求助罗丹明B和羟基自由基过渡态搜索计算

moiraaa

各位老师好，我之前算罗丹明B和羟基自由基的过渡态发生了问题，可能因为我化学直觉不太对，导致一直不是我想要的振动方向。
因为DFT时间比较长所以我用的是半经验的PM6计算的（之前的用的是DFT，振动的是两边的C），但是振动方向是上面的O振动。
我之前用拉普拉斯键级计算，得到的是4号C和35号O容易断键，所以我就将4号C和35号O的距离拉长20％，同时让羟基自由基的O对准C。
请各位老师帮忙看看，哪里出了问题

〇66

1. 建议上传压缩后的完整输入输出文件
2. 输入文件关键词尽量在文本编辑器里修改 不要用高斯自带的
3. 4号C和35号O位于氧杂蒽部分的大共轭环上，正常来说不会轻易断裂。你这种情况大概率是由于你的羟基自由基摆放位置，他与4号C很近，高斯误以为他们要成键。所以想问一下您的羟基自由基摆放位置（让羟基自由基的O对准C）是否有什么说法，还是随便摆放的。我想羟基自由基就是摆放，也会尽量按照容易形成氢键的方式来，总觉得您这个摆放方式很奇怪。
4. 虚频产生的原因大概率在于您的罗丹明结构已经被破坏了。而振动的位置是罗丹明的螺环化反应开关的部分，即最容易发生断键的地方。

moiraaa

〇66 发表于 2025-9-1 09:17
1. 建议上传压缩后的完整输入输出文件
2. 输入文件关键词尽量在文本编辑器里修改 不要用高斯自带的
3. 4 ...

您的意思是要52号O,63号H和35号O形成氢键吗
我当时寻思相对来说C和O来说，O的负电会大一点就让52和4摆在一起了
共轭确实不容易断键，但是我当时是用键级和福井函数做的判断，确定断键位置

〇66

moiraaa 发表于 2025-9-1 14:47
您的意思是要52号O,63号H和35号O形成氢键吗
我当时寻思相对来说C和O来说，O的负电会大一点就让52和4摆在 ...

有一点很重要==忘了说了，你的分子和羟基自由基在一起，说明是在碱性环境下，此时的罗丹明分子一定是处于闭环状态，你是按照酸性条件下开环的罗丹明结构建模的，多加了一个H，即你虚频振动那里的那个氢原子的不存在的，所以他才有那么大抽象的虚频，你把那个H去掉重新算一下。

另外，我个人还建议你可以先用DFT单独优化好一个罗丹明分子（电荷为0），然后ESP分析哪里是最容易结合羟基的地方，羟基自由基会优先攻击分子中电子云密度低的地方。判断好了以后再在该位置按不同的角度摆放羟基自由基再优化，最后选择能量最低的摆放角度。

moiraaa

〇66 发表于 2025-9-1 15:20
有一点很重要==忘了说了，你的分子和羟基自由基在一起，说明是在碱性环境下，此时的罗丹明分子一定是处于 ...

可是论文是酸性条件下进行的，PH=1

〇66

moiraaa 发表于 2025-9-1 20:59
可是论文是酸性条件下进行的，PH=1

酸性条件为什么会存在羟基自由基？论文DOI放上来看看
如果你要用目前的结构算酸性的环境下的罗丹明分子，就不能在它旁边放羟基自由基，真是太矛盾了

KazusaT

〇66 发表于 2025-9-1 15:20
有一点很重要==忘了说了，你的分子和羟基自由基在一起，说明是在碱性环境下，此时的罗丹明分子一定是处于 ...

感觉酸性条件有羟基自由基也没啥问题？亚铁引发或紫外光照射过氧化氢之类的条件。
一般羟基自由基是亲电的吧？

moiraaa

KazusaT 发表于 2025-9-1 23:52
感觉酸性条件有羟基自由基也没啥问题？亚铁引发或紫外光照射过氧化氢之类的条件。
一般羟基自由基是亲电 ...

是的呀，我今天晚上弄了一个氢键的试试，看看行不行

〇66

moiraaa 发表于 2025-9-2 01:32
是的呀，我今天晚上弄了一个氢键的试试，看看行不行

把算好的文件和参考的文献放上来我们帮你详细看看。只是这样说也看不了所以然。

〇66

KazusaT 发表于 2025-9-1 23:52
感觉酸性条件有羟基自由基也没啥问题？亚铁引发或紫外光照射过氧化氢之类的条件。
一般羟基自由基是亲电 ...

传统芬顿（Fe²⁺/H₂O₂）的最优 pH 为 2~4，若体系 pH=1（强酸性），Fe²⁺会被高浓度 H⁺稳定，难以向 H₂O₂传递电子，导致・OH 生成效率骤降。如果他的罗丹明要开环，按他文献的说法在 pH=1，就不会有明显的・OH存在。

moiraaa

〇66 发表于 2025-9-2 09:44
传统芬顿（Fe²⁺/H₂O₂）的最优 pH 为 2~4，若体系 pH=1（强酸性），Fe²&#831 ...

那个论文不是我写的，我只是负责计算，文章还未成型，但是那个文章是正弦交流电的电芬顿，不是直流电的电芬顿，通过电极周期性循环生成二价铁离子，所以不会被氢离子稳定

〇66

moiraaa 发表于 2025-9-2 10:11
那个论文不是我写的，我只是负责计算，文章还未成型，但是那个文章是正弦交流电的电芬顿，不是直流电的电 ...

但是计算模拟不出来你这样的环境呀宝==你想罗丹明开环的部分为什么会有H，是因为酸性条件下，质子攻击锁环基团的氧原子，促使他开环了，而你模拟的条件存在了羟基自由基，你想羟基自由基会优先和那个多余的质子结合还是会和罗丹明结合呢？这样就无法得到你想要的结构了。

KazusaT

〇66 发表于 2025-9-2 09:44
传统芬顿（Fe²⁺/H₂O₂）的最优 pH 为 2~4，若体系 pH=1（强酸性），Fe²&#831 ...

我只是觉得酸性条件下不存在羟基自由基这件事没有什么化学上的理由

KazusaT

moiraaa 发表于 2025-9-2 10:11
那个论文不是我写的，我只是负责计算，文章还未成型，但是那个文章是正弦交流电的电芬顿，不是直流电的电 ...

意思是你不知道这一步的产物？

moiraaa

〇66 发表于 2025-9-2 11:00
但是计算模拟不出来你这样的环境呀宝==你想罗丹明开环的部分为什么会有H，是因为酸性条件下，质子攻击锁 ...

你这么说是有道理的，等我把之前的计算完再重新计算