没有检查好自己的问题就莽撞发出,耽误老师们的精力。我的命令是:./RESP_ORCA.sh nrp1noh.p ...

启动Multiwfn后载入此pdb文件,进主功能0,确认文件合理、能正常载入Multiwfn
确保Multiwfn用的是最新版本
脚本默认电荷为0,自旋多重度为1,确认对当前体系是否合适
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-29 18:00:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-7-29 16:18
启动Multiwfn后载入此pdb文件,进主功能0,确认文件合理、能正常载入Multiwfn
确保Multiwfn用的是最新版 ...

谢谢老师。Multiwfn下的新版3.8,试了一下,此PDB文件也能够正常载入Multiwfn。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-29 18:03:05 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-7-29 16:12
你还要指定电荷和自旋多重度才行

谢谢老师。我用的是默认的电荷和自旋多重度。我再查询一下相关资料,给体系设定一个适合的电荷跟多重度参数,看能否解决。

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发表于 Post on 2023-7-29 19:19:21 | 只看该作者 Only view this author
ccyyxx 发表于 2023-7-29 18:00
谢谢老师。Multiwfn下的新版3.8,试了一下,此PDB文件也能够正常载入Multiwfn。

3.8至今尚未发布过

不涉及隐私的话,最好把pdb文件上传,便于别人检验
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