如何构建多糖的结构文件

ZLQ · 发表于 Post on 2026-1-3 22:09:09

想做一个酸性多糖与壳寡糖（碱性）的分子自组装模拟，关于多糖的建模文件该怎么构建呢，charmm-gui有些键无法识别，而chemdraw画的结构没办法匹配charmm36力场

jamesl · 发表于 Post on 2026-1-4 10:23:25

可以使用GLYCAM构建，如果你使用amber力场的话，可以直接使用GLYCAM力场参数
参考这两篇博文
糖及其GLYCAM力场中的命名约定
https://jerkwin.github.io/2017/0 ... %E7%BA%A6%E5%AE%9A/
Amber构建寡糖的方法
https://jerkwin.github.io/2017/0 ... %E6%96%B9%E6%B3%95/

yuzc · 发表于 Post on 2026-1-4 11:38:32

ZLQ · 发表于 Post on 2026-1-4 20:07:08

yuzc 发表于 2026-1-4 11:38
https://glycam.org/pb/builder/

这个好像得翻墙，我用过，构建之后提示结构不合理，无法形成md

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[GROMACS] 如何构建多糖的结构文件