如何比较一个化合物两种结构的能量高低

hyh10029 · 发表于 Post on 2024-7-31 17:11:09

需要计算的这个化合物有Z、E两种构型（如图例）。想通过理论计算比较一下这两个构型的能量高低，是否可以用Gaussian 09在b3pw91/6-31g(d,p)下进行opt+freq计算，最后比较两个构型的能量？

chands · 发表于 Post on 2024-7-31 18:59:46

理论上是可以在同一级别比较能量，但是这两个构型的能量差可能很小，建议优化后用更高级别算单点能。
B3pw91很少用，个人觉得用B3LYP就行（如果基团有弱相互作用加色散校正）。

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-1 06:22:30

没完整结构信息没法推荐计算级别，至少用b3pw91/6-31g(d,p)级别的能量根本发不出去文章、能量差较小的情况下判断的可信度极低。而且注意用自由能比较比起用电子能量比较更有实际意义

hyh10029 · 发表于 Post on 2024-8-1 17:03:48

sobereva 发表于 2024-8-1 06:22
没完整结构信息没法推荐计算级别，至少用b3pw91/6-31g(d,p)级别的能量根本发不出去文章、能量差较小的情况 ...

老师您好，请问用自由能应该怎么计算呢？做两个构型相互转换的过渡态吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-2 03:51:22

hyh10029 发表于 2024-8-1 17:03
老师您好，请问用自由能应该怎么计算呢？做两个构型相互转换的过渡态吗

怎么算自由能下文写明了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

你的提问前后无关

hyh10029 · 发表于 Post on 2024-8-21 10:29:15

sobereva 发表于 2024-8-2 03:51
怎么算自由能下文写明了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva. ...

谢谢老师，用Gaussian 09如何计算一个化合物顺反异构的自由能呢

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-21 12:03:20

hyh10029 发表于 2024-8-21 10:29
谢谢老师，用Gaussian 09如何计算一个化合物顺反异构的自由能呢

语义不明
说清楚是异构化过程的自由能变化还是自由能垒

hyh10029 · 发表于 Post on 2024-8-22 15:37:21

sobereva 发表于 2024-8-21 12:03
语义不明
说清楚是异构化过程的自由能变化还是自由能垒

老师您好，所计算的这个化合物有顺反异构两种构型，相比较下这两个构型哪个更稳定

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-23 09:05:58

hyh10029 发表于 2024-8-22 15:37
老师您好，所计算的这个化合物有顺反异构两种构型，相比较下这两个构型哪个更稳定

用Shermo算自由能并对比。另外，对于互变势垒不是特高的情况，还可以通过deltaG=-RTlnK的关系计算两种构型在热平衡状态下的平衡常数

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