使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

Scarlett-ww · 发表于 Post on 2019-4-29 19:11:06

本帖最后由 Scarlett-ww 于 2019-4-29 19:12 编辑

你好，Sob老师，我想请教您一下，我在molclus+gaussian搜索构象的过程中，出现优化不收敛的情况，这是什么原因呢？

sobereva · 发表于 Post on 2019-4-30 04:19:51

Scarlett-ww 发表于 2019-4-29 19:11
你好，Sob老师，我想请教您一下，我在molclus+gaussian搜索构象的过程中，出现优化不收敛的情况，这是什么 ...

/usr/local/bin/g09e不是对应的实际的Gaussian可执行文件名

Scarlett-ww · 发表于 Post on 2019-4-30 10:41:29

sobereva 发表于 2019-4-30 04:19
/usr/local/bin/g09e不是对应的实际的Gaussian可执行文件名

明白了，谢谢Sob老师。

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2019-4-30 21:16:11

问一下这个方法所能支持的最大体系原子数大概在什么量级？
蛋白质加底物小分子有上千的原子是否也可适用？

谢谢~

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-1 06:11:51

DoubeeTwT 发表于 2019-4-30 21:16
问一下这个方法所能支持的最大体系原子数大概在什么量级？
蛋白质加底物小分子有上千的原子是否也可适用？ ...

决定这个问题的因素很多，直接牵扯到数量级问题，所以不好简单回复。
如果你是通过MD产生初始结构，那么处理上千个原子完全没问题，之后得到的结构用xtb进一步refine一下，如果把距离底物比较远的原子都冻住，这样大小的体系也是可以优化得动的。

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2019-5-1 10:51:46

sobereva 发表于 2019-5-1 06:11
决定这个问题的因素很多，直接牵扯到数量级问题，所以不好简单回复。
如果你是通过MD产生初始结构，那么 ...

谢谢sob老师

lichengqiao · 发表于 Post on 2019-5-5 15:06:55

@Sobereva 老师您好，请问您一下，我在用molclus+xtb搜索构型的时候，有两次都是初始结构数量为10w比初始结构为50w的能量更低一点（相差零点几个千卡），这个是什么原因，按道理来说生成的初始结构越多，找到最稳定结构的可能性越大呀。

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-5 15:32:59

lichengqiao 发表于 2019-5-5 15:06
@Sobereva 老师您好，请问您一下，我在用molclus+xtb搜索构型的时候，有两次都是初始结构数量为10w比初始结 ...

只能说是巧合了。默认设置下，每次产生的初始结构都不同。如果要求相同，genmer.ini里可以设irandom为1

lichengqiao · 发表于 Post on 2019-5-5 17:05:49

好的，谢谢老师，我在多做几个体系看看。

zhang1992 · 发表于 Post on 2019-5-5 17:27:53

@Sobereva 老师您好，采用高斯计算的时候，可以分配节点吗？这样运算感觉好慢~

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-6 09:23:43

zhang1992 发表于 2019-5-5 17:27
@Sobereva 老师您好，采用高斯计算的时候，可以分配节点吗？这样运算感觉好慢~

想利用多个节点同时计算怎么做，帖子里说了

Molclus可以同时运行多个以试图节约时间。大家都知道支持并行的计算程序的计算耗时不会和调用的核数线性相关，随着核数增加并行效率必然会愈发降低。比如你的机子核数很多，有56核，traj.xyz里有1000个结构需要处理，你希望降低molclus处理这个traj.xyz的总耗时，那么你可以比如把molclus文件夹复制成四份，比如分别叫molc1、molc2、molc3、molc4，分别将这四个目录下的settings.ini里的ngeom设为1,250、251,500、501,750、751,1000。然后开启四个终端，分别进入这四个目录并且运行molclus。等都运行完了，使用这条命令把四个目录下产生的isomers.xyz合并在一起：
cat molc1\isomers.xyz molc2\isomers.xyz molc3\isomers.xyz molc4\isomers.xyz > isomers.xyz
之后用isostat对这样的isomers.xyz产生的统计结果，和只跑一个molclus但是一次性考虑所有1000个结构的情况是完全一样的，而总耗时能降低不少。类似地，如果你有很多台机子可用，也可以这样把一个任务分开在不同机子上计算，然后把不同机子上的isomers.xyz合并到一起。

zhang1992 · 发表于 Post on 2019-5-6 10:13:29

sobereva 发表于 2019-5-6 09:23
想利用多个节点同时计算怎么做，帖子里说了

那这样高斯运算的时候是单核运算吗？是不是意味着我分的越多，越快。

还有，我们的计算核数没有并行，就是单机运算，提交任务的时候是直接提交到指定的队列；按照您说的这种方法，应该只能用主节点的核数。

文件夹中的templet.gjf 可不可以直接把使用的核数和内存给定啊？我自己修改

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-7 08:24:36

zhang1992 发表于 2019-5-6 10:13
那这样高斯运算的时候是单核运算吗？是不是意味着我分的越多，越快。

还有，我们的计算核数没有并行， ...

当然不是。每个节点用多少核，取决于default.Rou，或者你在template.gjf里写的%nproc

hzamber · 发表于 Post on 2019-5-20 16:09:03

社长，molclus+orca搜索构象如何保存每帧的gbw文件？能否增加该功能。
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-5-21 03:12:13

hzamber 发表于 2019-5-20 16:09
社长，molclus+orca搜索构象如何保存每帧的gbw文件？能否增加该功能。
谢谢！

我已经更新了molclus官网上的1.8.2版，新增了ibkgbw选项，设为1就可以自动保留了

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