使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

sobereva

花开半夏 发表于 2018-8-26 11:32
Sob老师，我们主要研究的是氢键弱相互作用，也是需要加D3校正的吧。
体系中只含有一个过渡金属原子，其他 ...

加
可以（如果之后要计算弱相互作用能，算作用能时还得加弥散）

花开半夏

多谢sob老师！！

sobereva

molclus程序1.5版已发布，新支持免费的Open Babel程序，可以调用它实现基于MMFF94（精度几乎最高的有机小分子力场）、GAFF等力场的优化从而实现构型和构象搜索目的。相应此帖已经更新了

花开半夏

Sob老师，我用的pm7先进行初步筛选，因为算的确实比较快，所以刚开始选择了100个构型，但是优化后竟然得到了83个结构，而且能量相近的两个结构也不完全一样，键长和键角上存在差别，这种情况如何进行下一步的筛选和优化呢？
Sorting clusters according to energy...
#    1 Count:    3  E=     -0.435663 a.u.  DGmin=   0.29  DE=    0.00 kcal/mol
#    2 Count:    1  E=     -0.434913 a.u.  DGmin=   0.15  DE=    0.47 kcal/mol
#    3 Count:    1  E=     -0.434823 a.u.  DGmin=   0.15  DE=    0.53 kcal/mol
#    4 Count:    1  E=     -0.434387 a.u.  DGmin=   0.10  DE=    0.80 kcal/mol
#    5 Count:    1  E=     -0.434168 a.u.  DGmin=   0.15  DE=    0.94 kcal/mol
#    6 Count:    1  E=     -0.434112 a.u.  DGmin=   0.01  DE=    0.97 kcal/mol
#    7 Count:    1  E=     -0.433816 a.u.  DGmin=   0.15  DE=    1.16 kcal/mol
#    8 Count:    1  E=     -0.433760 a.u.  DGmin=   0.18  DE=    1.19 kcal/mol
#    9 Count:    1  E=     -0.433723 a.u.  DGmin=   0.11  DE=    1.22 kcal/mol
#   10 Count:    3  E=     -0.433612 a.u.  DGmin=   1.71  DE=    1.29 kcal/mol
#   11 Count:    1  E=     -0.433588 a.u.  DGmin=   0.01  DE=    1.30 kcal/mol
#   12 Count:    1  E=     -0.433580 a.u.  DGmin=   0.22  DE=    1.31 kcal/mol
#   13 Count:    1  E=     -0.433375 a.u.  DGmin=   0.49  DE=    1.44 kcal/mol
#   14 Count:    1  E=     -0.433034 a.u.  DGmin=   0.09  DE=    1.65 kcal/mol
#   15 Count:    1  E=     -0.433000 a.u.  DGmin=   0.11  DE=    1.67 kcal/mol
#   16 Count:    2  E=     -0.432786 a.u.  DGmin=   0.04  DE=    1.81 kcal/mol
#   17 Count:    1  E=     -0.432403 a.u.  DGmin=   0.17  DE=    2.05 kcal/mol
#   18 Count:    1  E=     -0.432349 a.u.  DGmin=   0.37  DE=    2.08 kcal/mol
#   19 Count:    1  E=     -0.432246 a.u.  DGmin=   0.07  DE=    2.14 kcal/mol
#   20 Count:    1  E=     -0.432223 a.u.  DGmin=   0.04  DE=    2.16 kcal/mol
#   21 Count:    1  E=     -0.432062 a.u.  DGmin=   0.04  DE=    2.26 kcal/mol
#   22 Count:    1  E=     -0.431986 a.u.  DGmin=   0.25  DE=    2.31 kcal/mol
#   23 Count:    1  E=     -0.431926 a.u.  DGmin=   0.44  DE=    2.35 kcal/mol
#   24 Count:    1  E=     -0.431902 a.u.  DGmin=   0.04  DE=    2.36 kcal/mol
#   25 Count:    2  E=     -0.431882 a.u.  DGmin=   0.10  DE=    2.37 kcal/mol
#   26 Count:    1  E=     -0.431881 a.u.  DGmin=   0.09  DE=    2.37 kcal/mol
#   27 Count:    1  E=     -0.431811 a.u.  DGmin=   0.07  DE=    2.42 kcal/mol
#   28 Count:    1  E=     -0.431768 a.u.  DGmin=   0.20  DE=    2.44 kcal/mol
#   29 Count:    1  E=     -0.431747 a.u.  DGmin=   0.20  DE=    2.46 kcal/mol
#   30 Count:    1  E=     -0.431741 a.u.  DGmin=   0.10  DE=    2.46 kcal/mol
#   31 Count:    1  E=     -0.431661 a.u.  DGmin=   0.14  DE=    2.51 kcal/mol
#   32 Count:    1  E=     -0.431625 a.u.  DGmin=   0.29  DE=    2.53 kcal/mol
#   33 Count:    1  E=     -0.431606 a.u.  DGmin=   0.03  DE=    2.55 kcal/mol
#   34 Count:    1  E=     -0.431576 a.u.  DGmin=   0.24  DE=    2.56 kcal/mol
#   35 Count:    1  E=     -0.431487 a.u.  DGmin=   0.12  DE=    2.62 kcal/mol
#   36 Count:    1  E=     -0.431371 a.u.  DGmin=   0.08  DE=    2.69 kcal/mol
#   37 Count:    3  E=     -0.431356 a.u.  DGmin=   0.15  DE=    2.70 kcal/mol
#   38 Count:    1  E=     -0.431206 a.u.  DGmin=   0.01  DE=    2.80 kcal/mol
#   39 Count:    1  E=     -0.431150 a.u.  