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楼主 Author: 小书童
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[综合讨论] 求氧化石墨烯CIF

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傻傻的木瓜

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发表于 Post on 2025-12-27 23:39:34 | 只看该作者 Only view this author
在StackExchange上也有个相似问题Building model of Graphene Oxide,看了下里面链接的几个答案在这里还没有提过,所以复制粘贴一下(暂时还没用过,有很多基于python的工具大概可以用miniconda之类管理环境与依赖):
https://github.com/Iourarum/GOPY(依赖python 3)
https://github.com/velocirobbie/make-graphitics(依赖python 2)
https://github.com/fxcoudert/cit ... t_NatureCommun_2020(文献Nature Commun., 2020, 11, 1566的补充材料也有几个预制的结构)
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-12-27 23:52:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 student0618 于 2025-12-28 00:11 编辑
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-12-27 23:39
在StackExchange上也有个相似问题Building model of Graphene Oxide,看了下里面链接的几个答案在这里还没 ...

我用过GOPY,它有个好处是还给了个搞Amber拓朴的教程,resname atomname 分清楚 (不过它的示例力场文件没优化,我不敢用)。
我没用Amber力场,用来套文献找的charmm参数跑gmx x2top也很方便。(那项目因一些原因需要用charmm系列力场)
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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发表于 Post on 2026-5-15 18:04:14 | 只看该作者 Only view this author
PoorChaos 发表于 2023-10-10 15:17
氧化石墨烯的结构与建模
哲●科●文Jerkwin的,网页版的,我试了一下,建立了,直接生成gro坐标
https:// ...

你好我想问下生成后的氧化石墨烯是不是需要加H来饱和边缘的C原子

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发表于 Post on 2026-5-15 21:03:21 | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-5-15 18:04
你好我想问下生成后的氧化石墨烯是不是需要加H来饱和边缘的C原子

周期性结构不需要

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发表于 Post on 2026-6-6 03:25:23 | 只看该作者 Only view this author
PoorChaos 发表于 2026-5-15 21:03
周期性结构不需要

通过这个网页生成的可以直接进行后续的结构优化和计算吗?我用这个结构生成去计算RESP电荷始终实现不了为电中性您知道是什么原因吗?

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发表于 Post on 2026-6-6 06:00:55 | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-6-6 03:25
通过这个网页生成的可以直接进行后续的结构优化和计算吗?我用这个结构生成去计算RESP电荷始终实现不了为 ...

问题必须描述准确,什么程序算的RESP电荷说清楚
氧化石墨烯这样的周期性体系本来就完全不适合RESP电荷,看下文搞清楚RESP电荷什么时候才适合用
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html

周期性体系用于基于力场的动力学模拟的原子电荷,优先推荐CP2K算REPEAT电荷,也可以考虑Multiwfn基于CP2K的波函数文件算MBIS电荷,看下文的相关介绍
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表!
http://sobereva.com/714http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html
使用Multiwfn对周期性体系计算Hirshfeld(-I)、CM5和MBIS原子电荷
http://sobereva.com/712http://bbs.keinsci.com/thread-46269-1-1.html

如果你用类似下文的簇模型描述氧化石墨烯片段,可以用Multiwfn算CHELPG或MK电荷
18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html
也可以基于簇模型计算出氧化石墨烯上典型的基团上的各个原子电荷(每个基团区域净电荷为0),然后用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)创建氧化石墨烯的拓扑文件,自己写sobtop的AT_assign.dat定义判断原子类型的规则和对应的原子电荷的设定方式,从而在创建拓扑文件的时候直接根据原子类型确定原子电荷

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2026-6-8 22:50:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-6 06:00
问题必须描述准确,什么程序算的RESP电荷说清楚
氧化石墨烯这样的周期性体系本来就完全不适合RESP电荷, ...

老师针对于氧化石墨烯这样表面的含氧基团是随机分布的,如果要基于簇模型计算氧化石墨烯中典型官能团(羟基 –OH 和环氧 –O–)上各个原子的电荷,该怎么划分基团区域呢,是指是一个含氧官能团及其直接连接的石墨烯骨架原子吗?

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发表于 Post on 2026-6-9 05:37:27 | 只看该作者 Only view this author
downpuor 发表于 2026-6-8 22:50
老师针对于氧化石墨烯这样表面的含氧基团是随机分布的,如果要基于簇模型计算氧化石墨烯中典型官能团(羟 ...

一个石墨烯片段,中间带一个含氧官能团
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2026-6-9 17:54:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2026-6-9 05:37
一个石墨烯片段,中间带一个含氧官能团

好的谢谢老师

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发表于 Post on 2026-6-16 21:03:07 | 只看该作者 Only view this author
PoorChaos 发表于 2023-10-10 15:17
氧化石墨烯的结构与建模
哲●科●文Jerkwin的,网页版的,我试了一下,建立了,直接生成gro坐标
https:// ...

请问老师,我是小白,请问您的內部和边缘的基团的原子覆盖率是怎么确定的?麻烦老师解答

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