[投票]大家是否使用超算中心资源？

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-6-23 18:17:48

本帖最后由 liu_tiao 于 2016-6-23 18:20 编辑

刚刚来实验室的时候，新买的服务器还没有系统，找同学帮忙，装系统，配网络，搭好集群。然后就是购买软件、租用超算，这些都经历过。相对来说，超算稍微贵一点。如果课题组计算任务不大，在超算租用几十核心的资源，而且超算有专业的工程师维护，省事很多；计算费用，也就几万块钱一年，一般的课题组都能承担。像那种需要几百个cpu的课题组，专门做理论计算的，他们一般都有自己的集群吧。像我这种自己业余的搭建的集群，用更多的核数，计算的效率还没有超算快。。。。

bmwbush · 发表于 Post on 2016-6-26 15:32:03

没用过，一是费用，一是担心用了还算不出成果来，不好交差

anmin0127 · 发表于 Post on 2016-8-2 08:56:23

haizhiwuyu 发表于 2014-11-5 09:36
济南超算中心价格不贵，还可以优惠，操作简单，登录，上传下载都很方便。

济南超算中心都可以计算什么软件啊？费用这块是怎么收的？

alonewolfyang · 发表于 Post on 2016-11-26 15:50:00

超算还是不够普及啊

PhoenixYeti · 发表于 Post on 2016-12-21 08:40:53

Sob老师，请教个问题。如果组建的集群和购买的超算资源配置相同，比如同样的CPU同样多的核心，那么实际计算效率二者是否有区别？

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-21 09:04:17

PhoenixYeti 发表于 2016-12-21 08:40
Sob老师，请教个问题。如果组建的集群和购买的超算资源配置相同，比如同样的CPU同样多的核心，那么实际计算 ...

不跨节点都一样
跨节点并行计算的话由于网络连接方式、相关配置不同，会一定程度影响性能

PhoenixYeti · 发表于 Post on 2016-12-21 21:52:13

sobereva 发表于 2016-12-21 09:04
不跨节点都一样
跨节点并行计算的话由于网络连接方式、相关配置不同，会一定程度影响性能

噢噢，谢谢老师~

Mirror · 发表于 Post on 2016-12-22 11:51:49

用超算挺方便的，出差出国都能用

Accelerator · 发表于 Post on 2017-3-16 19:41:31

正在用济南超算进行DFT的构型优化和单点计算。试用期间给2个节点，每个节点24核心。申请的时候注意有两种操作系统，如果要运行Gaussian的话最好用CentOS 6. 试用期间有专用队列，计算速度飞一般的感觉。价格0.1元/CPU时。
我申请了一周的试用期，然而实际试用时间达到了一个多月。。在管理上好像有些松弛（虽然似乎为我们节省了很多钱？233）

friendlyjun · 发表于 Post on 2017-3-17 13:31:03

高雪皎发表于 2014-10-28 21:09
导师在深圳超算中心租了一年天河，128核，一年不到6w，计算速度还是很好的，8核并行要比AMD12核并行速度快 ...

+1 去年有段时间也这么做过

legendyao · 发表于 Post on 2017-3-17 19:44:10

Accelerator 发表于 2017-3-16 19:41
正在用济南超算进行DFT的构型优化和单点计算。试用期间给2个节点，每个节点24核心。申请的时候注意有两种操 ...

其实算普遍现象啦。。。每次试用快到期时候做可怜泪眼状@@ 一般都能延长滴

SigFig · 发表于 Post on 2017-3-18 10:46:18

用的Sharcnet（隶属于ComputeCanada的超算）。
软件Gaussian09D。提交系统非常原始（竟然需要用户自己，自己，自己指定程序所需内存，从软件设计的角度讲这真心不是用户该关心的东西），对于日常管理上百个计算的工作（包括重新提交和错误处理）写了专门的脚本（最近看了看我的脚本已经有100+K了，赶上一个程序了有木有）。
Gaussian那个重启机制非常坑爹（我承认自己照着Gaussian官方的文档做了很多次restart没有一次成功过，是不是我太笨了）。
再加上几个月一次down机，每down一次我就得把我那几百个job重新提交一遍，心累。不过现在都是打一个命令喝一杯咖啡的事。

化学势 · 发表于 Post on 2017-3-18 13:31:09

用过自己课题组的集群，也用过我们学校的超算中心(大连理工凌云超算)的刀片节点和胖节点。
性能：
刀片节点CPU是E5-2660v3，每节点20核(可跨节点并行)；主要跑GAUSSIAN，单节点速度差不多是自己组(2012年，AMD 16核并行)的1.5~2.5倍。试过80个左右原子(CHONS)的体系，20核并行，在DSD-PBEP86-D3/ma-def2-TZVPP下算单点能，2天不到算完。
胖节点CPU是E7-8857v2，每节点96核；我主要跑ORCA，我觉得相当快，调试好后，只用16核并行50个左右的原子(CHONS元素)，在DLPNO-CCSD(T)/aug-cc-pVTZ水平下算单点能1天左右。

便利程度：
我觉得很便利，各种MPI、库都很全，安装好的免费软件很多(基本上免费的主流软件都有)，手册很全。校外用VPN登陆也很方便。

费用：
没用过其他超算，无法比较，具体详见：
http://hpc.dlut.edu.cn/yejiedong ... 6&wbnewsid=1081

限制：

没啥特殊限制

就这么多吧！

Accelerator · 发表于 Post on 2017-3-19 10:17:08

legendyao 发表于 2017-3-17 19:44
其实算普遍现象啦。。。每次试用快到期时候做可怜泪眼状@@ 一般都能延长滴

然而我完全没有做可怜状←_←对方似乎完全忘记了收回试用账号233
甚至现在已经签了合同得到了正式账号，试用账号依然可以用。。

chrischen1128 · 发表于 Post on 2017-4-13 20:23:40

觉得超算用起来比较麻烦，不喜欢。

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