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楼主 Author: mei
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[综合交流] G09 算两个分子的结合能应该用哪个能量来算?

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发表于 Post on 2015-1-30 13:02:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-30 12:58
不同的人有不同的说法。
aug-cc-pVDZ弥散函数已经很多了,除非精度要求很高,否则没必要非得用counter ...

嗯呢,谢谢老师!
如果我不考虑bsse,用gauss想计算单体在复合物结构中的E_A_bAB,怎么计算呢?

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发表于 Post on 2015-1-30 13:17:48 | 只看该作者 Only view this author
小菜鸟求关照 发表于 2015-1-30 13:02
嗯呢,谢谢老师!
如果我不考虑bsse,用gauss想计算单体在复合物结构中的E_A_bAB,怎么计算呢?

既然不考虑BSSE问题,计算这个也就没意义了。
非要计算的话,就把复合物的输入文件里B片段的每个原子后面写上-Bq作为鬼原子即可(如H-Bq)
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发表于 Post on 2015-1-30 13:31:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-30 13:17
既然不考虑BSSE问题,计算这个也就没意义了。
非要计算的话,就把复合物的输入文件里B片段的每个原子后 ...

嗯呢 谢谢老师!

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发表于 Post on 2015-7-18 20:07:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-5 15:47
首先要注意计算的具体是哪种结合能:
1 相对于各个分子在复合物状态下的能量。binding energy特指这种情况 ...

①如果求1的话,输出文件中那应该取哪一个能量呢?Thermal correction to Gibbs Free Energy、Sum of electronic and zero-point Energies、Sum of electronic and thermal Energies、Sum of electronic and thermal Free Energie

②还有一个HF又是啥?单点能吗?

③看到大部分文献讲求解离焓,根据  BDE =Hr + Hh - Hp这个公式,为啥还需要计算单点能和零点振动能来算焓值呢?输出文件不直接有了吗?我把分子opt+freq之后直接会有 Thermal correction to Enthalpy
跪求解答。

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发表于 Post on 2015-7-19 07:36:57 | 只看该作者 Only view this author
xieyi 发表于 2015-7-18 20:07
①如果求1的话,输出文件中那应该取哪一个能量呢?Thermal correction to Gibbs Free Energy、Sum of ele ...


1 哪种都不是。取直接做单点计算输出的能量,别取振动分析输出的热力学量。
2 不明白你的意思
3 不明白你的意思。取freq任务之后输出的焓就完事了(这是比较粗略的做法,更好的做法是用尽可能高精度的方法算单点能,再加上中或低精度算的热力学校正量,这样最划算)。
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发表于 Post on 2015-7-19 08:04:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-7-19 07:36
1 哪种都不是。取直接做单点计算输出的能量,别取振动分析输出的热力学量。
2 不明白你的意思
3 不明 ...

热力学校正量是指零点振动能吗?

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发表于 Post on 2015-7-19 11:06:55 | 只看该作者 Only view this author
xieyi 发表于 2015-7-19 08:04
热力学校正量是指零点振动能吗?


不是。
热力学校正量包括对特定温度下焓/自由能/内能的校正量,加到电子能量上就是特定温度的焓/自由能/内能。
ZPE只不过是相当于0K下内能的(此时也等价于焓的)校正量。
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发表于 Post on 2015-7-20 09:08:19 | 只看该作者 Only view this author
您好!我也在学习高斯09,但是,我是刚入门。想和你加个联系方式,以后可以互相交流,可以吗?我的QQ:919213974

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发表于 Post on 2017-2-20 23:18:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-5 18:08
我之前把1和2写反了,已经改过来了。
“binding energy= 复合物的energy — 自由状态下的各个分子energy ...

Sob 老师,请问当组成复合物的各个片段上带有一定的电荷的时候(正负0.5左右,四舍五入我感觉不合适)该怎样设定电荷和多重度来计算各个片段的能量呢?
研究的是氢转移反应的过渡态,H 和两个片段中相应原子的键长都在1.3 埃左右,研究这种情况下的相互作用能有什么好的处理方法吗?
谢谢您!

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发表于 Post on 2017-2-21 03:40:20 | 只看该作者 Only view this author
RickyE 发表于 2017-2-20 23:18
Sob 老师,请问当组成复合物的各个片段上带有一定的电荷的时候(正负0.5左右,四舍五入我感觉不合适)该 ...


此时相互作用能没法严格定义,因为片段的状态的选取会影响结果。
计算时必须明确说明片段取的是什么状态的,比如可以取孤立状态下最稳定的电子态,与实际整体中片段电荷的差异可以视为是片段间相互作用导致的电荷转移。
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发表于 Post on 2017-2-21 08:46:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 kevin 于 2017-2-21 09:08 编辑
sobereva 发表于 2015-1-5 18:08
我之前把1和2写反了,已经改过来了。
“binding energy= 复合物的energy — 自由状态下的各个分子energy ...

sob老师,我有几个疑问,1.单个分子处于自由状态下的能量,就是分别去优化然后计算能量就好了,那么您说的这个单个分子处于复合物构型下的能量是如何计算的呢?在复合物已经优化好的结构上去掉其中一个分子,不再优化结构直接算能量么?或者是把其中一个分子的原子设置成鬼原子?2.我最近算的一个体系,利用公式复合物[AB]-自由状态下的[A]+[B]计算,电子能、内能、焓的变化都是负值,吉布斯自由能的变化是正值,请问,这个复合物是能形成还是不能呢?为什么?



站在宇宙中心呼唤爱

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发表于 Post on 2017-2-21 09:47:40 | 只看该作者 Only view this author
kevin 发表于 2017-2-21 08:46
sob老师,我有几个疑问,1.单个分子处于自由状态下的能量,就是分别去优化然后计算能量就好了,那么您说 ...


1 直接从复合物结构中抠出那个分子的坐标,算个单点就完了
2 热力学上不能形成,自由能增加的过程不是热力学自发的,普化学过。这种现象在二聚问题的研究很常见,单体形成二聚体后运动受限,熵会显著减小。
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发表于 Post on 2017-2-23 07:12:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-2-21 03:40
此时相互作用能没法严格定义,因为片段的状态的选取会影响结果。
计算时必须明确说明片段取的是什么状 ...

请问Sob老师,这种片段无法准确设定的情况下可不可以用原子电荷来定性描述H和反应分子之间的作用呢(H转移反应的过渡态)?如果可以的话,用哪种电荷比较好呢?记得您说NPA,AIM 的电荷对于这类问题不够准确

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发表于 Post on 2017-2-23 08:28:18 | 只看该作者 Only view this author
RickyE 发表于 2017-2-23 07:12
请问Sob老师,这种片段无法准确设定的情况下可不可以用原子电荷来定性描述H和反应分子之间的作用呢(H转 ...


我没那么说过。NPA、ADCH、Hirshfeld都可以用,AIM强烈不推荐,原子电荷计算方法的对比(http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml)里面说过
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发表于 Post on 2019-5-16 16:09:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-1-5 15:47
首先要注意计算的具体是哪种结合能:
1 相对于各个分子在复合物状态下的能量。binding energy特指这种情况 ...

Sob老师,您好,研究冠醚类化合物和金属离子之间的相互作用时,计算的结合能是特指第一种情况,那么请问计算的焓变和吉布斯自由能变指的是第一种情况(相对于各个分子在复合物状态下的能量)还是第二种情况(相对于各个分子在自由结构状态下的能量)呢?

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