求氧化石墨烯CIF

Uus/pMeC6H4-/キ · 发表于 Post on 2025-12-27 23:39:34

在StackExchange上也有个相似问题Building model of Graphene Oxide，看了下里面链接的几个答案在这里还没有提过，所以复制粘贴一下（暂时还没用过，有很多基于python的工具大概可以用miniconda之类管理环境与依赖）：
https://github.com/Iourarum/GOPY（依赖python 3）
https://github.com/velocirobbie/make-graphitics（依赖python 2）
https://github.com/fxcoudert/cit ... t_NatureCommun_2020（文献Nature Commun., 2020, 11, 1566的补充材料也有几个预制的结构）

student0618 · 发表于 Post on 2025-12-27 23:52:35

本帖最后由 student0618 于 2025-12-28 00:11 编辑

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2025-12-27 23:39
在StackExchange上也有个相似问题Building model of Graphene Oxide，看了下里面链接的几个答案在这里还没 ...

我用过GOPY，它有个好处是还给了个搞Amber拓朴的教程，resname atomname 分清楚 (不过它的示例力场文件没优化，我不敢用)。
我没用Amber力场，用来套文献找的charmm参数跑gmx x2top也很方便。(那项目因一些原因需要用charmm系列力场)

downpuor · 发表于 Post on 2026-5-15 18:04:14

PoorChaos 发表于 2023-10-10 15:17
氧化石墨烯的结构与建模
哲●科●文Jerkwin的，网页版的，我试了一下，建立了，直接生成gro坐标
https:// ...

你好我想问下生成后的氧化石墨烯是不是需要加H来饱和边缘的C原子

PoorChaos · 发表于 Post on 2026-5-15 21:03:21

downpuor 发表于 2026-5-15 18:04
你好我想问下生成后的氧化石墨烯是不是需要加H来饱和边缘的C原子

周期性结构不需要

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[综合讨论] 求氧化石墨烯CIF