计算得到的PMF曲线很奇怪

社会主义小战士

如图所示，计算了两个小分子接触的PMF曲线（下图），采样间隔是0.1 nm，每个窗口1 ns，最后取的是500ps - 1000ps的数据计算的PMF，这种现象是因为采样间隔不合适么?

Acee

1. 采样间隔距离太远，你histo里面的窗口几乎都没有重叠，所以你下面计算出来的pmf是断断续续的，因为部分距离是没有数据的。
2. 如果是要模拟两个分子接触的过程，可以提前在pull code里面定义好初始距离。通过shell脚本设定距离变化规则，然后进行模拟，这样可以轻松获得分子二聚过程pmf
3. 可以参考下面两个博文
http://bbs.keinsci.com/thread-36490-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-40609-1-1.html