求助蛋白质-配体体系进行长时模拟后，配体周围水分子出现远离配体问题

Muby

老师们好，我计算蛋白-配体体系时，进行最小化-升温-NPT-NVT-长时模拟(NPT)操作，发现在短时NPT和NVT(约30ps)后观察到配体附近的水分子很多，而在进行NPT长时模拟(8ns)之后，配体附近的水分子却几乎不见了(应该是扩散作用)，除了少部分氢键很强的水分子。然而，我采用模拟的原始pdb结构文件中配体周围的水分子很多，且这些水分子对原始pdb结构有氢键相互作用。这些水分子可能对该配体的结构以及电荷作用有影响，我更希望在长时模拟下得以保存，因此请问有什么解决的方法。其中，我的输入文件如下，配体约80个原子(多配体)，体系约500个残基，置于12埃的盒子中，水力场是TIP3P，蛋白质是ff14SB，配体是GAFF2：

NPT Simulation
&cntrl
imin=0,
ntx=5,
irest=1,
temp0=300.0,
ntt=3,
gamma_ln=2.0,
ntp=1,
taup=2.0,
ntb=2,
ntc=2,
ntf=2,
cut=8.0,
ntpr=1000,
ntwr=1000,
ntwx=1000,
nstlim=5000000,
dt=0.002,
pres0=1.0,
barostat=2,
ig=-1
/

END

18217265596

MDout 发出来 轨迹整理成pdb发几帧

student0618

Amber 模拟后的结果未处理周期性边界的，先用cpptrj的 autoimage处理轨迹。

Muby

student0618 发表于 2025-5-12 21:21
Amber 模拟后的结果未处理周期性边界的，先用cpptrj的 autoimage处理轨迹。

感谢您，解决了！

Muby

18217265596 发表于 2025-5-12 21:17
MDout 发出来 轨迹整理成pdb发几帧

谢谢您！我加了autoimage解决了！