DGmin=   0.09  DE=    2.83 kcal/mol
#   40 Count:    1  E=     -0.431024 a.u.  DGmin=   0.03  DE=    2.91 kcal/mol
#   41 Count:    2  E=     -0.430943 a.u.  DGmin=   0.04  DE=    2.96 kcal/mol
#   42 Count:    1  E=     -0.430914 a.u.  DGmin=   0.37  DE=    2.98 kcal/mol
#   43 Count:    1  E=     -0.430765 a.u.  DGmin=   0.38  DE=    3.07 kcal/mol
#   44 Count:    1  E=     -0.430735 a.u.  DGmin=   0.11  DE=    3.09 kcal/mol
#   45 Count:    1  E=     -0.430625 a.u.  DGmin=   0.09  DE=    3.16 kcal/mol
#   46 Count:    3  E=     -0.430584 a.u.  DGmin=   0.07  DE=    3.19 kcal/mol
#   47 Count:    1  E=     -0.430542 a.u.  DGmin=   0.08  DE=    3.21 kcal/mol
#   48 Count:    3  E=     -0.430460 a.u.  DGmin=   0.10  DE=    3.26 kcal/mol
#   49 Count:    1  E=     -0.430446 a.u.  DGmin=   0.13  DE=    3.27 kcal/mol
#   50 Count:    1  E=     -0.430294 a.u.  DGmin=   0.17  DE=    3.37 kcal/mol
#   51 Count:    1  E=     -0.430266 a.u.  DGmin=   0.23  DE=    3.39 kcal/mol
#   52 Count:    1  E=     -0.430239 a.u.  DGmin=   0.23  DE=    3.40 kcal/mol
#   53 Count:    1  E=     -0.430197 a.u.  DGmin=   0.01  DE=    3.43 kcal/mol
#   54 Count:    1  E=     -0.430190 a.u.  DGmin=   0.23  DE=    3.43 kcal/mol
#   55 Count:    1  E=     -0.430043 a.u.  DGmin=   0.32  DE=    3.53 kcal/mol
#   56 Count:    1  E=     -0.430023 a.u.  DGmin=   0.35  DE=    3.54 kcal/mol
#   57 Count:    3  E=     -0.430014 a.u.  DGmin=   0.08  DE=    3.54 kcal/mol
#   58 Count:    1  E=     -0.430001 a.u.  DGmin=   0.15  DE=    3.55 kcal/mol
#   59 Count:    1  E=     -0.429794 a.u.  DGmin=   0.13  DE=    3.68 kcal/mol
#   60 Count:    1  E=     -0.429627 a.u.  DGmin=   0.15  DE=    3.79 kcal/mol
#   61 Count:    1  E=     -0.429541 a.u.  DGmin=   0.08  DE=    3.84 kcal/mol
#   62 Count:    1  E=     -0.429539 a.u.  DGmin=   0.39  DE=    3.84 kcal/mol
#   63 Count:    1  E=     -0.429480 a.u.  DGmin=   0.07  DE=    3.88 kcal/mol
#   64 Count:    1  E=     -0.429475 a.u.  DGmin=   0.13  DE=    3.88 kcal/mol
#   65 Count:    1  E=     -0.429450 a.u.  DGmin=   0.31  DE=    3.90 kcal/mol
#   66 Count:    1  E=     -0.429078 a.u.  DGmin=   0.08  DE=    4.13 kcal/mol
#   67 Count:    1  E=     -0.428646 a.u.  DGmin=   0.68  DE=    4.40 kcal/mol
#   68 Count:    1  E=     -0.428607 a.u.  DGmin=   0.08  DE=    4.43 kcal/mol
#   69 Count:    1  E=     -0.428560 a.u.  DGmin=   0.14  DE=    4.46 kcal/mol
#   70 Count:    1  E=     -0.428483 a.u.  DGmin=   0.16  DE=    4.51 kcal/mol
#   71 Count:    1  E=     -0.428450 a.u.  DGmin=   0.11  DE=    4.53 kcal/mol
#   72 Count:    1  E=     -0.428317 a.u.  DGmin=   0.01  DE=    4.61 kcal/mol
#   73 Count:    1  E=     -0.428012 a.u.  DGmin=   0.26  DE=    4.80 kcal/mol
#   74 Count:    1  E=     -0.427734 a.u.  DGmin=   0.15  DE=    4.98 kcal/mol
#   75 Count:    1  E=     -0.427712 a.u.  DGmin=   0.01  DE=    4.99 kcal/mol
#   76 Count:    1  E=     -0.427429 a.u.  DGmin=   0.19  DE=    5.17 kcal/mol
#   77 Count:    1  E=     -0.426779 a.u.  DGmin=   0.14  DE=    5.57 kcal/mol
#   78 Count:    1  E=     -0.426459 a.u.  DGmin=   0.13  DE=    5.78 kcal/mol
#   79 Count:    1  E=     -0.426108 a.u.  DGmin=   0.32  DE=    6.00 kcal/mol
#   80 Count:    1  E=     -0.425483 a.u.  DGmin=   0.25  DE=    6.39 kcal/mol
#   81 Count:    1  E=     -0.425466 a.u.  DGmin=   0.49  DE=    6.40 kcal/mol
#   82 Count:    1  E=     -0.424134 a.u.  DGmin=   0.14  DE=    7.23 kcal/mol
#   83 Count:    1  E=     -0.423997 a.u.  DGmin=   0.14  DE=    7.32 kcal/mol

