gromacs运行过程中的问题

jase20 · 发表于 Post on 2017-10-2 15:00:29

你看看是不是你的系宗选错了，如果你的体系有真空存在，npt的时候很容易爆炸的

lujun · 发表于 Post on 2017-10-9 10:47:31

jase20 发表于 2017-10-2 15:00
你看看是不是你的系宗选错了，如果你的体系有真空存在，npt的时候很容易爆炸的

我看最后的结构确实是NPT跑爆炸了，这个时候该怎么办。我的体系是在水溶液外面有一堆的有机溶剂。你看看我的盒子

lujun · 发表于 Post on 2017-10-9 11:49:44

lujun 发表于 2017-10-9 10:47
我看最后的结构确实是NPT跑爆炸了，这个时候该怎么办。我的体系是在水溶液外面有一堆的有机溶剂。你看看 ...

附件是我最初做MD的盒子

sobereva · 发表于 Post on 2017-10-9 16:16:57

跑混合体系出错，首先先确保跑纯体系能正常跑，把问题一点点分解分析，早晚能找到原因
PS：上传文本型文件前请压缩以节约论坛空间。

jase20 · 发表于 Post on 2017-10-9 17:17:32

lujun 发表于 2017-10-9 11:49
附件是我最初做MD的盒子

我看你的有机溶剂是环己烷？为啥你的环己烷是平面状的...?

Always · 发表于 Post on 2018-5-10 12:22:44

lujun 发表于 2017-10-1 22:26
这个top文件是直接用amber的top生成的，用acpype.py脚本生成的。结构是用packmol搭出来的。

麻烦问一下，最后这个问题知道是什么原因了吗？是怎么解决的？谢谢

somniferum · 发表于 Post on 2018-5-11 11:03:33

你这个问题我也刚遇到过，就像sob老师说的那样，你看一下产生的step348572b_n7.pdb看看有什么不合理，我当时对比了一下配体发现，有几个氢加的不合理，所以崩了。你可以看看你配体的氢加的合不合理。

青青青 · 发表于 Post on 2018-5-16 17:04:07

请问最后怎么解决的？我也有同样的问题。。。

青青青 · 发表于 Post on 2018-5-16 19:35:22

diaok 发表于 2017-10-2 12:07
nvt npt的选择没那么多限制
npt是为了平衡到合理的密度
起始结构很不合理时的控压效果可能不好，最终达 ...

请问其实结构不合理的话，一般怎么调整呢？

青青青 · 发表于 Post on 2018-5-16 20:42:40

sobereva 发表于 2017-9-27 21:48
运行中途出错，或者崩溃，就会把之前的几步结构导出成pdb便于排查错误
如果只是模拟一开始偶尔出现几个警 ...

老师，我的模拟符合您说的“模拟一开始偶尔出现几个警告，自动导出了pdb，之后都一直稳定，轨迹合理” 但是最后mdrun的时候就出现段错误，直接运行不了啊，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2018-5-17 09:21:18

青青青发表于 2018-5-16 20:42
老师，我的模拟符合您说的“模拟一开始偶尔出现几个警告，自动导出了pdb，之后都一直稳定，轨迹合理” 但 ...

还是反复检查拓扑文件、mdp设置、初始结构合理性。完全没有这些问题的话，一开始都不会有那些警告。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] gromacs运行过程中的问题