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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-8 16:44:08 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-11-6 12:05
非常感谢老师一直以来的耐心指导,我还想请教一下您,我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带 ...

C-H是非常弱的氢键给体,主要成分是色散和静电作用,下文说了,轨道相互作用可以忽略不计,不建议用ETS-NOCV分析这个,纯粹是过度分析
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html
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发表于 Post on 2025-11-20 17:25:55 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peter123 于 2025-11-20 17:27 编辑

非常感谢老师一直以来给我的指导,我想请教一下老师,我目前在进行氯仿溶液中160个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互作用(C-H...X氢键)分析。
我目前在计算有机笼和不同阴离子在溶液中的结合能、结合自由能。我之前发现我算出来的不同阴离子和有机笼的结合强弱顺序和原文并不能完全对照,我计算单点能用的级别是M062X-D3 /6-311+G(2d,p)。其中对于碘离子这个特例,我用的计算级别是M062X-D3 /ma-def2-TZVP,我发现其他酸根和有机笼的复合物(使用6-311+G(2d,p))的BSSE在14-29KJ/mol这样,而卤素离子(F、Cl、Br,也使用6-311+G(2d,p))的BSSE在3-9KJ/mol这样。而碘离子(使用ma-def2-TZVP)的BSSE只有1KJ/mol。
之前您指导我说,“def2-TZVP自身的弥散程度就明显高于6-311G系列,再加上又带了ma-弥散,BSSE问题明显小于6-311+G(2d,p)”。我现在做的波函数分析都是用M062X-D3 /6-311+G(2d,p)级别下的波函数文件做的,请问我现在是否有必要在ma-def2-TZVP级别下把全部体系(接近50个复合物,每个复合物都是160原子左右)从新算一遍单点,然后用这个单点的数据来计算结合自由能呢?请问这样算出来的结合自由能相比于之前使用6-311+G(2d,p)基组计算的自由能会有很大程度的改变吗?
(ps1:因为我去找了很多相关的文献,里面提到DFT使用隐式溶剂模型计算主客体溶液中的结合自由能都会遇到和实验原文无法对照的问题)
(ps2:如果真的要重算,波函数分析我准备仍然使用之前的M062X-D3 /6-311+G(2d,p)级别下的波函数文件)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-21 04:05:12 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-11-20 17:25
非常感谢老师一直以来给我的指导,我想请教一下老师,我目前在进行氯仿溶液中160个原子的有机分子笼(不带 ...

为了尽可能统一、有可比性,以及避免被审稿人comment,算单点时候都用ma-def2-TZVP最好,虽然比起已经考虑counterpoise校正的6-311+G(2d,p)结果预期不会变化明显。


里面提到DFT使用隐式溶剂模型计算主客体溶液中的结合自由能都会遇到和实验原文无法对照的问题
针对你说的这个,J. Phys. Chem. B 2017, 121, 11144−11162专门用DFT算了主客体复合物的结合自由能,可以参考,结果和实验吻合不错
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发表于 Post on 2025-11-27 18:38:32 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢老师一直以来给我的指导,我想请教一下老师,我目前在进行氯仿溶液中160个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互作用(C-H...X氢键)分析。
(这个问题涉及chatpgpt,不知道是否会违反论坛规则,如果有违反还请老师跟我说,我会将这个回复删除)
我目前在写论文前面的综述部分,之前我看您的multiwfn培训班的文章模板中提到,综述部分可以用chatgpt辅助写。请问这里说的用chatgpt辅助是不是用它帮我找文献,然后文献还是需要我自己去读、去整理呢?我这两天试图用chatgpt直接帮我生成一个关于C-H...X氢键的综述,发现写的非常差,根本无法使用。
因此想请教一下老师,您在文章模板中提到的用chatgpt辅助写综述,是怎么样合理运用chatgpt呢?我想请您给我一个大概的使用方法

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-28 06:15:07 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-11-27 18:38
非常感谢老师一直以来给我的指导,我想请教一下老师,我目前在进行氯仿溶液中160个原子的有机分子笼(不带 ...

但凡对文章质量有一定要求(而不是低水平文章发到水刊),直接指望AI写综述拿来用是完全不靠谱的,不可能准确度和深度正好满足要求。AI直接给你写的综述内容仅仅可以作为你自己写综述的参考,给你提供部分思路,有用的就参考(如同垃圾里捡到宝),没用的就忽视。并且可以同时参考grok、gemini多个像样的AI写的综述的信息,并且要用诸如深度思考/深度搜索模式,并且提示语尽可能描述得准确具体。自己写完了之后,可以再让AI润色表达。
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发表于 Post on 2025-11-28 08:49:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-28 06:15
但凡对文章质量有一定要求(而不是低水平文章发到水刊),直接指望AI写综述拿来用是完全不靠谱的,不可能 ...

哦哦好的,我明白您的意思了老师,非常感谢您的指导

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-11 21:44:13 | 只看该作者 Only view this author
Molclus 1.13版发布,现已可以在官网http://www.keinsci.com/research/molclus.html下载
• 利用template_SP.gjf自动调用Gaussian算高精度单点的情况,现在当ibkchk不为0要求备份chk时,chk文件会被备份为gauSP[结构序号].chk。利用template_SP.inp自动调用ORCA算高精度单点的情况,现在当ibkgbw不为0要求备份gbw时,gbw文件会被备份为orcaSP[结构序号].gbw。
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发表于 Post on 2025-12-24 15:42:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peter123 于 2025-12-25 08:49 编辑

非常感谢老师一直以来给我的指导,我想请教一下老师,我目前在进行氯仿溶液中160个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互作用(C-H...X氢键)分析。
我目前通过多种波函数分析方法,得出的论文结论大致如下:
---


我想请教您一下,我这个结论会不会讨论太过于浅显,不够深入呢?我之前看到您的博文《Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览》里面提到,需要将得到的量与相互作用能拟合一个关系,但是您之前也提到我这个体系太大,无法通过拟合得到一个简单的关系。我想请教您一下,如果我想投较低档次的期刊用来毕业,比如MDPI旗下的molecules,或者CTC、JMM,我这个结论是否合格呢?如果不合格,应该怎么修改呢?我想请您给我一些建议

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-25 05:43:01 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2025-12-24 15:42
非常感谢老师一直以来给我的指导,我想请教一下老师,我目前在进行氯仿溶液中160个原子的有机分子笼(不带 ...

