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[综合交流] NWChem计算碰撞截面问题

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本帖最后由 SAI 于 2016-12-2 20:00 编辑

正在学习使用NWChem6.6,准备计算。由于专业不是化学,渴望获得一定的指导。在NWChem的手册里DFT部分似乎没有看到,感到很困难。希望各位大手不吝赐教

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发表于 Post on 2016-9-27 00:16:29 | 只看该作者 Only view this author
碰撞截面的计算不会在任何一个主流量化程序里作为现成的功能出现、有现成的选项,没有那么简单的事靠一个关键词就搞定,这属于相对高阶一些的问题,必须自行想办法弄
要弄清楚碰撞截面的物理含义,以及从头算动力学的原理和操作,然后自己写个程序/脚本,反复调用量化程序做大量从头算动力学模拟,令每次相对运动方式都有所不同,然后进行统计得到碰撞截面。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-9-27 20:45:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-27 00:16
碰撞截面的计算不会在任何一个主流量化程序里作为现成的功能出现、有现成的选项,没有那么简单的事靠一个关 ...

非常感谢您的指导!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-17 17:03:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-27 00:16
碰撞截面的计算不会在任何一个主流量化程序里作为现成的功能出现、有现成的选项,没有那么简单的事靠一个关 ...

sob老师,参照了您之前在论坛上讲解过得NWChem的Mulliken analysis的帖子,我也尝试着进行了计算,希望与文献中的结果能有个对比。但是对于文献中的结果不太明白。文献中对于这一步的计算以水为例,有这样一个表格(附图)。不是很理解其中的意思,以及无法与NWChem计算结果对照起来,希望您能指导一下。

QQ图片20161017165904.png (28.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 83)

图1

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发表于 Post on 2016-10-18 04:38:40 | 只看该作者 Only view this author
SAI 发表于 2016-10-17 17:03
sob老师,参照了您之前在论坛上讲解过得NWChem的Mulliken analysis的帖子,我也尝试着进行了计算,希望与 ...

就是计算水分子时候,会给出各种分子轨道。1b1之类就是轨道不可约表示,2electrons代表轨道是双占据的,Ej是轨道能量,O(2p),2.00就是指这个分子轨道是O的2p原子轨道构成的,这个O(2p)的布居数是2.0
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-18 15:47:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 SAI 于 2016-10-18 15:50 编辑
sobereva 发表于 2016-10-18 04:38
就是计算水分子时候,会给出各种分子轨道。1b1之类就是轨道不可约表示,2electrons代表轨道是双占据的,E ...

那么,sob老师,这个计算在NWChem中该如何实现呢?或者别的软件也可以?(专业不是化学。。。问这些真的是很不好意思,给您添麻烦了)
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发表于 Post on 2016-10-18 21:44:02 | 只看该作者 Only view this author
SAI 发表于 2016-10-18 15:47
那么,sob老师,这个计算在NWChem中该如何实现呢?或者别的软件也可以?(专业不是化学。。。问这些真的 ...

不是专门做计算化学的强烈建议先从最好用、大家用得最多的Gaussian入手。
Gaussian里用pop=full关键词就会输出每个分子轨道的不可约表示、轨道能量。看图轨道图形的方法:
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269

分子轨道是怎么由原子轨道构成的,简单情况看看轨道图形就能判断,不好判断时要用Multiwfn做轨道成分分析,见
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-10-28 17:09:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-18 21:44
不是专门做计算化学的强烈建议先从最好用、大家用得最多的Gaussian入手。
Gaussian里用pop=full关键词就 ...

sob老师您好,按照您的建议,我尝试着使用了Gaussian,发现其输出不太看得懂(不知道如何对应查看分子轨道的不可约表示、轨道能量等)。是否应当利用《谈谈轨道成分的计算方法》文中第6节介绍的使用Multiwfn的方法?其结果又该如何解读?

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发表于 Post on 2016-10-28 21:06:53 | 只看该作者 Only view this author
SAI 发表于 2016-10-28 17:09
sob老师您好,按照您的建议,我尝试着使用了Gaussian,发现其输出不太看得懂(不知道如何对应查看分子轨 ...

就是诸如这些。不可约表示看不懂就看看基本的群论书,比如科顿的《群论在化学中的应用》

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发表于 Post on 2016-11-1 19:18:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-9-27 00:16
碰撞截面的计算不会在任何一个主流量化程序里作为现成的功能出现、有现成的选项,没有那么简单的事靠一个关 ...

sob老师,有没有相关的人在做用量化程序模拟碰撞截面的工作?我想了解下。

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发表于 Post on 2016-11-1 19:31:50 | 只看该作者 Only view this author
Eric 发表于 2016-11-1 19:18
sob老师,有没有相关的人在做用量化程序模拟碰撞截面的工作?我想了解下。

我没专门关注过
可能张东辉/张增辉他们有过相关的工作
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发表于 Post on 2016-11-1 20:11:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-11-1 19:31
我没专门关注过
可能张东辉/张增辉他们有过相关的工作

多谢!我了解下子。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-2 13:48:16 | 只看该作者 Only view this author
Eric 发表于 2016-11-1 19:18
sob老师,有没有相关的人在做用量化程序模拟碰撞截面的工作?我想了解下。

请问你是在做这方面的工作吗?

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发表于 Post on 2016-11-2 14:22:51 | 只看该作者 Only view this author
SAI 发表于 2016-11-2 13:48
请问你是在做这方面的工作吗?

想做,但还没找到很好的方法做。你在做这方面的工作吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-11-8 16:47:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-10-18 21:44
不是专门做计算化学的强烈建议先从最好用、大家用得最多的Gaussian入手。
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sob老师,按照您的指导,我使用了Multiwfn,得到了一定的结果。在查看一个轨道的时候,图1这样的结果该如何解读?我该如何把它总结成如4楼我上传的图片中的结果,要如何确定其中氧原子轨道的成分?(结果中有S,P的区分,但是如何确定此处就是2s?)  关于分子轨道这一块,您提出的《群论在化学中的应用》,还该阅读哪些书籍来填补基础知识?

另外,关于确定气体(比如CnF2nO)在特定温度、压力下的分解产物,该朝哪个方向去尝试?

非常感谢您的指导!

QQ图片20161108163611.png (24.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 67)

图1

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