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楼主 Author: sobereva
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[Gaussian/gview] 在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题

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发表于 Post on 2022-9-16 20:00:31 | 只看该作者 Only view this author
Lym 发表于 2022-9-16 19:37
谢谢老师的回答,能垒是很小,但是最奇怪的是,最高点处不是过渡态。并且从图上来看,生成物(右边的点)的 ...

最高点处不是过渡态,可能跟IRC的累积误差有关,毕竟你的能垒太小了,步长一大,累积误差就可能导致最高点不在过渡态处。

你是说用低级别算生成物的能量(单点能)低于反应物,用高级别算生成物的能量高于反应物?有这个可能,看你的图生成物就比反应物低10 kJ/mol左右,一般情况下高级别算得准一些,可能IRC的级别太低,考虑更高的级别找过渡态和IRC。

你的反应势能面比较平缓,可能是无势垒反应,就不能用过渡态理论了。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
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发表于 Post on 2022-9-16 20:13:38 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-9-16 20:00
最高点处不是过渡态,可能跟IRC的累积误差有关,毕竟你的能垒太小了,步长一大,累积误差就可能导致最高 ...

谢谢老师的回答
1.我从IRC跑出来的路径中,提取反应物,生成物以及TS的结构采用PBE0-D3的方式进行优化,然后再在M062X-D3/DEF2TZVP隐形溶剂模型下计算单点能。然后进行自由能的比较的时候发现反应物的能量为:-1980.732 a.u.; TS:-1980.730 a.u.; 生成物的能量为:-1980.726 a.u.

那我还需要在更高的计算方法下找到TS的结构->相同的方向扫描IRC->提取三个点进行优化嘛?

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发表于 Post on 2023-11-6 12:28:07 | 只看该作者 Only view this author
看博文中说找过渡态与跑irc的计算级别必须严格一致,想问下我找过渡态结构优化时用了tight recalc=3 那么是不是跑irc的时候也要用tight recalc=3这样?

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发表于 Post on 2023-11-6 15:58:42 | 只看该作者 Only view this author
jaywang7 发表于 2023-11-6 12:28
看博文中说找过渡态与跑irc的计算级别必须严格一致,想问下我找过渡态结构优化时用了tight recalc=3 那么是 ...

那倒不用。计算级别指泛函/方法、基组、格点、溶剂模型,其他细节(如收敛限)只要合理就行。

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发表于 Post on 2023-11-6 20:24:25 | 只看该作者 Only view this author
Freeman 发表于 2023-11-6 15:58
那倒不用。计算级别指泛函/方法、基组、格点、溶剂模型,其他细节(如收敛限)只要合理就行。

okok

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-7 06:23:24 | 只看该作者 Only view this author
jaywang7 发表于 2023-11-6 12:28
看博文中说找过渡态与跑irc的计算级别必须严格一致,想问下我找过渡态结构优化时用了tight recalc=3 那么是 ...

这里说的“级别”是指对能量有系统性影响的因素,跟tight、recalc没关系

IRC里面的tight跟几何优化的tight更是根本没直接关系
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发表于 Post on 2023-11-7 13:01:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-7 06:23
这里说的“级别”是指对能量有系统性影响的因素,跟tight、recalc没关系

IRC里面的tight跟几何优化的t ...

好的 谢谢sob老师

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发表于 Post on 2025-3-23 20:05:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-3-23 20:31 编辑

https://gaussian.com/irc/列出的选项来看,Gaussian跑IRC默认且省略的关键词之一是MassWeighted,即要求所得路径是严格在质权坐标下产生的。此时质量权重在输出文件中体现的位置是:
(1)只有中途每一步的CHANGE IN THE REACTION COORDINATE、NET REACTION COORDINATE UP TO THIS POINT,以及结束后末尾的Summary of reaction path following的RxCoord列;还是
(2)除(1)外,还有中途每一步输出的Input orientation下的Coordinates三列笛卡尔坐标(以及如果用了#p,额外输出的CURRENT STRUCTURE\nCartesian Coordinates下的Coordinates三列笛卡尔坐标;即使不用nosymm也不会在输出文件里找到Standard orientation)呢?

