求助cp2k的NPT_I系综计算加压过程中似乎出现真空层

liurui

学生想要计算加压过程中水盒子以及界面水的结构变化，CSVR，并且压强设置为1 bar,输入文件为：
&MD
    ENSEMBLE NPT_I
    STEPS 200000 #Number of steps to run
    TIMESTEP 1.0 #Step size in fs. Decrease it properly for high temperature simulation
    TEMPERATURE 298.15 #Initial and maintained temperature (K)
#   COMVEL_TOL 0 #Uncomment this can remove translation motion of center-of-mass every step
    &THERMOSTAT
      TYPE CSVR
      &CSVR
        TIMECON 200 #Time constant in fs. Smaller/larger results in stronger/weaker temperature coupling
      &END CSVR
    &END THERMOSTAT
    &BAROSTAT
      PRESSURE 1 #Initial and maintained pressure (bar)
      TIMECON 1000 #Barostat time constant (fs)
    &END BAROSTAT
    &PRINT
      &PROGRAM_RUN_INFO
        &EACH
          MD     1 #Output frequency of MD information, 0 means never
        &END EACH
      &END PROGRAM_RUN_INFO
    &END PRINT
  &END MD

然而学生发现结构似乎跑的有真空层了，还是说这是应该这样的哇，谢谢各位老师！

Uus/pMeC6H4-/キ

OVITO载入分子动力学轨迹后显示的方框是按体系原子实时分布范围画的，未必真实表现周期性边界条件的盒子；而CP2K输出的轨迹又不会按周期边界条件自动把飘出盒子的原子卷回去，所以才会有这种现象。

我一般都用VMD观看轨迹，对pdb等记录了体系实时盒子信息的轨迹文件，用pbc box显示的盒子肯定是正确的。

liurui

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-1-6 13:25
OVITO载入分子动力学轨迹后显示的方框是按体系原子实时分布范围画的，未必真实表现周期性边界条件的盒子； ...

收到，老师，学生好像整的默认的输入inp文件，没有输出盒子信息，学生加上盒子信息再测试一下子，谢谢老师，非常感谢！

Uus/pMeC6H4-/キ

liurui 发表于 2025-1-6 13:39
收到，老师，学生好像整的默认的输入inp文件，没有输出盒子信息，学生加上盒子信息再测试一下子，谢谢老 ...

不用叫老师哦……本来Multiwfn给CP2K产生NPT_I系综的MD输入文件时，用选项12开了压浴后选项-5的轨迹输出文件格式就会自动切换到dcd，这和pdb一样记录每帧原子坐标时也记录实时盒子信息，参考http://bbs.keinsci.com/thread-42383-1-1.html三楼社长的讲义。

我不太熟OVITO，反正VMD是可以自动读取这种文件里的盒子信息的，在OVITO里面要另外加么？（总不能说现在的轨迹文件是没盒子信息的.xyz格式，要按&MOTION/&PRINT/&CELL输出的.cell文件慢慢补加吧）

liurui

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-1-6 14:13
不用叫老师哦……本来Multiwfn给CP2K产生NPT_I系综的MD输入文件时，用选项12开了压浴后选项-5的轨迹输出 ...

收到，谢谢老师，我去研究一下子，感谢！

sobereva

顺带一提，OVITO对于CP2K根本没什么用，毫无必要用这个程序，不少人还被这程序自动按照边界原子位置画出来的盒子所严重误导。用VMD远比这好得多，强大得多也灵活得多。北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）里讲CP2K做AIMD的所有例子全都用的VMD看轨迹以及写VMD tcl脚本分析轨迹。

我是真心不理解为什么有人要用OVITO看CP2K的结果，也不知道哪学来的，完全是绕弯路。

liurui

sobereva 发表于 2025-1-7 02:20
顺带一提，OVITO对于CP2K根本没什么用，毫无必要用这个程序，不少人还被这程序自动按照边界原子位置画出来的盒 ...

收到，谢谢老师！学生马上看一下cp2k培训班信息，感谢！