SN2和E2模型反应的势能面计算，怎么回复这样的专家意见？

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-5 20:56:23

计算了一个SN2和E2模型反应的势能面。专家给出了如下意见“本文采用的算法是基于B3LYP泛函结合SMD溶剂化模型。选择这个方法的依据是什么，文中没给出。建议作者详细给出本文计算方法的文献依据；或通过比较典型计算方法的计算结果[比如B3LYP-D3(PCM), M06-D3(SMD)等)，总结出其中较为一致的结论。 ” 我写的文章给出了计算方法，没有写方法的计算原理，引用了参考文献。专家的意思是要把选择泛函和SMD模型的计算原理都写出来的意思吗，但我看类似文献上也没有详细写计算方法原理的，我应该怎么回复哪。另外专家提的B3LYP-D3(PCM), M06-D3(SMD）方法我也有计算，但没有得到一致的结论，是不是我计算的结论的可信度就不够了。我应该怎么回复才不会让专家觉得敷衍哪！谢谢！

pal · 发表于 Post on 2024-1-5 21:03:12

http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-5 21:22:52

pal 发表于 2024-1-5 21:03
http://bbs.keinsci.com/thread-12773-1-1.html

感谢回复，这个帖子之前我也有看，然后我也用B3LYP-D3(SMD)和M062x（SMD）计算了这个体系，但是计算结果不能解释实验结果，用B3LYP（SMD）方法能解释实验结果，然后论文中提到用这几个方法不能得到一致结论，专家觉得可信度不够。怎么证明可信度哪。

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-5 21:28:12

benbenll 发表于 2024-1-5 21:22
感谢回复，这个帖子之前我也有看，然后我也用B3LYP-D3(SMD)和M062x（SMD）计算了这个体系，但是计算结果 ...

我也在更高基组下算单点能、算Gibbs自由能之类的了，我必须得找到一个计算方法能和我的计算方法结果一样才有可信度吗

yflchx · 发表于 Post on 2024-1-5 21:39:10

B3LYP、B3LYP-D3(BJ)算SN2反应的能量不太准，M06-2X、wB97X-D要准确得多，当然目前应该有更好的选择。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-1-5 21:50:23

做显式溶剂化了吗？

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-5 21:50:54

yflchx 发表于 2024-1-5 21:39
B3LYP、B3LYP-D3(BJ)算SN2反应的能量不太准，M06-2X、wB97X-D要准确得多，当然目前应该有更好的选择。

请问更好的选择是啥方法哪，M06-2X也算了，不能解释我的体系的结果

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-5 21:53:42

wzkchem5 发表于 2024-1-5 21:50
做显式溶剂化了吗？

做了，做了1-2个溶剂分子的

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-5 21:59:16

benbenll 发表于 2024-1-5 21:53
做了，做了1-2个溶剂分子的

现在我主要不知道怎么解释我为什么选择这个方法，专家让我解释选择依据

yflchx · 发表于 Post on 2024-1-5 22:01:25

本帖最后由 yflchx 于 2024-1-5 22:02 编辑

benbenll 发表于 2024-1-5 21:50
请问更好的选择是啥方法哪，M06-2X也算了，不能解释我的体系的结果

小体系 CCSD(T)/CBS，因为有RI，算起来轻松多了。

大一些DLPNO-CCSD(T)/CBS，上述的CBS一般用aug-cc-pVXZ系列的外推。

密度泛函的话有比较高精度的双杂化泛函算能量，比如：revDSD-PBEP86-D4/def2-QZVPPD 【D针对阴离子体系】

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-5 22:27:08

yflchx 发表于 2024-1-5 22:01
小体系 CCSD(T)/CBS，因为有RI，算起来轻松多了。

大一些DLPNO-CCSD(T)/CBS，上述的CBS一般用aug-cc-p ...

那我可以试试CCSD（T）/CBS，那专家会不会又问我为啥选择CCSD（T）/CBS

yflchx · 发表于 Post on 2024-1-5 22:35:25

benbenll 发表于 2024-1-5 22:27
那我可以试试CCSD（T）/CBS，那专家会不会又问我为啥选择CCSD（T）/CBS

我不是专家，我不知道。

benbenll · 发表于 Post on 2024-1-5 22:42:16

yflchx 发表于 2024-1-5 22:35
我不是专家，我不知道。

那我算CCSD（T）的话算个单点能就行了吧

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-1-5 23:10:01

benbenll 发表于 2024-1-5 15:27
那我可以试试CCSD（T）/CBS，那专家会不会又问我为啥选择CCSD（T）/CBS

这个简单。
第一，事实证明你算得动；
第二，CCSD(T)/CBS是gold standard，也就是对于单参考体系而言CCSD(T)/CBS的精度高到（对于一般化学应用而言）无可挑剔。随便找一篇含有CCSD(T)、gold standard两个关键词的、引用次数高的综述或benchmark文章来背书即可；
第三，用T1 diagnostic、largest T2 amplitude等证明你的体系是单参考态体系，且HF reference足够适合。注意T1 diagnostic是用来说明HF reference是否适合的，largest T2 amplitude是用来说明多参考性质弱的，不要用T1 diagnostic去说明多参考性质，理论依据不强，以前这样行得通，现在容易被毙。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-1-5 23:13:04

benbenll 发表于 2024-1-5 14:53
做了，做了1-2个溶剂分子的

那是不是基组太小了？
基组太小会有BSSE影响，因为BSSE和色散校正同号，所以当BSSE比较大时，容易发现不加色散校正反而好，但这是因为误差偶然抵消（BSSE和漏加色散引入的误差抵消）所致，结果并不可靠

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