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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-5 01:53:58 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2019-8-4 10:59
老师,GROMACS下载好慢,下载几次总是失败

用断点续传工具,或者开威僻恩加速
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-7 02:55:26 | 只看该作者 Only view this author
2019-Aug-7:1.8.7版发布。调用xtb之前会自动删除xtbrestart文件,减小了对某些体系调用最新版xtb程序优化失败的几率。
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发表于 Post on 2019-8-9 23:47:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 欢乐多 于 2019-8-9 23:48 编辑
sobereva 发表于 2019-8-7 02:55
2019-Aug-7:1.8.7版发布。调用xtb之前会自动删除xtbrestart文件,减小了对某些体系调用最新版xtb程序优化 ...

老师,GROMACS严格按照您的视频指导进行安装后,各项显示正常,但有命令(比如editconf, grompp, mdrun)不能执行,这是什么原因?即使用您提供的文件也不能执行

TIM图片20190809233340.png (8.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 64)

TIM图片20190809233340.png

TIM图片20190809233336.png (26.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 69)

TIM图片20190809233336.png

TIM图片20190809233332.png (11.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 63)

TIM图片20190809233332.png

TIM图片20190809234814.png (25.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 62)

TIM图片20190809234814.png
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-10 08:10:42 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2019-8-9 23:47
老师,GROMACS严格按照您的视频指导进行安装后,各项显示正常,但有命令(比如editconf, grompp, mdrun) ...

写成诸如gmx editconf
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发表于 Post on 2019-8-10 09:07:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-10 08:10
写成诸如gmx editconf

老师,这样就可以了,看来对Linux还不是很熟悉,
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发表于 Post on 2019-8-10 10:28:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-10 08:10
写成诸如gmx editconf

老师,动力学模拟过程出现“hypen...."问题?不能产生md1.tpr

TIM图片20190810102622.png (99.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 56)

TIM图片20190810102622.png
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-11 06:39:42 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2019-8-10 10:28
老师,动力学模拟过程出现“hypen...."问题?不能产生md1.tpr

格式不对
你用gmx grompp -h一看就知道选项该怎么设
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团簇构型和分子构象搜索程序molclus 1.8.8版发布。完美支持了近期发布的ORCA 4.2(之前版本molclus的备份优化轨迹文件的功能不兼容ORCA 4.2)。从此molclus不再完美支持ORCA 4.2以前的版本
新版程序可在http://www.keinsci.com/research/molclus.html下载
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发表于 Post on 2019-8-25 22:18:42 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,要搜索两个不同分子间的构象,因该如何使用molclus?如何调整参数呢?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-26 02:52:26 | 只看该作者 Only view this author
bufanzhi 发表于 2019-8-25 22:18
请问老师,要搜索两个不同分子间的构象,因该如何使用molclus?如何调整参数呢?谢谢!

"两个不同分子间的构象"我理解不了
如果不是gentor或genmer产生初始结构就可以解决的问题,就跑MD产生初始结构
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发表于 Post on 2019-8-27 21:42:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-26 02:52
"两个不同分子间的构象"我理解不了
如果不是gentor或genmer产生初始结构就可以解决的问题,就跑MD产生初 ...

抱歉老师,我可能没有描述清楚,我主要想通过计算A分子和B分子之间的弱相互作用,搜索最稳定的构象,也可以用molclus吗?再次感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-27 21:58:53 | 只看该作者 Only view this author
bufanzhi 发表于 2019-8-27 21:42
抱歉老师,我可能没有描述清楚,我主要想通过计算A分子和B分子之间的弱相互作用,搜索最稳定的构象,也可 ...

如果你的重点是弱相互作用对构象的影响,用动力学程序跑二聚体结构产生初始结构,然后扔给molclus优化、筛选就完全可以。如果分子构象不是特别复杂,直接用genmer产生初始结构,交给molclus搞就行了。
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发表于 Post on 2019-8-27 22:46:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-27 21:58
如果你的重点是弱相互作用对构象的影响,用动力学程序跑二聚体结构产生初始结构,然后扔给molclus优化、 ...

谢谢老师回复!清楚了

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发表于 Post on 2019-9-10 19:29:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-8-29 21:48
如果你当前是用的isostat默认的归簇标准,可以把两个归簇标准都设成0.5,然后把前10个取出来用于之后DFT ...

sob老师,两个归簇标准设置有很大的随意性,怎么设置才能计算的合理,时间合适,主要的构象也不会漏掉?比如下面是我的结构,有50个原子,在初步gentor的构象搜索及简单的半经验优化后,准备下一步用B97-3C进行优化,优化时间控制在8小时内。

isomers.xyz

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-9-10 19:34:18 | 只看该作者 Only view this author
欢乐多 发表于 2019-9-10 19:29
sob老师,两个归簇标准设置有很大的随意性,怎么设置才能计算的合理,时间合适,主要的构象也不会漏掉? ...

先用默认的标准。如果你用VMD观看cluster.xyz,发现里头有一些结构你肉眼看上去觉得太接近、优化完了肯定也会收敛到相同结构去,可以尝试更宽的阈值重新归簇
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