关于在GROMACS上进行伞型采样算法的一些疑问

yujixue

大家好，我最近在尝试使用GROMACS对一个GPCR-ligand complex进行伞型采样。因本人刚开始接触MD, 在参考了gromacs tutorial和本站Acee老师的教程后对于整体流程仍有一些疑问，请大家赐教。


1. 在准备阶段，我可以直接在gro文件中更改ligand的位置，使其在膜的一侧吗。我现有的gro文件是通过charmm-gui产出的，并且配体是在蛋白结合处的。如果可以直接修改位置坐标的话，是不是不需要更改itp文件。
2. 在平衡阶段，我是不是应该进行和模拟配体在蛋白内时一样的步骤，使用相似的mdp文件(额外添加了对蛋白和配体的位置限制).
3. 什么时候使用pull code? 我的理解是在进行完energy minimization, nvp, npt之后，进行一次类似production的模拟，但是mdp中包括pull code. 之后就进行重复的npt_pull 和 md_pull的模拟。
4. 如何确定pull rate? 这个拉的速率是根据配体到结合位置的距离除以模拟时间决定的吗？


如果有表达不明之处，还请见谅。