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[Lammps] 求助含Cu体系附上amber力场,生成lammps可以识别的data文件

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请问怎样给我的含Cu体系附上amber力场,生成lammps可以识别的data文件进行分子动力学模拟,有尝试过网上说的方法,antechamber -i LIG.mol2 -fi mol2 -o LIG-1.mol2 -fo mol2 -c bcc -nc 0 -pf y,但是因为我的体系中含Cu,所以出现很多错误,不能生成相应的mol2文件。我的体系是纳米团簇,有机磷配体直接与Cu相连,同时Cu与I相连,Cu为+1价的
   







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发表于 Post on 2025-10-25 08:34:09 | 只看该作者 Only view this author
sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生GAFF力场的拓扑文件远比antechamber普适得多得多得多,就连诸如二茂铁都能搞:
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html
antechamber完全可以弃了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-25 08:48:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-25 08:34
sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生GAFF力场的拓扑文件远比antechamber普适得多得多得多,就连 ...

收到,谢谢老师的解答

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发表于 Post on 2025-10-25 10:11:10 | 只看该作者 Only view this author
amber中有专门产生含金属的小分子工具 好像叫MECP? 总之是一个py文件 可以去搜搜

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-26 17:26:33 | 只看该作者 Only view this author
Huschein 发表于 2025-10-25 10:11
amber中有专门产生含金属的小分子工具 好像叫MECP? 总之是一个py文件 可以去搜搜

好滴好滴,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-26 17:33:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-10-25 08:34
sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)产生GAFF力场的拓扑文件远比antechamber普适得多得多得多,就连 ...

老师好,我想继续询问一下,这个“使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件”例子中,对于我的体系,可以不进行第一步的优化和振动分析吗,直接第二步计算RESP电荷,我的体系有1000多个原子,而且是完整晶胞体系,我计算了一下,10小时了还没计算完第一步。
如果直接进行第二步计算RESP电荷,那也需要产生chk文件,然后再转化为fch文件吗,还是有其他什么操作
谢谢老师

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发表于 Post on 2025-10-27 02:57:55 | 只看该作者 Only view this author
CAOXI 发表于 2025-10-26 17:33
老师好,我想继续询问一下,这个“使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件”例子中,对于我 ...

直接给出体系结构图或者结构文件

1000多个原子的情况根本不应该直接算RESP电荷。你的情况属于胡算瞎算的阶段
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-27 08:06:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 CAOXI 于 2025-10-27 16:04 编辑
sobereva 发表于 2025-10-27 02:57
直接给出体系结构图或者结构文件

1000多个原子的情况根本不应该直接算RESP电荷。你的情况属于胡算瞎算 ...

好滴,谢谢老师的解答,那我就是直接用体系的结构文件去直接进行第三步,产生拓扑文件,对吧
产生的itp文件和top文件没有键、角等类型,那lammps可以识别的data文件怎么写呢 cu4I.data (46.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

Cu4I4.itp (96.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

第一张图是lammps的data所需要的参数格式,第二、三张是itp文件





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发表于 Post on 2025-10-28 03:51:44 | 只看该作者 Only view this author
CAOXI 发表于 2025-10-27 08:06
好滴,谢谢老师的解答,那我就是直接用体系的结构文件去直接进行第三步,产生拓扑文件,对吧
产生的itp ...

没有原子电荷怎么做计算?你的体系又不是所有原子的原子电荷都接近0的情况
都说了,直接给出体系结构图或者结构文件,你当前算的是什么东西别人都不知道
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-28 07:58:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 CAOXI 于 2025-10-28 08:17 编辑
sobereva 发表于 2025-10-28 03:51
没有原子电荷怎么做计算?你的体系又不是所有原子的原子电荷都接近0的情况
都说了,直接给出体系结构图 ...

好滴,谢谢老师,我现在上传结构,纳米团簇结构,一个是Cu4I4中心,另一个是Cu2I2中心,Cu与有机膦配体直接相连
Cu4I4PPh2Et4.mol2 (7.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)


Cu4I4PPh2Et4.pdb (13.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

Cu2I2.mol2 (9.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

Cu2I2.pdb (16.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)






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发表于 Post on 2025-10-28 10:15:00 | 只看该作者 Only view this author
CAOXI 发表于 2025-10-28 07:58
好滴,谢谢老师,我现在上传结构,纳米团簇结构,一个是Cu4I4中心,另一个是Cu2I2中心,Cu与有机膦配体直 ...

明明不是1000个原子,就是个配合物而已,显然得算RESP电荷,并且认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-10-28 10:24:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 CAOXI 于 2025-10-28 22:48 编辑
sobereva 发表于 2025-10-28 10:15
明明不是1000个原子,就是个配合物而已,显然得算RESP电荷,并且认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop/ ...
谢谢老师的解答,我的体系中Cu为+1价,已经与I形成离子键了,去掉有机配体也是电中性,有机配体也是电中性的,这样体系也需要计算RESP电荷吗,我之前只用上面的一个纳米团簇在Gaussian 16W上进行结构优化和振动分析,便于产生chk文件进行电荷计算,但是优化15个小时左右都还没有优化结束。这是我的gjf输入文件,用于结构优化的,老师帮忙看一下有问题吗,可以怎么改

因为我之后需要跑几十个这样的纳米团簇,所以会有1000多个原子。

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