高斯计算金属离子与蛋白的结合能的设置求助

haojiez

求助！
高斯方面完全小白，我的实验目的是想通过高斯计算不同金属离子与我的几个保守残基之间的结合能，从而支撑我湿实验的数据，表明蛋白更倾向于使用该金属离子提高催化活性。
所以来求助一下泛函和基组的选择，金属离子是K，Ca，Mg，Fe，Cu，Ni，Co，Zn。
服务器性能一般，我拟采用的是
%mem=5000MB
%nprocshared=8
#p opt freq b3lyp/genecp scrf=(iefpcm,solvent=water) em=gd3bj

金属使用SDD，CHON使用def2svp

不知道这样是否可行呢？求大佬们指点

HamsterXiao

是计算完整蛋白还是和蛋白几个残基的结合能？如果是前者，那这个核数和内存配置大概率完全算不动

haojiez

HamsterXiao 发表于 2026-7-6 09:47
是计算完整蛋白还是和蛋白几个残基的结合能？如果是前者，那这个核数和内存配置大概率完全算不动

就几个残基 大概原子数100个

sobereva

100个原子左右的体系，8核机子做DFT的opt freq难上加难，先弄个/租个像样的机子再说
你那个级别对于opt freq尚可，单点需提升到def2-TZVP。参考下文。泛函改用PBE0-D3(BJ)
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387（http://bbs.keinsci.com/thread-6600-1-1.html）

为了严格，注意应当以自由能变化来讨论，参考
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）


有重要的一点：这些金属离子在水中都会和水形成配位结构，不要简单计算成在隐式溶剂模型下残基与单个金属离子的结合自由能，而应当计算的是配体交换过程的自由能变化（配位水被配位的残基替换）

haojiez

sobereva 发表于 2026-7-6 18:35
100个原子左右的体系，8核机子做DFT的opt freq难上加难，先弄个/租个像样的机子再说
你那个级别对于opt fr ...

太感谢sob老师的回复了！