求助罗丹明B和羟基自由基过渡态搜索计算

moiraaa

KazusaT 发表于 2025-9-2 15:30
意思是你不知道这一步的产物？

是的，我只知道断键的位置

〇66

KazusaT 发表于 2025-9-2 15:29
我只是觉得酸性条件下不存在羟基自由基这件事没有什么化学上的理由

是的，你说的是对的，酸性条件也会产生羟基自由基的，谢谢你的意见。但是这样优化是不合理的。可能是我表述不周，我想表达的地方刚刚补充完善了。

KazusaT

〇66 发表于 2025-9-2 18:36
是的，你说的是对的，酸性条件也会产生羟基自由基的，谢谢你的意见。但是这样优化是不合理的。可能是我表 ...

是的，这个初猜不太符合化学直觉，如果是已经准备写文章的结果最好还是鉴定产物再来建立更合理的机理

moiraaa

〇66 发表于 2025-9-1 09:17
1. 建议上传压缩后的完整输入输出文件
2. 输入文件关键词尽量在文本编辑器里修改 不要用高斯自带的
3. 4 ...

我弄了一个简化版的罗丹明的氢键版本但是结果是完全不对
因为想着可以算的快一点，那我今天优化一下碱性的吧

〇66

moiraaa 发表于 2025-9-3 01:13
我弄了一个简化版的罗丹明的氢键版本但是结果是完全不对
因为想着可以算的快一点，那我今天优化一下碱性 ...

我觉得这样还是不太合理，罗丹明明显是一个有推拉结构电子特性的化合物，你把它拉电子的部分全都省略掉了，这样会使它整个电子结构发生变化。另外你的反应条件是在酸性条件下进行的，那它酸性条件下是处于一个开环状态， 如果你用关环的状态去模拟，可能还会与你的实验造成很大的误差。

moiraaa

〇66 发表于 2025-9-3 11:40
我觉得这样还是不太合理，罗丹明明显是一个有推拉结构电子特性的化合物，你把它拉电子的部分全都省略掉了 ...

好的，那我就用完整的罗丹明去算氢键试试

moiraaa

〇66 发表于 2025-9-3 11:40
我觉得这样还是不太合理，罗丹明明显是一个有推拉结构电子特性的化合物，你把它拉电子的部分全都省略掉了 ...

您好，老师，我已经算完了，这次算的比以往要顺利，得到的振动方向还可以，但是有偏差，两边的C在动，但是比较小，应该是因为那个羧基的问题，但是那个羟基自由基有点歪，这是什么原因呢

我当时建模时，让4和35号原子以及35号和66号原子的键长都为1.8左右，同时让35，66，65的键角为180度，我之前在其他结构找氢键也是这样找的，有什么问题吗

〇66

moiraaa 发表于 2025-9-4 10:02
您好，老师，我已经算完了，这次算的比以往要顺利，得到的振动方向还可以，但是有偏差，两边的C在动，但 ...

你上传一下文件吧==这样也很难看来

moiraaa

〇66 发表于 2025-9-4 11:04
你上传一下文件吧==这样也很难看来

好的，我分两个帖子发吧

moiraaa

moiraaa 发表于 2025-9-4 11:12
好的，我分两个帖子发吧

两个帖子也没法发out或者chk文件，我录一下振动视频给您看吧

〇66

moiraaa 发表于 2025-9-4 11:23
两个帖子也没法发out或者chk文件，我录一下振动视频给您看吧

你压缩一下就上传上来了

moiraaa

〇66 发表于 2025-9-4 14:24
你压缩一下就上传上来了

好的，老师

〇66

moiraaa 发表于 2025-9-4 16:29
好的，老师

可以问一下您的生成物和反应物是什么样子的吗

moiraaa

〇66 发表于 2025-9-4 19:03
可以问一下您的生成物和反应物是什么样子的吗

生成物我也不知道，但是两个反应物是罗丹明和羟基自由基
我们其实是想猜测过渡态，IRC跑生成物，得到反应机理，做降解路径
只是根据拉普拉斯键级，静电势，福井函数知道断键位置，过渡态就只能靠经验猜测，但是我的经验还很少，以至于总是错，不知道咋办了

〇66

moiraaa 发表于 2025-9-4 20:43
生成物我也不知道，但是两个反应物是罗丹明和羟基自由基
我们其实是想猜测过渡态，IRC跑生成物，得到反 ...

其实我在想，羟基自由基可以作为反应物吗？他不是不稳定。正常你应该知道他反应之前是什么，大概经历了什么样的过程才可以找过渡态呀。
我个人猜测，不一定对哈，有问题可以交流。如果说羟基自由基是反应物的话，不如说水是反应物，所以罗丹明锁环基团上的的氢和羟基自由基是不是应该放在一起呢？反应物是水和不带氢的罗丹明。

我建议 你先不要找过渡态，先找到他最初始的样子，然后在这个结构基础上再找过渡态。不然只是盲目尝试。