求助：GROMCAS中蛋白质与配体中NVT报错

hutaonilu

求助：各位大佬，我在做猪胰腺源α-淀粉酶（PPA）与8个糖单元的多糖小分子配体的分子动力学模拟，在NVT平衡中产生了下述报错：“原子索引（3）超出位置约束项所在位置范围（1 - 2）。这可能意味着您在不属于您预期的分子的部分插入了拓扑部分“位置约束项”。在这种情况下，请将“位置约束项”部分移动到正确的分子中。”
         因为猪胰腺源α-淀粉酶与8个糖单元的多糖小分子配体实现没有做分子对接，用VMD检查盒子时发现小分子配体在盒子边缘。我猜测想是不是由于漏了分子对接或者说没有把小分子进行移动导致的错误。牡丹由于时间原因还没开展分子对接，希望大佬指导一下如何处理这种情况。
         附上报错截图
         若能有大佬指导，不胜感激！！

Lance先生

你这模型好像是不用跑NVT系综。

hutaonilu

Lance先生 发表于 2025-3-26 22:07
你这模型好像是不用跑NVT系综。

我的项目是用分子动力学模拟，探究猪胰腺源α-淀粉酶（PPA）与8个糖单元的多糖小分子配体的相互作用机制。如果不用NVT系综的话能请教一下原因吗？

student0618

1. 检查top中位置限制放哪，其实搜一搜那报错就可以找到解决方法。
2. 不是不能跑NVT，而是没有必要。

Lance先生

为什么不做NVT看这个。出处：北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）

hutaonilu

Lance先生 发表于 2025-3-26 22:37
为什么不做NVT看这个。

谢谢大佬指导。我在这段时间还自己查找了资料，该问题已解决。