用gromacs能跑钙钛矿体系吗？

DYJ2000 · 发表于 Post on 2025-9-22 10:38:20

各位友友，请问有人用gromacs跑钙钛矿体系吗？我看文献上使用的都是从头算分子动力学（AIMD），是不是MD中没用合适的力场提供。
我想算的体系是ETP2MnBr4（ETP=C20H20P），看看大家有没有什么意见，我只有一点gromacs基础，最好能使用gromacs模拟。

cym · 发表于 Post on 2025-9-22 14:17:30

可以

DYJ2000 · 发表于 Post on 2025-9-22 20:09:47

cym 发表于 2025-9-22 14:17
可以

那使用什么力场呢？全原子力场吗？用水盒子还是其他什么盒子？需要几×几×几的超胞？

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-9-23 01:49:22

通用分子力场很难达到钙钛矿体系模拟需要的精度。
非要算的话，从文献里找专用力场，或者用机器学习势。

DYJ2000 · 发表于 Post on 2025-9-23 11:15:26

Stardust0831 发表于 2025-9-23 01:49
通用分子力场很难达到钙钛矿体系模拟需要的精度。
非要算的话，从文献里找专用力场，或者用机器学习势。

感谢您详细的回答，我只搜索到2-3篇这种文献，文献中使用的力场只适合MA Pb X材料系列，我用的体系MTP Tb X材料，感觉相差比较大，你说的机器学习对我要求太高了，实在不行是不是从头算动力学（AIMD）是不是更适合我，只是我需要重新学习软件。现在想的是可以用gromacs就用gromacs，实在不行换软件，因为我不是专门做计算的，主要做实验，计算只是辅助分析。

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-9-24 11:45:17

DYJ2000 发表于 2025-9-23 11:15
感谢您详细的回答，我只搜索到2-3篇这种文献，文献中使用的力场只适合MA Pb X材料系列，我用的体系MTP Tb ...

这种情况可以用AIMD。
可以首选开源免费的CP2K和ABACUS，这两款软件都有非常好的计算效率。
对于CP2K，学习推荐社长的北京科音CP2K第一性原理计算培训班
对应ABACUS，可以参考官方的中文教程：ABACUS 分子动力学使用教程 · GitBook

DYJ2000 · 发表于 Post on 2025-10-6 12:46:18

Stardust0831 发表于 2025-9-24 11:45
这种情况可以用AIMD。
可以首选开源免费的CP2K和ABACUS，这两款软件都有非常好的计算效率。
对于CP2K， ...

好嘞，谢谢大佬解答，CP2K是不是更时候具有有序晶胞结构的晶体体系。我的是非晶体系，gaussian AIMD和ORCA是不是更适合？我想的是选定一个软件就不动了，不然到时候有需要从头学习，花费时间太多。ABACUS我没咋听过，我再去查查看。

Stardust0831 · 发表于 Post on 2025-10-7 00:44:27

DYJ2000 发表于 2025-10-6 12:46
好嘞，谢谢大佬解答，CP2K是不是更时候具有有序晶胞结构的晶体体系。我的是非晶体系，gaussian AIMD和ORC ...

并不是，abacus和cp2k跑非晶体系，熔盐体系都很合适。高斯和ORCA反而算不动这么大的体系，且需要妥善处理边界。
底层原理都是通的，学会一个软件以后换别的软件其实不难。您可以都看看。

DYJ2000 · 发表于 Post on 2025-10-7 10:47:52

Stardust0831 发表于 2025-10-7 00:44
并不是，abacus和cp2k跑非晶体系，熔盐体系都很合适。高斯和ORCA反而算不动这么大的体系，且需要妥善处理 ...

好嘞，谢谢大佬的解答，那我试试

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