没大问题
JMM那种档次是很容易中的,别过度担忧。molecules没什么投的价值,又收费学术地位又不高
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发表于 Post on 2025-12-25 08:49:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-12-25 05:43
没大问题
JMM那种档次是很容易中的,别过度担忧。molecules没什么投的价值,又收费学术地位又不高

哦哦好的,谢谢老师指导

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发表于 Post on 2025-12-27 18:00:39 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 JCenter 于 2025-12-27 18:03 编辑

卢老师,在通过molclus调用gaussian计算任务时,可以在gaussian的输入模板文件内通过%cpu关键词指定cpu。那如果是ORCA呢,ORCA计算任务指定cpu,一般都是通过在命令中外部文件"-rf ***.txt"指定,是不是可以在settings.ini中的ORCA设置部分(mpioption= none  // Special MPI option for running ORCA. e.g. --allow-run-as-root. If no option is needed, this option should be set to "none")这里指定cpu呢
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-12-28 14:31:08 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2025-12-27 18:00
卢老师,在通过molclus调用gaussian计算任务时,可以在gaussian的输入模板文件内通过%cpu关键词指定cpu。那 ...

可以
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发表于 Post on 2025-12-28 19:26:17 | 只看该作者 Only view this author

感谢卢老师
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发表于 Post on 2026-1-9 11:01:47 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 peter123 于 2026-1-9 18:42 编辑

非常感谢老师一直以来给我的耐心指导,我还想请教一下您,我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼(不带电)和阴离子体系的弱相互作用(C-H...X氢键)分析。
我目前文章基本写好了,但是师兄说我的文章逻辑和结构都有问题,并且没有创新点,他说我通过AIM、IGMH、能量分解分析、静电势和范德华势分析,得出的最终结论(C-H...X氢键是一种处在范德华作用和常规氢键过渡区域的作用)是不做计算也可以预测出来的,因此让我自己再去修改。我计算基于的实验原文是JACS的文章,里面也包含了少量的计算,实验原文里面的计算部分就已经说明了主客体化合物中存在的C-H...X氢键是一种弱氢键,因此我的文章最终结论不能再落在“C-H...X氢键是一种弱氢键”这一点上。所以我之前就想着把我的这种C-H...X氢键和常见的范德华作用以及常规氢键做一个对比讨论,但是目前得到的结论却是不做计算也可以预测出来的。
我这个主客体体系目前只找到了一篇从波函数分析角度来进行纯计算研究的文献,别的文献都是实验为主,结合少量计算分析。我之前也用谷歌学术和chatgpt搜索了很多纯计算研究弱相互作用体系的文献,但是这些文献中弱相互作用体系都是未知的,因此他们的最终结论只需要通过波函数分析说明这种未知的体系中存在氢键即可。
我想请教老师如下的问题:
1. 行文逻辑和文章结构这一块,师兄说我方法和原理介绍的部分太多,分析讨论很少。因为我这个体系纯计算波函数分析的文章很少,我就去参考了纯计算研究弱相互作用体系的文献(但是我发现那些文献中分析讨论似乎也不多),然后写了以后再把自己的初稿给chatgpt润色。但是目前还是不太行,请问您有什么建议吗?
2. 创新点这一块,您觉得我的这篇文章还可以提出哪些创新点呢?是否还有必要再去想创新点呢?我目前得出的“C-H...X氢键是一种处在范德华作用和常规氢键过渡区域的作用”是不是太过于浅显了?因为我目前已经研三上学期,时间已经不够了,我只想快点投一篇文章用于毕业(我能力有限,打算毕业就去找工作不继续读博了)。我想请您给我一些建议。感谢您这两年来给我的帮助

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-9 23:37:30 | 只看该作者 Only view this author
peter123 发表于 2026-1-9 11:01
非常感谢老师一直以来给我的耐心指导,我还想请教一下您,我目前在进行氯仿溶液中150个原子的有机分子笼( ...

1 看更多的相关文献。纯理论研究氢键的文章多如牛毛,包括我那篇JCC 2019文章里就引用了很多,看多了自然有感觉、知道怎么分析讨论

2 “C-H...X氢键是一种处在范德华作用和常规氢键过渡区域的作用”这早已是众所周知的
创新有大创新和小创新,小创新结合充分、严谨的分析讨论,发个IF=2.x档次的期刊太容易了。最简单的小创新就是研究前人没研究过的体系,比如你算的那些阴离子如果是前人实验做过,甚至理论都算过的,那就再多考虑些其它有意义的阴离子,或者把分子笼自己进行修改实现对阴离子更强或者有专一性的结合能力,从而给笼子捕捉/富集分子、利用含笼子的体系检测分子提供新的参考信息,这都算创新。

此外,如果你觉得文章的完成度已经有发表的可能、能达到其它已经发表的文章的水准,完全可以先投出去试试,说不定编辑决定让你修改而不是拒掉,你修改完了就发表了。如果投几个(别盯着那些门槛高的),编辑都给你直接拒了,或者审稿人的意见都不好,没发表的希望,那说明还需要大改。
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