求助，想用mopac软件对配合物进行结构优化，详情如下

zouguo

公社里的大神们，小弟刚接触量子化学。现已用Gaussian算出了配合物的构型，其log文件的研所包在附件中。接下来想基于此log文件，用MOPAC软件下的PM7半经验算法来计算多个该配合物，即优化它们的构型，得到它们的组装模型，请问接下来该如何操作（预估是螺旋柱状堆积状态），谢谢！

zouguo

之前看了Sob老师的帖子，一知半解的，希望有心人帮助

wzkchem5

你要问的是什么问题？是想问如何用MOPAC做结构优化？
先对照http://sobereva.com/620的要求修改帖子

zouguo

wzkchem5 发表于 2024-4-22 21:16
你要问的是什么问题？是想问如何用MOPAC做结构优化？
先对照http://sobereva.com/620的要求修改帖子

好的

zouguo

zouguo 发表于 2024-4-22 22:24
好的

老师，您好，我补充了我的问题，尽可能的使它详细

sobereva

如果要得到很多这个配合物的螺旋柱状堆积的结构，不是很简单的事。一个可行的做法是用gromacs做分子动力学模拟，其中这个分子用sobtop参考下文产生拓扑文件
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635（http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html）

虽然也可以用比如xtb在GFN-xTB级别下做动力学，参考下文，但如果这个分子有好多个，这个级别的动力学也很难跑得动
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）

还一个做法是用genmer做二聚体构型搜索，但恰好得到螺旋柱状堆积的结构并不容易
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

zouguo

sobereva 发表于 2024-4-23 08:48
如果要得到很多这个配合物的螺旋柱状堆积的结构，不是很简单的事。一个可行的做法是用gromacs做分子动力学 ...

Sob老师，这么多东西，脑壳有点大了。我单纯就想按照这篇JACS里面的样子（https://doi.org/10.1021/jacs.1c05268），用MOPAC软件的PM7方法计算8个相同分子的堆积模式。昨晚用win10下的MOPAC算到现在，有结果了，按照您的方法用VMD打开（其实gaussian可打开得到的.arc文件），但并不是我想要的螺旋柱状堆积。
输入文件的前三行是这样写的：
PM7 MOZYME
molecule
All coordinates are Cartesian
不知问题在哪

sobereva

zouguo 发表于 2024-4-23 12:04
Sob老师，这么多东西，脑壳有点大了。我单纯就想按照这篇JACS里面的样子（https://doi.org/10.1021/jacs. ...

PM7算弱相互作用远不如MOPAC里PM6-D3H4X

Gaussian怎么可能打开arc文件，你的理解有严重错误

显然不可能随便一摆就能优化出最理想结构，要不然做构型搜索还有什么意义。初学者别自己凭感觉胡算，先把我的博文好好看了

zouguo

sobereva 发表于 2024-4-24 06:23
PM7算弱相互作用远不如MOPAC里PM6-D3H4X

Gaussian怎么可能打开arc文件，你的理解有严重错误

好的，Sob老师，我继续学习。