sobereva

花开半夏 发表于 2018-8-29 21:03
Sob老师，我用的pm7先进行初步筛选，因为算的确实比较快，所以刚开始选择了100个构型，但是优化后竟然得到 ...

如果你当前是用的isostat默认的归簇标准，可以把两个归簇标准都设成0.5，然后把前10个取出来用于之后DFT计算（如果还是嫌太耗时，取出前5个）

花开半夏

恩恩，那我按照您说的再算下，多谢sob老师！

lichengqiao

D:\molclus_1.5_Win_free\molclus_1.5_Win_free>molclus.exe traj.xyz > h2o.out &
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit 10, file D:\molclus_1.5_Win_free\molclus_1.5_Win_free\settings.ini
Image              PC        Routine            Line        Source
molclus.exe        00482D70  Unknown               Unknown  Unknown
molclus.exe        0044A506  Unknown               Unknown  Unknown
molclus.exe        00436C62  Unknown               Unknown  Unknown
molclus.exe        00435FA4  Unknown               Unknown  Unknown
molclus.exe        0041DBD0  Unknown               Unknown  Unknown
molclus.exe        00401952  Unknown               Unknown  Unknown
molclus.exe        00483D33  Unknown               Unknown  Unknown
molclus.exe        0046B983  Unknown               Unknown  Unknown
KERNEL32.DLL       759B8484  Unknown               Unknown  Unknown
ntdll.dll          770D305A  Unknown               Unknown  Unknown
ntdll.dll          770D302A  Unknown               Unknown  Unknown
老师，请问一下这是什么原因呀

sobereva

lichengqiao 发表于 2018-9-28 10:08
D:\molclus_1.5_Win_free\molclus_1.5_Win_free>molclus.exe traj.xyz > h2o.out &
forrtl: severe (59):  ...

