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[新手求助] 求助对过渡态能量的校正问题

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楼主
想问问大佬们,我需要绘制底物-过渡态-产物能垒图,其中底物和产物已经做了结构优化和单点能计算,过渡态只计算了单点能,但是使用shermo对能量校正时,需要两个文件:一个是结构优化的文件,一个是单点能计算的文件,那过渡态没有结构优化,我该怎么进行能量校正呢?有没有做过的老师帮帮我,谢谢!

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发表于 Post on 2024-2-22 20:56:50 | 只看该作者 Only view this author
“过渡态没有结构优化”,那么过渡态结构是哪来的呢?手摆的99.99...%不是实际的过渡态,最多算是初猜,算的单点能没什么意义。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-22 21:01:27 | 只看该作者 Only view this author
Kamistry 发表于 2024-2-22 20:56
“过渡态没有结构优化”,那么过渡态结构是哪来的呢?手摆的99.99...%不是实际的过渡态,最多算是初猜,算 ...

过渡态是搜索出来的,也做了IRC分析

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发表于 Post on 2024-2-22 21:05:14 | 只看该作者 Only view this author
xixiwangzai 发表于 2024-2-22 21:01
过渡态是搜索出来的,也做了IRC分析

用这个结构当初猜优化一遍,如果结构合理的话收敛很快

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发表于 Post on 2024-2-22 21:06:48 | 只看该作者 Only view this author
xixiwangzai 发表于 2024-2-22 14:01
过渡态是搜索出来的,也做了IRC分析

“搜索”的意义不明。你找的过渡态满足梯度为0,虚频有且仅有一个的条件吗?
只要梯度为0,就可以用shermo算热力学量。
“结构优化”有两个意思,一个是优化到梯度为0的结构,另一个是优化到梯度为0且没有虚频的结构。有的语境里可能专指后一个意思(例如和“过渡态优化”并举的时候),但是在shermo教程和手册里指的是前一个意思
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-22 21:22:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-2-22 21:06
“搜索”的意义不明。你找的过渡态满足梯度为0,虚频有且仅有一个的条件吗?
只要梯度为0,就可以用sher ...

搜索的意思是使用TS(Berny)方法搜索得到的
虚频有且仅有一个,但我不知道过渡态梯度是否为0在哪里看
如果满足您说的那些要求了,我可以把单点能计算的结果直接放到shermo里面计算吗?

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发表于 Post on 2024-2-22 21:30:41 | 只看该作者 Only view this author
xixiwangzai 发表于 2024-2-22 21:22
搜索的意思是使用TS(Berny)方法搜索得到的
虚频有且仅有一个,但我不知道过渡态梯度是否为0在哪里看
...

在高斯输出文件里搜"Converged?",如果在"Converged?"后面的6行看到:
  1. Optimization completed.
  2.     -- Stationary point found.
复制代码

就是结构优化收敛了。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2024-2-22 22:57:07 | 只看该作者 Only view this author
仔细看下文搞清楚逻辑,注意表述准确,Shermo要的是freq或opt freq的输出文件,光有“结构优化的文件”若没做振动分析的话根本没法用Shermo算热力学量
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

下文说的这些方法就是对过渡态进行优化,也可以叫搜索过渡态。
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html

极小点和过渡态的优化算法都要找所有原子受力为零的点(驻点),显然实际中不可能收敛得无穷精确,满足收敛限任务就算成功了。


另外,我很不喜欢“能量校正”这个词,指代不确切,应当说“用Shermo计算热力学校正量”
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-6 10:27:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-22 22:57
仔细看下文搞清楚逻辑,注意表述准确,Shermo要的是freq或opt freq的输出文件,光有“结构优化的文件”若没 ...

好的,谢谢老师的回答,我再去看看

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发表于 Post on 2024-6-10 17:00:24 | 只看该作者 Only view this author
xixiwangzai 发表于 2024-3-6 10:27
好的,谢谢老师的回答,我再去看看

请问你的问题解决了么,是否可以用TS的out文件输入shermo里计算过渡态的热力学数据

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