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楼主 Author: Huschein
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[其它程序] MAPLE: 机器学习力场计算化学平台

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发表于 Post on 2026-2-10 15:12:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 AxiEJohn 于 2026-2-10 15:24 编辑
yxdd98 发表于 2026-2-9 12:55
1、您好,我想使用uma模型,运行后会提示ImportError: fairchem-core is not installed. Please install it ...

您好,可以如下操作:
将MAPLE-v.0.1.1\maple\function\calculator\uma\下的代码_uma_calculator.py第50行的
  1.         predictor = pretrained_mlip.get_predict_unit(
  2.             model,
  3.             inference_settings="default",
  4.             overrides=overrides,
  5.             device=device,
  6.         )
复制代码

替换为
  1.         from fairchem.core.units.mlip_unit import load_predict_unit
  2.         predictor = load_predict_unit(
  3.             "/home/axie/uma-s-1p1.pt",
  4.             inference_settings="default",
  5.             overrides=overrides,
  6.             device=device,
  7.         )
复制代码

即可(当然具体路径得修改)。

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改正错误有两个途径,一是别人发现,听取别人的批评;二是自我发现,进行自我批评。

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发表于 Post on 2026-2-10 17:37:10 | 只看该作者 Only view this author

感谢您,希望MAPLE平台建设得更好。

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发表于 Post on 2026-2-10 17:37:36 | 只看该作者 Only view this author
AxiEJohn 发表于 2026-2-10 15:12
您好,可以如下操作:
将MAPLE-v.0.1.1\maple\function\calculator%uma\下的代码_uma_calculator.py第50 ...

谢谢您,已经成功运行。

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发表于 Post on 2026-2-10 17:50:11 | 只看该作者 Only view this author
Huschein 发表于 2026-2-10 01:56
https://www.maplechem.org/ 这是教程官网 但是最近又是春节 人力有限 我们还没有把所有东西都更新上来
...

的确如您说得那样,设置隐式溶剂模型甚至导致原来能收敛的体系不收敛了。我有点好奇的点是:
1、根据原文,MAPLE的显式溶剂模型是先用经典动力学得到溶剂盒子,然后MAPLE再调用这些盒子进行填充吗?
2、如果MAPLE不用显式溶剂也不用隐式溶剂的话,还能保证和Gaussian等使用隐式溶剂的势能面进行对比吗,感觉从产生初猜、和使用隐式溶剂模型的DFT结果对比的角度,隐式溶剂模型好像还是有必要的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-2-11 02:25:30 | 只看该作者 Only view this author
yxdd98 发表于 2026-2-10 17:50
的确如您说得那样,设置隐式溶剂模型甚至导致原来能收敛的体系不收敛了。我有点好奇的点是:
1、根据原 ...

1. 这些溶剂都是MD预平衡好的 MAPLE直接调用建模
2. 肯定不可以对比 除非用一些特殊的model 他们在训练的时候就包含了溶剂 例如AIMNet2-qr 隐士溶剂有必要但不是我们说了算的 到底用什么模型比较好 是在model框架内嵌入 还是改动数据集 还是说结合经典的PB GB好 现在都没有定论 而且就算我实现了GB 你要知道对于不同的力场和方法 GB的参数是不同的 没有人为这些model专门参数化过GB 而且现在model基本上三个月一迭代 文章还没出来model就已经淘汰了 这些现实问题不是我们可以解决的 所以也只能凑合着用

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发表于 Post on 2026-2-11 10:01:34 | 只看该作者 Only view this author
Huschein 发表于 2026-2-11 02:25
1. 这些溶剂都是MD预平衡好的 MAPLE直接调用建模
2. 肯定不可以对比 除非用一些特殊的model 他们在训练 ...

明白了,谢谢您,的确是门道很深呀。

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发表于 Post on 2026-3-19 22:27:34 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主有计划增加MD功能吗
改正错误有两个途径,一是别人发现,听取别人的批评;二是自我发现,进行自我批评。

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我在测试例子中NVE文件时候,想设置md是每一步输出一次,应该在哪里修改?
我尝试修改了md_templates.py里面的traj_every  = 1和log_every   = 1,没起作用
也尝试在inp文件里写#md(ensemble=nve, timestep=1.0, steps=1000, temperature=300, traj_every=1, log_every=1),也不行。

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发表于 Post on 3 day ago | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 AxiEJohn 于 2026-4-10 10:54 编辑
ljc050512 发表于 2026-4-10 10:22
老师您好,我在测试例子中NVE文件时候,想设置md是每一步输出一次,应该在哪里修改?
我尝试修改了md_temp ...
谢谢您的反馈!

您试一试使用指令:
  1. maple md nve
复制代码

以生成nve.mdp模版文件,此后在mdp中修改。
在inp文件中使用
  1. #md(mdp=nve.mdp)
复制代码

让md读取mdp配置文件以修改md参数。
注:当前MD功能处于实验阶段,已发现些许bug,将在下次PR merged后完善。
改正错误有两个途径,一是别人发现,听取别人的批评;二是自我发现,进行自我批评。

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