换句话说,类似GauIRC2xyzhttp://sobereva.com/285)那样,自己写代码从输出文件提取各步结构拼成轨迹时,是否无论对irc关键词产生的IRC还是irc(cartesian)关键词产生的MEP,都可以直接取(2)的笛卡尔坐标?谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响http://sobereva.com/423)第3节讲同位素设定对IRC的影响时,展示的轨迹差异是原始输出文件的笛卡尔坐标就有的,还是GauIRC2xyz按同位素加权处理才产生的?
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-24 10:02:41 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-23 20:05
https://gaussian.com/irc/列出的选项来看,Gaussian跑IRC默认且省略的关键词之一是MassWeighted,即要求 ...

gview看到的坐标、GauIRC2xyz提取的坐标,都是你说的没有质量权重的笛卡尔坐标。跑IRC时候是否在质量权重坐标下跑,得到的轨迹的笛卡尔坐标是有所不同的。
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发表于 Post on 2025-3-24 10:42:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-24 10:02
gview看到的坐标、GauIRC2xyz提取的坐标,都是你说的没有质量权重的笛卡尔坐标。跑IRC时候是否在质量权重 ...

我想明白了,仅从单位来看(1)的sqrt(amu)*bohr就与(2)的Angstroms或者bohr不是一个量纲,可视化软件观看轨迹应该用的后者。昨晚可能我理解错了质量权重的含义,以为能从质权坐标下的单帧结构和已知的原子质量“还原”出非质权的笛卡尔坐标下的单帧结构,然后连成笛卡尔坐标下的轨迹。

现在又考虑了下,上面“体现”这个用词也比较模糊。类比分子动力学,每一步都基于牛顿第二定律更新原子位置,所得笛卡尔坐标的轨迹也能说“体现”了某种意义上的质量权重;但显然用不同的原子质量跑出来的轨迹各不相同,即使不考虑热浴和数值误差等随机因素,也不可能简单从一种同位素的轨迹转换产生另一种同位素的轨迹。同理,IRC和MEP的轨迹也没有互相转换的关系。

我再去看看IRC算法里面质量权重具体如何给坐标加权,感谢社长的解释。
√546=23.36664289109

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发表于 Post on 2025-4-24 17:55:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-7 06:23
这里说的“级别”是指对能量有系统性影响的因素,跟tight、recalc没关系

IRC里面的tight跟几何优化的t ...

老师好,请问有络合物存在的IRC图像有什么特征或趋势呢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-4-24 18:34:03 | 只看该作者 Only view this author
wangshiwei 发表于 2025-4-24 17:55
老师好,请问有络合物存在的IRC图像有什么特征或趋势呢

不会因为这个造成什么典型的特征
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发表于 Post on 2025-5-21 00:15:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 QJW 于 2025-5-21 01:03 编辑

sob老师您好,请问这个“两端的反应物和产物与IRC一致”是结构一致还是姿态完全一致?或者什么时候要求姿态完全一致呢,我萌新不太懂,辛苦sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-21 03:44:02 | 只看该作者 Only view this author
QJW 发表于 2025-5-21 00:15
sob老师您好,请问这个“两端的反应物和产物与IRC一致”是结构一致还是姿态完全一致?或者什么时候要求姿态 ...

说明语境。
这句话不是我帖子里的原文
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发表于 Post on 2025-5-22 01:09:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-5-21 03:44
说明语境。
这句话不是我帖子里的原文

好的老师,语境如下:
“A:请问社长,在将IRC两侧的结构优化之后,判断是不是产物和生成物,是与产物和生成物优化后的能量进行比较,还是比较振动频率看看是否一致呢?
SOB: 如果你的意思是已知反应物和产物结构,想看IRC两端优化后是否正好对应它们,直接看结构就完了。肉眼不好对比的话可以按此文的做法
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差”
请问这个看结构是要求姿态完全一致吗?辛苦SOB老师!

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