请问：在模拟中应该怎么考虑或计算烷烃的电荷？

FX_ygr

       我想用GROMACS模拟烷烃在分子筛中的扩散，对烷烃使用GAFF力场，对分子筛使用ClayFF力场。我通过Gauss view绘制了烷烃的结构，保存为.mol2文件，然后使用sobtop程序生成拓扑文件，但拓扑文件中不包含电荷信息。请问大家，在这个体系中，烷烃的电荷是否应该被考虑，应该通过什么方法计算？谢谢大家。

sobereva

http://sobereva.com/soft/Sobtop里面非常明确说了，若无特殊情况，都应该搭配Multiwfn算的RESP电荷
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果）
http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html）
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）