Gaussian计算出来的分子间结合能巨大不符合常理

realcheryl

sobereva 发表于 2025-4-9 22:54
Molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）已经是结果靠谱的构象搜索程序里使用最简单的 ...

谢谢社长，我再仔细把初级班的讲义看看，之前囫囵听了一遍音频还有很多地方不了解就着急开始计算，确实有很多漏洞

realcheryl

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-9 23:16
这么重要的大前提为什么不在1楼就早点说呢，建模都不能反映真实体系的话后面的讨论也失去意义了啊。

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谢谢您的回答，课题组目前只有我一个人涉及这个体系，我需要的性质是这两个聚合物之间的结合能是多少，实验中会加入另一种阴离子物质，然后再计算新加入的这个物质和原来的阳离子之间的结合能，定性分析两个结合能之间的大小来推断和验证实验结论，请问只需要定性分析大小而不具体关注计算数值的话聚合度的选择会影响最终对比结果吗

Uus/pMeC6H4-/キ

realcheryl 发表于 2025-4-10 10:29
谢谢您的回答，课题组目前只有我一个人涉及这个体系，我需要的性质是这两个聚合物之间的结合能是多少，实 ...

“另一种阴离子”是小尺寸的分子还是像PSS那样的聚合物，有没有类似PEDOT和PSS那样的柔性多构象问题，和PEDOT之间靠什么结合？

拿关键词“PEDOT PSS molecular dynamics”去搜一搜还是能找到不少文献的，比如这篇和这篇，就是前面说到的经典力场跑分子动力学模拟的例子，这种研究方法可以直接在稍大些的时空尺度下考虑到构象、溶剂、温度等等复杂现实因素对结合的影响，动态观察如PEDOT:PSS中的PSS与“另一个阴离子”交换的过程，获得除结合能之外更多与结合过程相关的统计量来说明结合的趋势。科音也有个分子动力学培训班方便入门。

realcheryl

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-10 11:45
“另一种阴离子”是小尺寸的分子还是像PSS那样的聚合物，有没有类似PEDOT和PSS那样的柔性多构象问题，和P ...

您好，另一种阴离子是改性后带负电荷的蛋白质分子，也是聚合物，课题最初理想设定是PEDOT和PSS通过离子间的静电相互作用结合，通过引入另外一种阴离子来与PEDOT结合有更大的结合能，从而把PSS排除掉。现在想通过计算比较两者的结合能大小或者模拟该过程验证。
目前想先算出PEDOT和PSS之间的结合能以及PEDOT和负电蛋白质之间的结合能验证实验的可行性，我是跨专业过来的所以很多化学知识不懂，但是老师催得很急想要我先用计算验证这个方案的可行性，所以显得较为急功近利一些。
麻烦请问一下您，为了验证方案的可行性，对比两个体系中阴阳离子之间的结合能大小，这个方法可行吗？

Uus/pMeC6H4-/キ

realcheryl 发表于 2025-4-10 13:19
您好，另一种阴离子是改性后带负电荷的蛋白质分子，也是聚合物，课题最初理想设定是PEDOT和PSS通过离子间 ...

好家伙，三个柔性聚合物在溶液中结合竞争的动态过程，特别是还涉及蛋白质/多肽这种生物分子，又只需要定性判断结合难易而不要求定量精度，那毫无疑问直接上经典力场做分子动力学模拟了。

这方面DFT静态计算能做到的参考http://sobereva.com/597这篇，但我感觉并不适合你这么大的体系，而且建模更复杂了……

realcheryl

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-10 13:46
好家伙，三个柔性聚合物在溶液中结合竞争的动态过程，特别是还涉及蛋白质/多肽这种生物分子，又只需要定 ...

您好，谢谢您的解答，我去了解一下分子动力学模拟的相关内容，必要的话报一个科音的Gromacs培训班，感谢。