使用MMGBSA方法计算稳定蛋白质-配体体系自由结合能大于零

AxiEJohn

如题，本人在模拟蛋白质-配体复合体系时遇见即使是稳定在口袋后的蛋白质-配体体系，各项指标均表示体系趋向稳定后，计算出的结合能却为正数。本人甚至尝试换了一个更精细的蛋白质pdb（1.7Å），但仍在稳定后计算出正数。自我认为拓扑是没有问题的，因为本人已经进行过多次模拟，只在模拟此配体和其他蛋白的复合体系中出现此情况，同时VINA对接结果如下：

1. Estimated Free Energy of Binding   : -5.089 (kcal/mol) [=(1)+(2)+(3)-(4)]
   
2. (1) Final Intermolecular Energy    : -8.065 (kcal/mol)
   
3.     Ligand - Receptor              : -8.065 (kcal/mol)
   
4.     Ligand - Flex side chains      : 0.000 (kcal/mol)
   
5. (2) Final Total Internal Energy    : -1.787 (kcal/mol)
   
6.     Ligand                         : -1.787 (kcal/mol)
   
7.     Flex   - Receptor              : 0.000 (kcal/mol)
   
8.     Flex   - Flex side chains      : 0.000 (kcal/mol)
   
9. (3) Torsional Free Energy          : 2.975 (kcal/mol)
   
10. (4) Unbound System's Energy        : -1.787 (kcal/mol)
    
11. ENERGY FROM SEARCH: -9.847

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1. -------------------------------------------------------------------------------
   
2. Delta (Complex - Receptor - Ligand):
   
3. Energy Component       Average     SD(Prop.)         SD   SEM(Prop.)        SEM
   
4. -------------------------------------------------------------------------------
   
5. ΔBOND                    -0.00          2.19       0.00         0.25       0.00
   
6. ΔANGLE                   -0.00          3.48       0.00         0.39       0.00
   
7. ΔDIHED                    0.00          2.14       0.00         0.24       0.00
   
8. ΔVDWAALS                -32.12          0.62       2.05         0.07       0.23
   
9. ΔEEL                    -90.27          3.04      13.13         0.34       1.48
   
10. Δ1-4 VDW                  0.00          1.10       0.00         0.12       0.00
    
11. Δ1-4 EEL                 -0.00          1.51       0.00         0.17       0.00
    
12. ΔEGB                    189.78          4.17      13.14         0.47       1.48
    
13. ΔESURF                   -4.89          0.03       0.22         0.00       0.02
    
14. 
    
15. ΔGGAS                  -122.39          3.10      13.26         0.35       1.49
    
16. ΔGSOLV                  184.90          4.17      13.05         0.47       1.47
    
17. 
    
18. ΔTOTAL                   62.51          5.20       3.68         0.58       0.41
    
19. -------------------------------------------------------------------------------
    
20. -------------------------------------------------------------------------------

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面对这种情况如何解决？希望各位老师能不吝赐教，指点迷津。

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配体的拓扑

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稳定状态截取的pdb

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整个体系的拓扑文件

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MMGBSA结果

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图中RMSD的源文件

所有文件都附有说明，劳烦将鼠标移动至文件名处查看。

18217265596

分子力场误差大是正常的 你要么试试半经验方法抽一帧算一下？ 比如PM7 看看正负是否一致

AxiEJohn

18217265596 发表于 2025-5-11 11:39
分子力场误差大是正常的 你要么试试半经验方法抽一帧算一下？ 比如PM7 看看正负是否一致

谢谢您指点，我算一算。配置不太好得算一阵了

18217265596

AxiEJohn 发表于 2025-5-11 21:14
谢谢您指点，我算一算。配置不太好得算一阵了

不用 PM7结合mozyne 一个结构4核 1小时内绝对算完