冰水混合物结冰问题

moni0823 · 发表于 Post on 2023-12-4 23:40:57

本帖最后由 moni0823 于 2023-12-5 09:56 编辑

各位老师同学好，我首先使用了genice产生了一个tip4p-ice冰的模型，然后使用packmol建立了一个上面是冰，下面是10000个水的模型，我试图通过模拟达到结冰的效果。但是我将温度调到了200K，都达不到结冰，在跑模拟的第一帧冰的结构直接就散掉了，不知道是什么情况导致的。是因为冰太少了，水太大了吗？以下是一些文件，希望各位可以帮我看看，给予指导，在此提取感谢。
链接：https://pan.baidu.com/s/1HkuA5Scme2hVj2Xes-AzZg
提取码：w901

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-5 00:46:32

我没时间具体看你的文件，只能告诉你用TIP4P/ice，用诸如下图的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里的结冰例子的模型，在260K下MD都能观察到冰的形成

另外，当前情况根本没必要也不适合用packmol。直接把冰的结构扩出真空区，然后gmx solvate填充水才是最佳做法，远比packmol能填充的理想、致密得多，用起来还更简单

牧生 · 发表于 Post on 2023-12-5 07:40:36

http://bbs.keinsci.com/thread-21545-2-1.html

我以前也有相同的问题，但后来解决了

moni0823 · 发表于 Post on 2023-12-5 09:54:50

牧生发表于 2023-12-5 07:40
http://bbs.keinsci.com/thread-21545-2-1.html

我以前也有相同的问题，但后来解决了

你好，感谢你的回答，我会仔细看你的帖子的，我之前已经做成功过一次结冰模拟，也是根据论坛中的案列和知乎上面的结合起来跑成功了，其初始模型跟社长在二楼中的第一个构型相似，但是我这次重新构建的模型如上图（我重新上传到一楼了）。这次的冰种相对比水很少，但是感觉也不会因为这个导致冰融化的感觉？

moni0823 · 发表于 Post on 2023-12-5 10:09:28

sobereva 发表于 2023-12-5 00:46
我没时间具体看你的文件，只能告诉你用TIP4P/ice，用诸如下图的北京科音分子动力学与GROMACS培训班里的结冰 ...

好的，感谢sob老师，我使用你的方法重新建模一下

Ccc1234 · 发表于 Post on 2024-1-23 20:48:00

老师，这个链接过期了，能否再分享一个连接呀，我近期也想做水结冰的模拟，想交流一下

moni0823 · 发表于 Post on 2024-1-23 20:59:46

Ccc1234 发表于 2024-1-23 20:48
老师，这个链接过期了，能否再分享一个连接呀，我近期也想做水结冰的模拟，想交流一下

链接: https://pan.baidu.com/s/1IUwlNHuyjBgPSyBk0M4QMQ 提取码: x44d

Ccc1234 · 发表于 Post on 2024-1-23 21:49:10

牧生发表于 2023-12-5 07:40
http://bbs.keinsci.com/thread-21545-2-1.html

我以前也有相同的问题，但后来解决了

您有知乎那个案例的网盘链接吗，帖子里的链接过期了。万分感谢！

moni0823 · 发表于 Post on 2024-1-23 21:59:59

Ccc1234 发表于 2024-1-23 21:49
您有知乎那个案例的网盘链接吗，帖子里的链接过期了。万分感谢！

不好意思，那个我也没有

潇潇的kk · 发表于 Post on 2025-5-20 17:40:28

您好老师我最近也是遇到此类问题 200K六角冰也是散掉了，请问您这是怎么解决的呀

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 冰水混合物结冰问题

浏览过的版块