你把settings.ini格式改乱了，或者用的不是这个版本的molclus的settings.ini

长颈鹿先森

sobereva 发表于 2018-8-29 21:48
如果你当前是用的isostat默认的归簇标准，可以把两个归簇标准都设成0.5，然后把前10个取出来用于之后DFT ...

sob老师，我按您给的例子自己做了一 遍，发现在用gaussian优化那11个构型时，有一个构型经过template两次都没有收敛，得到的isomers.xyz中就10个，这是怎么回事呢，如第一张图，我用的是windows版的高斯09；第二问题是，用isostat.exe选出来的构型跟归簇标准有关系吧，我enter两次用默认的选出来是例子中的那5个构型，但是如果都用0.5来归簇的话，最终选出来是4个，标准应该怎么选呢，那以后做分子团簇构型搜索时应该怎么办呢？见第2和3张图

sobereva

长颈鹿先森 发表于 2018-11-3 21:59
sob老师，我按您给的例子自己做了一 遍，发现在用gaussian优化那11个构型时，有一个构型经过template两次 ...

1 本来就没有必然性依次用两个模板文件后100%能收敛。你用gview看一下程序备份出来的.out文件里的轨迹变化情况，就知道为什么没收敛。11个构型里极个别没收敛不用管它，只要最终收敛的结构数够多就行了

2 你用更松的归簇标准，最后肯定归出来的簇会倾向于更少。不知道怎么设合适就用默认就完了。

长颈鹿先森

sobereva 发表于 2018-11-4 05:22
1 本来就没有必然性依次用两个模板文件后100%能收敛。你用gview看一下程序备份出来的.out文件里的轨迹变 ...

谢谢老师，我看了下轨迹，发现能量在降低，但是RMS却先降低后来又升高了。
对了老师想问您下，第一：gromacs能模拟两种气相分子混合后的热解问题吗，gmx适合做这种问题吗，想看不同温度下，产物都有什么以及随温度的变化情况，我在google里搜了下文献，发现几乎没有用gmx去模拟的，大多是用ReaxxFF力场去模拟。

第二：如果只是将两种气相分子放在一起，常压下混合均匀，想看随温度的变化情况，这种跟团簇有关系吗，不是很懂团簇。我看之前您的gromacs培训班的安排，上面有气相分子的模拟，但得等到2月份了，现在想先着手做一些简单的模拟。

sobereva

长颈鹿先森 发表于 2018-11-5 11:31
谢谢老师，我看了下轨迹，发现能量在降低，但是RMS却先降低后来又升高了。
对了老师想问您下，第一：gro ...

1 不能。gmx不支持反应力场，牵扯到化学键的断裂一般需要用反应力场模拟，主流是lammps跑ReaxFF，或者用从头算动力学模拟，但能算的体系大小很有限

2 不同温度下，模拟的团簇表现出来的特征肯定不同。比如结构波动程度、两种分子的空间分布等等

Hongshu

sob老师，您好，想请教一下，我想研究一个无机分子团簇表面悬挂键被其他元素（O、H）饱和的各种情况，保持团簇核不变，只改变O、H的数量和位置，可以使用molclus搜索到能量最低的结构吗

sobereva

Hongshu 发表于 2018-11-8 09:24
sob老师，您好，想请教一下，我想研究一个无机分子团簇表面悬挂键被其他元素（O、H）饱和的各种情况，保持 ...

这不属于molclus的适用范畴

长颈鹿先森

sobereva 发表于 2018-11-6 03:42
1 不能。gmx不支持反应力场，牵扯到化学键的断裂一般需要用反应力场模拟，主流是lammps跑ReaxFF，或者用 ...

谢谢老师，最近一直在看ReaxFF反应力场的文献，发现建模好多用的是MS，不过也有用packmol，我们没有MS的版权，以后还是用免费的packmol吧，我看看手册并自己做一些小模型的模拟试试看。