antechamber命令生成mol2文件

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-11-13 18:08:42

各位老师好，我生成电荷数为0的大分子的mol2文件时，用的是antechamber -i **.log -fi gout -o **.mol2 -fo mol2 -c resp -nc 0这个命令，但是发现分子里的原子个数一超过50，基本都会出错，错误提示如图所示，请问难道是ambertools不能生成原子个数较多的大分子的mol2文件吗？谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2016-11-13 23:39:29

如果计算没停就继续等着
这说明体系颇大，要考虑的分子表面静电势拟合点数目太多，超过默认的数组大小，于是程序自动增加数组尺寸试图解决问题
很大的体系我建议用AM1-BCC代替，省时简单得多。RESP方法很少直接拿来算很大体系。

2019-May-15补充：用ambertools计算RESP电荷的做法已经完全过时，目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度方便，即便两百多个原子体系照样可以算得动RESP电荷，因此AM1-BCC根本没必要再用了。详见
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-11-14 08:30:45

sobereva 发表于 2016-11-13 23:39
如果计算没停就继续等着
这说明体系颇大，要考虑的分子表面静电势拟合点数目太多，超过默认的数组大小，于 ...

好的，谢谢老师！

qczgzly · 发表于 Post on 2016-11-14 08:36:10

可以用 -pl 调一下。若还不管用就用Linux版的Ambertools16。

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-11-14 09:32:11

qczgzly 发表于 2016-11-14 08:36
可以用 -pl 调一下。若还不管用就用Linux版的Ambertools16。

请问这是在命令后加上 -pl 的意思吗？

qczgzly · 发表于 Post on 2016-11-14 13:59:30

浅原问问发表于 2016-11-14 09:32
请问这是在命令后加上 -pl 的意思吗？

看一下antechamber的使用说明，-pl 后面可写10~30之间的数字，例如

　　　　antechamber -i **.log -fi gout -o **.mol2 -fo mol2 -c resp -nc 0 -pl 12

有时能起作用。不过具体原理我也不清楚～

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-11-14 15:34:40

qczgzly 发表于 2016-11-14 13:59
看一下antechamber的使用说明，-pl 后面可写10~30之间的数字，例如

　　　　antechamber -i **.log - ...

好的，谢谢您！

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