(已弃用)GROMACS中伞型采样实例-以分子跨越皮肤为例（附code）

juddtrump · 发表于 Post on 2024-6-20 20:58:40

iscadye 发表于 2024-5-21 17:21
老师您好，我在运行第一个脚本的过程中出现下面的报错，请问可以帮忙解答一下吗，打扰了
Invalid command- ...

请问如何解决？我第一脚本运行就错了，和您的这个比较类似

含光君 · 发表于 Post on 2024-8-19 11:27:43

非常好的教程，我看到pull.sh脚本中算了两段轨迹，mdp文件分别是npt_pull.mdp和prd_pull.mdp，请问这两段模拟分别是什么目的呢？

含光君 · 发表于 Post on 2024-8-19 11:28:05

非常好的教程，我看到pull.sh脚本中算了两段轨迹，mdp文件分别是npt_pull.mdp和prd_pull.mdp，请问这两段模拟分别是什么目的呢？

yxdd98 · 发表于 Post on 2024-8-19 14:23:33

含光君发表于 2024-8-19 11:28
非常好的教程，我看到pull.sh脚本中算了两段轨迹，mdp文件分别是npt_pull.mdp和prd_pull.mdp，请问这两段模 ...

npt_pull是平衡体系，prd_pull是进行采样

含光君 · 发表于 Post on 2024-8-19 14:30:00

yxdd98 发表于 2024-8-19 14:23
npt_pull是平衡体系，prd_pull是进行采样

噢噢，非常感谢！

含光君 · 发表于 Post on 2024-8-20 14:02:37

您好，我还有个问题，就是我在把一个分子从液相经过表面活性剂拉到气相的过程中，发现分子来到气相后在xy方向速度比较大，远大于z方向的拉动速度，导致轨迹看起来比较诡异。请问这样的话会不会对PMF结果有影响？需不需要在mdp文件中做额外处理呢？

hamengde · 发表于 Post on 2025-5-1 20:39:36

ppisoncomputer 发表于 2024-6-18 16:17
求教我进行完施加限制这一步之后想问一下如何制作跨膜分子和膜的复合物体系的拓扑文件呢？

同问

zxhuizhang · 发表于 Post on 2025-9-23 09:39:24

大佬这个方法弃用了，有新的方法吗？

jingjinghou · 发表于 Post on 2025-12-16 10:12:32

JCenter 发表于 2024-6-20 19:40
想问下您：该贴中PMF图中PMF曲线的error bar是怎么做的呢。和使用gmx wham命令行中-bsres输出的bsProfs.xvg ...

请问您有答案了么？我也有同样疑惑

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