聚(乙二醇)甲基丙烯酸酯分子模拟模型构建问题

yolo-blossom

各位老师好，我现在需要模拟聚(乙二醇)甲基丙烯酸酯 4000和蛋白的动力学计算。因为实验室做湿实验的材料采用的是聚(乙二醇)甲基丙烯酸酯 4000。现在就是这个聚合物的PEG 链段由约 90 个乙二醇重复单元构成的，那么我在构建这个聚合物模型的时候，也是应该构建90个乙二醇的重复单元吗，还是采用什么其他办法来简化计算量呢

student0618

看目的，蛋白只和一小部分聚合物/甚至是只是其中几单元在active site作用的话只用那段作model system。

Serious

1 严格一点应该根据湿实验所用浓度换算一下分子个数比。不知道是什么状况时，可以试试一条聚合物链和一蛋白模拟试试看；
2 最主要是表明要解决什么问题，根据目的构建模型，设计方案。

3 也许会用到的资料：
1）关于给聚合物用RESP原子电荷（Sobtop）
2）请问交联聚合物和重复单元很大的聚合物的RESP电荷怎么算呢？ - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社

yolo-blossom

Serious 发表于 2025-3-10 10:40
1 严格一点应该根据湿实验所用浓度换算一下分子个数比。不知道是什么状况时，可以试试一条聚合物链和一蛋白 ...

辛苦您的解答 谢谢

yolo-blossom

student0618 发表于 2025-3-10 10:34
看目的，蛋白只和一小部分聚合物/甚至是只是其中几单元在active site作用的话只用那段作model system。

明白了 辛苦您的解答 谢谢