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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-12 22:35:34 | 只看该作者 Only view this author
danni511 发表于 2021-8-12 16:26
请问老师,研究金属团簇可以用molclus吗?谢谢老师

可以

此文提到了molclus结合xtb做Li团簇的搜索
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

很多用molclus已发表的文章都是做金属团簇搜索的,使用molclus发的文章列表见molclus主页
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发表于 Post on 2021-8-13 11:11:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 danni511 于 2021-8-13 22:34 编辑
sobereva 发表于 2021-8-12 22:35
可以

此文提到了molclus结合xtb做Li团簇的搜索

谢谢sob老师,如果不用genmer,用GaussView建模后保存出gjf文件,然后手工改成xyz的格式,用自己改的这个xyz格式的文件作为初始构型结构traj.xyz文件可以吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-13 22:47:33 | 只看该作者 Only view this author
danni511 发表于 2021-8-13 11:11
谢谢sob老师,如果不用genmer,用GaussView建模后保存出gjf文件,然后手工改成xyz的格式,用自己改的这个 ...

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-8-17 22:34:29 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2021-8-19 15:46:08 | 只看该作者 Only view this author
社长,这个是否可以适用于A分子和B分子组成的混合体系的团簇搜索,目前正在GROMACS中跑模拟,想要看团簇效果。感谢社长。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-20 06:40:09 | 只看该作者 Only view this author
蕊蕊花儿杰杰 发表于 2021-8-19 15:46
社长,这个是否可以适用于A分子和B分子组成的混合体系的团簇搜索,目前正在GROMACS中跑模拟,想要看团簇效 ...

可以,团簇里有几个A几个B可以自由决定。用gromacs或xtb等程序跑动力学产生traj.xyz里的初始构型也可以,用genmer产生也可以,后者更方便
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发表于 Post on 2021-8-20 12:32:50 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,您好!gaussian_path和GAUSS_EXEDIR我按要求设置好了,用genmer和molclus计算了examples中的Li6,运行molclus时Gaussian09的图形界面没有出现,但是能够产生.out,.chk和isomer.xyz文件,请问这是什么问题呀,这样算正常运行吗?谢谢老师!

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发表于 Post on 2021-8-20 16:26:52 | 只看该作者 Only view this author
danni511 发表于 2021-8-20 05:32
Sob老师,您好!gaussian_path和GAUSS_EXEDIR我按要求设置好了,用genmer和molclus计算了examples中的Li6, ...

因为molclus根本没调用图形界面版的高斯,调用的是命令行版的高斯
高斯的图形界面只是一个壳子,不要把高斯的图形界面和高斯用来做实际计算的程序混淆,即使用图形界面调用高斯,这个图形界面也是通过在后台调用命令行版本来计算的,那个命令行版本的程序才是最核心的程序
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-8-21 21:09:53 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-8-20 16:26
因为molclus根本没调用图形界面版的高斯,调用的是命令行版的高斯
高斯的图形界面只是一个壳子,不要把 ...

明白了,谢谢您的回复。

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发表于 Post on 2021-8-27 15:47:37 | 只看该作者 Only view this author
比较期待的一个2.0版本的功能,是molclus能不能内部和Shermo梦幻联动,那就真方便太多了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-28 11:30:27 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-8-27 15:47
比较期待的一个2.0版本的功能,是molclus能不能内部和Shermo梦幻联动,那就真方便太多了。

我会考虑的
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发表于 Post on 2021-9-2 10:09:13 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,如果用molclus计算阴离子团簇,是在template.gjf中改一下电荷和自旋多重度吗,还有其他文件中的参数需要改吗?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-2 21:35:57 | 只看该作者 Only view this author
danni511 发表于 2021-9-2 10:09
请问sob老师,如果用molclus计算阴离子团簇,是在template.gjf中改一下电荷和自旋多重度吗,还有其他文件中 ...

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发表于 Post on 2021-9-3 10:19:44 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-4 04:12:13 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-8-27 15:47
比较期待的一个2.0版本的功能,是molclus能不能内部和Shermo梦幻联动,那就真方便太多了。

Molclus 1.9.9.6版已经支持了此功能
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