cp2k运行AIMD设置NVT系综体系温度仍然持续升高问题

Uus/pMeC6H4-/キ

zaq1 发表于 2024-12-31 09:51
1.切面之后我看是二维周期性了，但再加上真空层又是三维周期性了，后面也改不了
2.划分三层取两层的意思 ...

我没用过你说的建模软件，不过把结构载入multiwfn之后可以先参考社长博文http://sobereva.com/610调整一下几何结构，再生成固定下层、按XY二维周期性计算的若干CP2K输入文件。从三层的结构删原子到保留二层也不难，这种操作用multiwfn、VMD乃至GaussView都能完成。

2和3的区别是指  “添加真空层+基底保留两层+固定下层放开上层”  和  “添加真空层+基底保留三层+固定下一/二层放开上层”  的区别么？我觉得不妨先用前者计算看看，毕竟计算资源有限，如果能用原子少一点的模型合理描述界面行为，没有必要用更大的。除非计算发现只放开一层不够，比如表面弛豫、表面重构影响较深，或者加溶液跑分子动力学时短时间内有明显的水分子渗透进入晶格、表面原子被剥落溶解进入溶液等现象，这样再考虑放开二层甚至更多。

zaq1

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-31 13:08
我没用过你说的建模软件，不过把结构载入multiwfn之后可以先参考社长博文http://sobereva.com/610调整一 ...

好的我明白了，但是切面加了真空层的模型原本就是三维周期的，用multiwfn即使生成了二维周期计算的输入文件也会报错的，您的意思是用multiwfn把模型文件改为二维的吗，如果能改输入文件自然不是问题了

Uus/pMeC6H4-/キ

zaq1 发表于 2024-12-31 13:27
好的我明白了，但是切面加了真空层的模型原本就是三维周期的，用multiwfn即使生成了二维周期计算的输入文 ...

你是按http://sobereva.com/587进入创建CP2K输入文件的界面，然后用选项-7设定的XY周期性吗？具体是什么输入文件让CP2K报了什么错？

输入文件用文本编辑器是能修改，但鉴于其复杂性，不熟悉就最好别自己改动。我还是推荐报个CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）学一学。

zaq1

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-12-31 13:41
你是按http://sobereva.com/587进入创建CP2K输入文件的界面，然后用选项-7设定的XY周期性吗？具体是什么 ...

是的，按照-7设定的周期性，但是报错，报错显示如下，Index to radix array not found.

Uus/pMeC6H4-/キ

zaq1 发表于 2024-12-31 18:39
是的，按照-7设定的周期性，但是报错，报错显示如下，Index to radix array not found.

这个是因为基底太厚，用XY二维周期性时真空区也需要很大，z方向格点数量过多了。

那还是像原来那样用XYZ三维周期性好了，此时由于基底不是上下对称的，需要在-9 Other settings里用23 Set surface dipole correction开偶极校正。