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[综合交流] 如何在VMD中显示Martini粗粒化后蛋白质的成键呢?

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楼主
大家好,最近在用Martini力场并结合弹性网络(ENM)进行蛋白质的粗粒化模拟。
但是粗粒化模拟后,不知道怎么显示Martini的成键连接。
尝试使用官网提供的cg_bonds_v5.tcl,但总是报错,报错信息是,atomsel: setbonds: Need one bondlist for each selected atom.
又尝试使用gromacs中的trjconv工具,添加-conect选项,输出蛋白质pdb文件的conect信息,但VMD导入显示明显有过连接现象,如下图圈中所示,不知道什么原因
请问大家有什么比较好的方法吗?

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2#
发表于 Post on 2023-11-9 14:19:32 | 只看该作者 Only view this author
可以考虑使用parmed工具将gromacs的top文件转化成amber的prmtop文件,VMD可以直接读取prmtop中的键信息,然后再加载轨迹就可以显示了

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发表于 Post on 2023-11-9 18:09:38 | 只看该作者 Only view this author
http://bbs.keinsci.com/thread-37839-1-1.html里提供的插件,可以直接让VMD从gromacs的tpr文件里载入连接关系,不需要折腾了
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发表于 Post on 2023-11-23 21:41:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-9 18:09
用http://bbs.keinsci.com/thread-37839-1-1.html里提供的插件,可以直接让VMD从gromacs的tpr文件里载入连 ...

请问这个脚本如何读取tpr文件啊?

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发表于 Post on 2023-11-24 01:59:55 | 只看该作者 Only view this author
zdworld 发表于 2023-11-23 21:41
请问这个脚本如何读取tpr文件啊?

明明是插件,哪是脚本
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发表于 Post on 2023-11-24 11:10:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-24 01:59
明明是插件,哪是脚本

写错了,这个插件我vmd prod.gro prod.xtc prod.tpr会报错,正确的导入拓扑姿势应该是啥样的呢?

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发表于 Post on 2023-11-25 01:14:17 | 只看该作者 Only view this author
zdworld 发表于 2023-11-24 11:10
写错了,这个插件我vmd prod.gro prod.xtc prod.tpr会报错,正确的导入拓扑姿势应该是啥样的呢?

VMD图形窗口,file里选打开文件,载入tpr
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发表于 Post on 2023-11-26 01:04:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-25 01:14
VMD图形窗口,file里选打开文件,载入tpr

谢谢社长

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