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[Gaussian/gview] 求助找的过渡态没问题,但是过渡态的能量比反应物的能量低

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大家好 目前在高斯寻找一个反应的过渡态 用的是方法基组是b3lyp/6-31g 找的过渡态没问题 但是过渡态的能量比反应物的能量低 也尝试过用精度更大的方法基组来算 但是这样会使反应的中间体的结构发生变形。 想问一下 这种情况一般要怎么处理?


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发表于 Post on 2024-2-27 20:19:13 | 只看该作者 Only view this author
从过渡态往反应物方向跑IRC,看看有没有反应复合物
另外6-31G太小了,结果是不能发表的。如果加大基组会导致中间体变形,应该重新考虑是不是变形的结果才是对的,不变形的结果是错的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-27 21:09:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-2-27 20:19
从过渡态往反应物方向跑IRC,看看有没有反应复合物
另外6-31G太小了,结果是不能发表的。如果加大基组会导 ...

首先谢谢您的回答 我尝试了跑IRC 没有反应复合物  我后来尝试了用m062x def2tzvp 还有b3lyp def2svp 来分别优化中间体 发现结果都不一样

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发表于 Post on 2024-2-27 21:38:11 | 只看该作者 Only view this author
Lzw1281 发表于 2024-2-27 14:09
首先谢谢您的回答 我尝试了跑IRC 没有反应复合物  我后来尝试了用m062x def2tzvp 还有b3lyp def2svp 来分 ...

那IRC往反应物端走的曲线是单调下降的吗?IRC的端点优化以后得到的是你的反应物吗?
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-2-28 06:24:35 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的严重不恰当标题 “过渡态能量” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-28 08:39:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-2-28 06:24
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的sob老师 下次一定注意

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发表于 Post on 2024-2-28 08:45:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sai77 于 2024-2-28 08:47 编辑

JACS文章里也出现这种问题,没有审稿人质疑也没有勘误,做计算的还是国内大牛

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发表于 Post on 2024-2-28 09:12:12 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2024-2-28 08:45
JACS文章里也出现这种问题,没有审稿人质疑也没有勘误,做计算的还是国内大牛

牛啊,这种问题都没人问的吗?虽然算是一个比较常见的现象,但能发表出来是我没想到的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-28 10:03:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-2-27 21:38
那IRC往反应物端走的曲线是单调下降的吗?IRC的端点优化以后得到的是你的反应物吗?

您好 IRC曲线是单调下降的 然后我把端点优化后确实得到的是我的反应物

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-28 10:06:33 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2024-2-28 08:45
JACS文章里也出现这种问题,没有审稿人质疑也没有勘误,做计算的还是国内大牛

您好 可以发一下这篇文章的链接吗?

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发表于 Post on 2024-2-28 10:29:58 | 只看该作者 Only view this author
Lzw1281 发表于 2024-2-28 10:06
您好 可以发一下这篇文章的链接吗?

10.1021/jacs.1c01366

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-28 10:43:54 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2024-2-28 10:29
10.1021/jacs.1c01366

谢谢您

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发表于 Post on 2024-2-28 17:23:22 | 只看该作者 Only view this author
sai77 发表于 2024-2-28 01:45
JACS文章里也出现这种问题,没有审稿人质疑也没有勘误,做计算的还是国内大牛

如果算单点能的级别和结构优化的级别不同,那么本来就有可能反应物/产物的自由能或能量比过渡态高。
但如果单点能的级别和结构优化的级别相同,而且跑了IRC确认反应物和产物确实是正确的,那么数学上不可能出现这种现象。IRC表明能量一路下坡,结果能量反倒比一开始高了,显然不可能
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-2-28 20:26:38 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-2-28 17:23
如果算单点能的级别和结构优化的级别不同,那么本来就有可能反应物/产物的自由能或能量比过渡态高。
但 ...

明白了 谢谢老师您的解答

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发表于 Post on 2024-3-14 18:38:02 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-2-28 17:23
如果算单点能的级别和结构优化的级别不同,那么本来就有可能反应物/产物的自由能或能量比过渡态高。
但 ...

老师好,我也遇到了类似的问题,并尝试做了对比,发现过渡态的自由能都低于反应物(无论是两个反应物单体能量之和还是反应复合物),如图(单位hartree)。
IRC也跑了,但能量差只有-0.000222Hartree
请问这种情况也是正常的吗?即说明这个反应能垒很低,在校正中由于计算方法的误差导致了出现这种情况,又或者是说明该反应是个无势垒过程?


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