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楼主 Author: mei
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[综合交流] G09 算两个分子的结合能应该用哪个能量来算?

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发表于 Post on 2019-5-16 16:19:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-5 15:47
首先要注意计算的具体是哪种结合能:
1 相对于各个分子在复合物状态下的能量。binding energy特指这种情况 ...

再请问您研究冠醚类化合物和金属离子之间的相互作用时,请问:1.这种相互作用主要是静电吸引吗?2.请问需要考虑D3校正吗?3.请问需要考虑BSSE校正吗?

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发表于 Post on 2019-5-17 01:06:22 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2019-5-16 16:19
再请问您研究冠醚类化合物和金属离子之间的相互作用时,请问:1.这种相互作用主要是静电吸引吗?2.请问需 ...

1 应该是,和具体是什么金属离子也有关系,诸如碱金属和过渡金属离子情况肯定差异较大
2 考虑
3 考虑有好处
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2019-5-17 01:11:09 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2019-5-16 16:09
Sob老师,您好,研究冠醚类化合物和金属离子之间的相互作用时,计算的结合能是特指第一种情况,那么请问 ...

算热力学量变化的时候算每个片段都得先优化,否则之后做振动分析显然也没意义
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发表于 Post on 2019-5-17 15:10:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-5-17 01:06
1 应该是,和具体是什么金属离子也有关系,诸如碱金属和过渡金属离子情况肯定差异较大
2 考虑
3 考虑有 ...

嗯嗯,我们准备考虑四种碱土金属离子,sob老师,谢谢您

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发表于 Post on 2019-5-17 18:24:03 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2019-5-17 15:10
嗯嗯,我们准备考虑四种碱土金属离子,sob老师,谢谢您

碱土金属就是靠的静电吸引
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sobereva 发表于 2019-5-17 18:24
碱土金属就是靠的静电吸引

Sob老师您好,感谢您详细耐心的解答,我们采用B3LYP和D3(Bj)校正,优化五种碱土金属(Be、Mg、Ca、Sr、Ba)离子并进行振动分析,其中Be、Mg、Ba三种金属离子优化分析成功,但是Ca、Sr两种金属离子的优化一直出现L301错误,不清楚是什么原因,还请您指教。五种金属离子的优化输入文件命令都是# opt freq b3lyp/genecp em=gd3bj,其中Be、Mg采用6-311g(d,p)基组,Ca、Sr、Ba均采用SDD赝势基组。

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发表于 Post on 2019-5-18 00:22:17 | 只看该作者 Only view this author
安衎然 发表于 2019-5-17 18:59
Sob老师您好,感谢您详细耐心的解答,我们采用B3LYP和D3(Bj)校正,优化五种碱土金属(Be、Mg、Ca、Sr、 ...

末尾至少空两行
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sobereva 发表于 2015-1-5 18:08
我之前把1和2写反了,已经改过来了。
“binding energy= 复合物的energy — 自由状态下的各个分子energy ...

sob老师,这里的“各个分子在复合物状态下电子能量之和”指的是先优化复合物结构后,然后截取优化后复合物的原子坐标(组成复合物的单分子坐标)然后进行能力的计算嘛?这种状态下得到的能量与一个新建优化后的的单分子计算的能量有什么差异嘛,这关于结合能和相互作用能的计算区别,还是不太清楚,看很多的计算教学似乎对这两个的区别都不太严格

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发表于 Post on 2025-2-19 17:37:09 | 只看该作者 Only view this author
顶顶顶顶顶 发表于 2025-2-19 17:21
sob老师,这里的“各个分子在复合物状态下电子能量之和”指的是先优化复合物结构后,然后截取优化后复合 ...

仔细看
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html
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