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[波函数分析求助] 求助文献中Multiwfn+VMD绘制的RDG图中的弱相互作用的连线是怎么做出来的?

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请问 在使用multiwfn+VMD进行RDG分析得时候图中是这样正常显示等值面信息 如图一所示。   但我在一篇论文中看到了图二得作图,标记出来了原子之间的弱相互作用 并且有连线  请问这个比较直观的操作是怎么做出来的?谢谢各位

202608042032391161..png (53.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图一

图一

202608042033485271..png (121.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图二

图二

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2#
发表于 Post on 前天 23:19 | 只看该作者 Only view this author
仔细看置顶帖
发帖时务必注意恰当填写标题!!!
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 8&fromuid=89463
(出处: 计算化学公社)
然后改好标题

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3#
发表于 Post on yesterday 01:19 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Multiwfn使用” 改了,以后务必注意!下次将删帖+扣分处理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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4#
发表于 Post on yesterday 01:23 | 只看该作者 Only view this author
那是键径,看下文
使用Multiwfn+VMD快速地绘制高质量AIM拓扑分析图(含视频演示)
http://sobereva.com/445http://bbs.keinsci.com/thread-11079-1-1.html
AIM学习资料和重要文献合集 http://bbs.keinsci.com/thread-362-1-1.html

下文提到的IGMH原文、Multiwfn的2024年JCP原文,以及我的弱相互作用可视化综述里,全都有这种等值面展现弱相互作用同时给出键径的图
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html
Multiwfn波函数分析程序的最新最全面的介绍文章已在JCP上发表!(对应2024年8月版)
http://sobereva.com/726http://bbs.keinsci.com/thread-47858-1-1.html
Angew. Chem.上发表了全面介绍各种共价和非共价相互作用可视化分析方法的综述
http://sobereva.com/746http://bbs.keinsci.com/thread-54361-1-1.html
一篇最全面介绍各种弱相互作用可视化分析方法的文章已发表!
http://sobereva.com/667http://bbs.keinsci.com/thread-37629-1-1.html

Multiwfn手册4.20.1节就有绘制RDG等值面图+键径图的例子。http://sobereva.com/621介绍的IGMH方法的官方教程里也明确给了绘制IGMH图+键径图的完整示例
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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