计算化学公社

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[GROMACS] 求助使用gmx spatial命令计算了SDF,使用VMD查看时候感觉有点丑

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各位老师,我使用gmx spatial命令计算了SDF,使用VMD查看时候感觉有点丑,不知道multiwfn能不能显示好看点,有没有什么好的建议


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发表于 Post on 2025-5-11 22:18:32 | 只看该作者 Only view this author
发帖时务必注意恰当填写标题!!!
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=19420
(出处: 计算化学公社)
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2025-5-11 22:28:53 | 只看该作者 Only view this author
推荐一下《使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版
也可以参考这个改《用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法(含演示视频)

当前格点数据看起来很粗糙,可能是采样不足/精度不够的原因,这是计算cub时候的问题了,与“美观显示”无关

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发表于 Post on 2025-5-11 23:07:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 student0618 于 2025-5-11 23:10 编辑

use volmap in VMD,  you can search in the forum. e.g. see http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 2901&pid=334895
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2025-5-12 00:41:43 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “cube美观显示” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理。

格点间距太大,等值面不丑才怪。并且用volmap考虑Gaussian函数平滑效果好得多,搜公社论坛,我回答过无数次
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-12 10:37:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-12 00:41
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

嗯嗯 谢谢社长,我尝试用volmap试下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-12 10:38:39 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-5-11 23:07
use volmap in VMD,  you can search in the forum. e.g. see http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redir ...

Thanks for your kind reply and I will try to rerun the SDF using volmap.

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-12 10:39:11 | 只看该作者 Only view this author
Stardust0831 发表于 2025-5-11 22:28
推荐一下《使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版》
也可以参考这个改《用VMD绘制艺术级轨道等 ...

明白了,我试试更小的采样区间

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-12 10:39:44 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2025-5-11 22:18
发帖时务必注意恰当填写标题!!!
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=9348&fromuid=1 ...

谢谢提醒!去复习规定了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-12 16:46:53 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-5-11 23:07
use volmap in VMD,  you can search in the forum. e.g. see http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redir ...

Hello professor, I am encountering an issue when using Volmap, could you please give some comments/advice?
My system consisted of 1000 molecules, the first 200 is molecule A, the other 800 molecules are B. I wish to calculate spatial distrubution of resid 101(molecule A) to check how the molecule B surrounding the molecule A. how can i selecet molecules in volmap?
In gmx spatail command, I can select correspoind molecules using interactive selection command. but i am confused how to select in Volmap.

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发表于 Post on 2025-5-12 21:30:21 | 只看该作者 Only view this author
raku 发表于 2025-5-12 16:46
Hello professor, I am encountering an issue when using Volmap, could you please give some comments ...

就用vmd中显示出那些分子的方法,可参考sob老师的帖http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
或论坛搜vmd的selection syntax/语法,有大量例子。

(我只是个学生哦,不用那么客气,先前电脑没中文输入法便用英语回)
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-12 22:00:18 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-5-12 21:30
就用vmd中显示出那些分子的方法,可参考sob老师的帖http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
或论 ...

谢谢!我参考Sob老师的帖子看看。ありがとう!

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