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楼主 Author: sobereva
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[Gaussian/gview] 在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题

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蓝卫兵

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发表于 Post on 2019-5-5 04:00:56 | 只看该作者 Only view this author
测试了一下 GradientOnly时默认的DVV路径太奇葩了 能量还能往上走 感觉不是普通的IRC 有点像md了
GradientOnly时 手动指定Euler得到的路径要好很多
B样条插值
个人专栏https://zhuanlan.zhihu.com/p/21936803

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发表于 Post on 2019-6-22 16:01:47 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,你好。请问我的IRC走一步就正常结束了,出来的图是这个样子,请问这是怎么回事呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-6-23 00:15:39 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2019-6-22 16:01
sob老师,你好。请问我的IRC走一步就正常结束了,出来的图是这个样子,请问这是怎么回事呢?

反复、完整、仔细看当前帖子,已经非常详细地专门说了
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发表于 Post on 2019-7-12 09:23:24 | 只看该作者 Only view this author
在计算ts和IRC的时候,设定温度有意义吗,毕竟不同温度下很多反应的产物会不一样。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-7-13 05:10:37 | 只看该作者 Only view this author
wuyiyyyy 发表于 2019-7-12 09:23
在计算ts和IRC的时候,设定温度有意义吗,毕竟不同温度下很多反应的产物会不一样。

无意义
仔细看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
http://sobereva.com/423http://bbs.keinsci.com/thread-10159-1-1.html
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发表于 Post on 2020-4-21 23:27:07 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,Gaussian可能跑出一些能量变化非常小的构象转变的IRC么,比如环己烷的船式构象(TS)变成扭船式构象的,即使stepsize设为1,每边跑一两个点就结束了,可能是程序发现能量梯度模太低了就不继续跑了?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-22 03:59:28 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-4-21 23:27
请问老师,Gaussian可能跑出一些能量变化非常小的构象转变的IRC么,比如环己烷的船式构象(TS)变成扭船式构 ...

只要做法得当就可以,这是之前我跑的
cyclohexane.rar (110.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)
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发表于 Post on 2020-4-22 15:59:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-22 03:59
只要做法得当就可以,这是之前我跑的

谢谢卢老师,我明白了,这里一开始的StepSize不能设太小,反倒应该适当大一些,不然每步能量变化太小,程序就终止了。我把stepsize改到20左右用LQA就跑出来了。

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发表于 Post on 2020-4-23 09:55:56 | 只看该作者 Only view this author
老师您好
请问我做的IRC图像的左边是正常的趋势,但是右边是平的并且还有一些波动,这可能是为什么呢老师,是不是我的初始ts的构型就有问题啊?

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发表于 Post on 2020-9-8 10:12:07 | 只看该作者 Only view this author
学习到了,获益良多

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发表于 Post on 2021-10-30 15:59:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-3 23:20
如果你的意思是已知反应物和产物结构,想看IRC两端优化后是否正好对应它们,直接看结构就完了。肉眼不好 ...

老师,想看IRC两端优化后的结构是否与已知反应物和产物结构相对应,计算RMSD值差值有具有的范围吗,我对优化后的总能量对比,发现二者差值为0.1eV,可以算结构对应了吗?

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发表于 Post on 2021-10-30 17:16:24 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-10-30 08:59
老师,想看IRC两端优化后的结构是否与已知反应物和产物结构相对应,计算RMSD值差值有具有的范围吗,我对 ...

如果确实是已经优化后的结构,那么应该和已知反应物和产物结构严格对应才算对应,0.1eV差太大了。如果只是IRC跑到端点,但是还没优化,那只要定性相符就可以认为相符,当然缺点是不完全严格,有一定的错判概率。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-9-16 15:12:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Lym 于 2022-11-1 09:57 编辑

老师您好,我当前跑出来的IRC是这个样子的:1.请问当前这个IRC轨迹跑的合理嘛?


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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-9-16 17:09:02 | 只看该作者 Only view this author
Lym 发表于 2022-9-16 15:12
老师您好,我当前跑出来的IRC是这个样子的:1.请问当前这个IRC轨迹跑的合理嘛?

你的能垒很小吗?如果不够平滑,把步长调小。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-9-16 19:37:34 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-9-16 17:09
你的能垒很小吗?如果不够平滑,把步长调小。

谢谢老师的回答,能垒是很小,但是最奇怪的是,最高点处不是过渡态。并且从图上来看,生成物(右边的点)的能量应该是比反应物的低,但是提出最左边点,和右边的点进行优化然后再用高能级计算单点能的时候,发现生成物的能量要低于反应物的能量。(所以想问一下,这个图像是对的嘛?以及IRC扫出来的图像高低为什么和上面优化后再用高能级算单点能来说不一样呢?)

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