cp2k跑分子动力学应该怎么分析结果？

Uus/pMeC6H4-/キ

ljh123 发表于 2024-12-13 21:34
原来如此，十分感谢！还有就是想请教下，通过REFTRAJ如何输出动能呢？我用REFTRAJ得到的.ener文件里只有 ...

轨迹重算应该是读取各结构计算单点能（电子的势能）和原子受力的，又不涉及按分子动力学走步算法随时间推移原子变化结构的计算，那自然没有（原子核）动能和温度的输出。

编辑：动能这个问题似乎在http://bbs.keinsci.com/thread-50101-1-1.html和http://bbs.keinsci.com/thread-50466-1-1.html这两帖都讨论过，但是我也不太清楚分子动力学逐帧“自由能”或其热平均具体怎么处理。

ljh123

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-13 21:59
轨迹重算应该是读取各结构计算单点能（电子的势能）和原子受力的，又不涉及按分子动力学走步算法随时间推 ...

感谢你的解答。我只是好奇REFTRAJ为什么不输出动能，倒不是需要算他。我有大概的猜测，但是没人讨论就有点没底hhh

ljh123

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-13 21:59
轨迹重算应该是读取各结构计算单点能（电子的势能）和原子受力的，又不涉及按分子动力学走步算法随时间推 ...

你好，我尝试了VARIABLE_VOLUME关键词，但一直出现报错，不知是否是我的关键词输入问题。输入文件部分如下：
   &REFTRAJ
      CELL_FILE_NAME 1.cell
      VARIABLE_VOLUME .TRUE.
      TRAJ_FILE_NAME 1.xyz
       EVAL ENERGY_FORCES
      FIRST_SNAPSHOT 1
      LAST_SNAPSHOT 5000
      STRIDE 50
    &END REFTRAJ
报错信息如下：
*   ___                                                                       *
*  /   \                                                                      *
* [ABORT]                                                                     *
*  \___/                             CPASSERT failed                          *
*    |                                                                        *
*  O/|                                                                        *
* /| |                                                                        *
* / \                                                motion/integrator.F:1622 *
似乎是motion这节的问题，我把VARIABLE_VOLUME关键词删掉是可以正常运行的，但是加上就会报错。。。

Uus/pMeC6H4-/キ

ljh123 发表于 2024-12-13 22:43
你好，我尝试了VARIABLE_VOLUME关键词，但一直出现报错，不知是否是我的关键词输入问题。输入文件部分如 ...

源代码src/motion/integrator.F第1622行附近是这么写的：

1.       ! Check if we reached the end of the file and provide some info..
   
2.       IF (my_end) THEN
   
3.          IF (reftraj_env%isnap /= (simpar%nsteps - 1)) &
   
4.             CALL cp_abort(__LOCATION__, &
   
5.                           "Reached the end of the Trajectory  frames in the TRAJECTORY file. Number of "// &
   
6.                           "missing frames ("//cp_to_string((simpar%nsteps - 1) - reftraj_env%isnap)//").")
   
7.       END IF

复制代码

我猜是&MD/&REFTRAJ里设置的重算起始帧、终止帧、跨步与&MD里STEPS设置的步数有所冲突了，但是我不知道这和VARIABLE_VOLUME有啥关系……

编辑：我自己设置跨步为1跑重算时发现重算设置确定的步数会覆盖掉STEPS确定的步数，干脆去掉了STEPS设定（此时用回默认值3），结合FIRST_SNAPSHOT 1和LAST_SNAPSHOT <总结构数>可以顺利重算完整个轨迹文件的所有结构。

Uus/pMeC6H4-/キ

sobereva 发表于 2024-11-15 04:56
很合理
由于每一帧单独算单点+受力的时候没法像MD那样读取上一步收敛的波函数当初猜，所以应注意检查批 ...

悲报，SCF不收敛的问题果然极其高发，多个大小不一的平行体系都因此报错终止了……

对若干分子数和盒子尺寸不同的水溶液，按6楼的计算方法/基组做分子动力学和REFTRAJ重算，权衡精度和时长上限后截断能都用800 Ry。观察低级别纯泛函的MD轨迹没有明显结构问题，高级别杂化泛函重算时开头一小段轨迹也能顺利SCF收敛算出能量和受力，但某一步SCF就会突然开始震荡、严重偏离收敛限。

此时是否需要取.restart文件记录的最后一帧用纯泛函重新算单点产生波函数，给杂化泛函读取来继续重算呢？有没有杂化泛函重算一开始就能避免这种问题的设置（开IGNORE_CONVERGENCE_FAILURE不算）？感谢您的指点。

（我也知道有条件好的敢直接上杂化泛函跑MD，但我这计算资源支持纯泛函跑MD加杂化泛函重算的权宜之计都勉强，叹气）

sobereva

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-1-4 12:11
悲报，SCF不收敛的问题果然极其高发，多个大小不一的平行体系都因此报错终止了……

对若干分子数和盒 ...

需要
没有。为减小中途SCF不收敛的可能，可以减小步长