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楼主 Author: sobereva
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[超级计算机] [投票]大家是否使用超算中心资源?

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发表于 Post on 2015-6-16 21:40:53 | 只看该作者 Only view this author
上海超算就是个坑。AMD的CPU慢不说,提交任务还要很复杂的脚本,软件版本也老旧。

天津超算CPU不错,编译器等软件也比较新。用得不爽的地方就是没有大内存节点,要跑大任务就得多占核,别人就会有意见。还有一点就是用了自己的mpi,有的软件配置起来很麻烦。

现在一般在超算中心跑一般的DFT计算,内存占用大的在组内的胖节点上算。

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发表于 Post on 2015-7-5 15:53:46 | 只看该作者 Only view this author
我免费使用学校里的超算资源,效果很爽!

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发表于 Post on 2015-7-21 09:29:08 | 只看该作者 Only view this author
我们打算自己搭集群,现在已有两台服务器,觉得还是自己有比较方便,虽然刚开始会麻烦点。而且,如果要长期运算,租超算中心每年的费用也不少,觉得还是自己有比较好。

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发表于 Post on 2015-8-17 10:37:11 | 只看该作者 Only view this author
一般用不起吧,没钱,呜呜~~
更多的时候是用学校的计算中心,帮忙计算

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发表于 Post on 2015-9-10 21:11:11 | 只看该作者 Only view this author
tzweir 发表于 2015-1-19 20:52
买的广州天河二号的计算资源,按0.1元核小时计费,硬件是目前国内超算中比较新的,性能应该不错。理论上该 ...

请问一下按小时收费,是按软件运行时间吗?

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发表于 Post on 2015-9-12 09:25:27 | 只看该作者 Only view this author
高雪皎 发表于 2014-10-28 21:09
导师在深圳超算中心租了一年天河,128核,一年不到6w,计算速度还是很好的,8核并行要比AMD12核并行速度快 ...

我们导师给买了64核 深感计算速度不太好呀 ~~~

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发表于 Post on 2015-11-9 20:05:49 | 只看该作者 Only view this author
超算中心是进了群里才听说的,组里都是自己搭建的集群,可是都是组里的一个师兄搭的,包括安装,维护,维修等,所幸的是,近两年有一些服务器出了问题,从购买到硬件和软件的安装都经历到了,学习到了不少知识。对于高斯的DFT计算来说,我个人的计算感觉16个核的比8个核的快(分子只有C、H、O、N四种元素,大概50个原子左右),不过最近通过计算发现,计算文件中的%mem=xxxxMB/GB也是非常重要,对于一个体系,这个给大了给小了,计算时间都超级长。
另外Tinker程序包里的东西不能并行也是真心让人抓狂,以至于动力学跑了1000000歩得跑5天(1万多个原子)。个人认为家中再有不如一技在手,自己搭建集群可以具有随意性,想安什么安什么,只是需要安装人员对这些精通,出现问题得能解决(以下是臆测)租超算中心,可能受限于人,而且毕竟是租的,那里能不能很快更新不好说,可能省去了维护。

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淡泊以明志,宁静以致远。

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发表于 Post on 2015-11-27 22:11:12 | 只看该作者 Only view this author
并行快,避免了服务器维护的麻烦,但是软件安装和调试比较麻烦,不是很方便

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发表于 Post on 2015-12-30 17:09:02 | 只看该作者 Only view this author
rocwillow 发表于 2015-9-10 21:11
请问一下按小时收费,是按软件运行时间吗?

就是你用专门的命令提交计算任务的那一刻开始计算机时。任务提交前在超算上的一些准备工作都是不算时间的。

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发表于 Post on 2016-1-21 10:04:31 | 只看该作者 Only view this author
同样使用过深圳的超算中心,384个核……计算速度不如自己买的集群,而且最大的问题是经常出现无法登陆,提交的任务也出现过异常终止。据说比天津超算等其他超算中心差很多(当然暂时还没有试过其他超算)

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发表于 Post on 2016-4-8 14:27:27 | 只看该作者 Only view this author
看来资源不够是普遍现象。
我们这边之前没有国家级的超算中心,只能用学校的HPC机器,速度很快,但是收费贵。自己学院也有两个集群,CPU少而且慢。
新开了个国家级的超算,免费,但是人多,可以用GPU加速,对于做模拟的人还是不错的,以后估计得排队排很久咯。
计算资源实在不够,都不能放心大胆的交job。好在整个区域的网络建的很好,数据传输足够快。网络快实在太重要,传输数据是挺痛苦的事情。

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发表于 Post on 2016-4-9 04:47:42 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2016-4-14 20:56:25 | 只看该作者 Only view this author
高雪皎 发表于 2014-10-28 21:09
导师在深圳超算中心租了一年天河,128核,一年不到6w,计算速度还是很好的,8核并行要比AMD12核并行速度快 ...

那就是64核,还不如买了

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发表于 Post on 2016-4-26 22:49:55 | 只看该作者 Only view this author
我们申请的试用机时,30W不到一个月用完了!!因为可以跨节点,所以速度没得说!上面自带有常用的软件,如果安装商业软件,也比裸机的容易安装写,因为他们把环境都基本搭建好了,总体来说很好用!!!

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发表于 Post on 2016-5-9 22:52:39 | 只看该作者 Only view this author
用的院超算中心(免费),一般是提交TD-DFT、部分post-HF作业,关键是一次性可以提交多个作业,效率明显提高了。有的集群是gaussian 09 C版本的,比A01好用。话说我之前用的A01版本算的还要重新算不??
至于一部分高精度算法,还是等自己组新买个服务器吧~

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