一个小分子Gaussian优化后为什么多了一个键啊，我应该优化后用Gview删掉吗？

linguotai · 发表于 Post on 2023-12-2 16:42:24

求助：刚接触量子化学，一个小分子优化后为什么多了一个键啊，就是氧原子和氢原子之间，我应该优化后用Gview删掉吗

牧生 · 发表于 Post on 2023-12-2 18:25:22

初始结构中，这两个原子靠的有点近，导致优化后显示成键。结果大概率是不可用的，

解决办法：优化前把这两个原子拖远一点。

Mechem · 发表于 Post on 2023-12-2 19:29:21

gview通过原子间的几何距离判断成键，显示出的键不一定有意义，不用管它。
参考此文。http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-12-2 19:54:32

你打开的是chk/fchk/out/log哪个文件？这个O..H距离是多少？

linguotai · 发表于 Post on 2023-12-2 20:14:55

Mechem 发表于 2023-12-2 19:29
gview通过原子间的几何距离判断成键，显示出的键不一定有意义，不用管它。
参考此文。http://sobereva.com ...

谢谢！我仔细看一下这个

linguotai · 发表于 Post on 2023-12-2 20:15:32

牧生发表于 2023-12-2 18:25
初始结构中，这两个原子靠的有点近，导致优化后显示成键。结果大概率是不可用的，

解决办法：优化前把这 ...

谢谢！我试试再算一次

linguotai · 发表于 Post on 2023-12-2 20:16:21

zjxitcc 发表于 2023-12-2 19:54
你打开的是chk/fchk/out/log哪个文件？这个O..H距离是多少？

.out打开没有问题，.chk打开的是多了一个键

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-12-2 20:28:10

linguotai 发表于 2023-12-2 20:16
.out打开没有问题，.chk打开的是多了一个键

那显示多出来的键没有意义，仔细阅读3L推荐的博文就行。

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-3 00:26:37

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gaussian/Gview” 改了，并且扣5eV作为惩罚。下次直接删帖+禁言

刚接触量子化学的过于初级的问题不要直接发主贴，去本版置顶的简单量子化学问题答疑专帖http://bbs.keinsci.com/thread-33965-1-1.html里通过回帖方式问

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