AIMD中GHOST原子不固定

Yvvq · 发表于 Post on 2025-4-7 14:13:59

各位老师同学们大家好，请问为什么我在CP2K任务中通过以下模块设GHOST原子来得到固定坐标参照：
&COORD
X x y z
&END COORD

&KIND X
ELEMENT H
MASS 0
GHOST T
BASIS_SET  NONE
&END KIND

跑aimd的时候发现第零帧.xyz还在我要求的固定点中，但是在第一帧及以后，虚原子为什么就变成0 0 0坐标？

此外我还尝试了设置&MOTION中的&CONSTRAINS模块固定原子，结果仍然是一样：
#  &CONSTRAINT
#    &FIXED_ATOMS
#    COMPONENTS_TO_FIX XYZ
#    LIST 924
# &END FIXED_ATOMS
#  &END CONSTRAINT

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-4-7 18:23:56

文中的

“此外我还尝试了设置&MOTION中的&CONSTRAINS模块固定原子，结果仍然是一样：
#  &CONSTRAINT
#    &FIXED_ATOMS
#    COMPONENTS_TO_FIX XYZ
#    LIST 924
# &END FIXED_ATOMS
#  &END CONSTRAINT”

这个部分为什么带着注释，实际跑的时候注释删掉了么？

Yvvq · 发表于 Post on 2025-4-7 20:00:14

Stardust0831 发表于 2025-4-7 18:23
文中的
这个部分为什么带着注释，实际跑的时候注释删掉了么？

注释的意思是我尝试过的意思，我知道注释是不读入的意思

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-4-7 20:22:26

固定坐标的点应该不需要设为ghost atom才能用于定义其他集合变量吧，手册搜FIX_POINT可以看到很多colvar都支持定义这个代替原子几何中心GEO_CENTER的。有可能鬼原子的设计只适合计算单点能时做BSSE校正用，不完全兼容涉及原子坐标变化的任务，但是还得找到源代码相应部分才能确认。

另外，求不删此帖……不知道为啥楼主好多以前发的帖子都看不了了，感觉对辛苦码字回答问题、参与讨论的其他人不是很友好。

Yvvq · 发表于 Post on 2025-4-7 20:37:19

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-7 20:22
固定坐标的点应该不需要设为ghost atom才能用于定义其他集合变量吧，手册搜FIX_POINT可以看到很多colvar都 ...

好的谢谢回答我再尝试一下。删帖是因为之前的一些问题没有什么参考意义，都是因为一些不仔细问的。

Yvvq · 发表于 Post on 2025-4-7 20:41:03

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-7 20:22
固定坐标的点应该不需要设为ghost atom才能用于定义其他集合变量吧，手册搜FIX_POINT可以看到很多colvar都 ...

此外，我之前尝试过定义COLVAR中配位数相关的&POINT/设为FIX_POINT，但貌似不起作用

Yvvq · 发表于 Post on 2025-4-7 20:57:43

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-4-7 20:22
固定坐标的点应该不需要设为ghost atom才能用于定义其他集合变量吧，手册搜FIX_POINT可以看到很多colvar都 ...

例如我设置了GEO_CENTER，我应该如何在ATOMS_FROM后面引用所设置的GEO_CENTER呢，输出文件总是报错说引用错误。另外我会把有意义的帖子留下，之前的问题也并没有得到解决，所以就删帖了

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