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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2019-8-11 10:28:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-11 06:15
同位素设定根本不影响几何优化结果,仔细看
谈谈温度、压力、同位素设定对量子化学计算结果产生的影响
...

谢谢老师

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发表于 Post on 2019-8-11 13:24:34 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我找的体系就这么两个异构体,直线型和三角形,现在找不到过渡态,有的看似成功了,虚频在200左右的,600左右的,可是跑irc发现都会从三角形跑到直线型,最终却又回到三角形。qst2,qst3,也都尝试了,请问还能有别的方法吗?

000-isomer.jpg (20.35 KB, 下载次数 Times of downloads: 15)

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发表于 Post on 2019-8-11 14:50:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-11 06:16
没法这样估计
实际算一下185原子的单点,乘上几十倍差不多就是优化需要的时间。

谢谢老师,是不是有个什么三次方的公式可以让我们算呢?

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发表于 Post on 2019-8-11 17:35:54 | 只看该作者 Only view this author
老师,有没有对简单分子进行结构优化(minimum或者TS)完整的实例过程的教程(教材)。例如简单的氢气分子如何优化的(每个氢原子的基函数,迭代的程序,每次优化后的结果)?看理论书籍的时候总是觉得太难,有没有具体的实例(或者说自己能力太low)。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-12 06:01:18 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2019-8-11 17:35
老师,有没有对简单分子进行结构优化(minimum或者TS)完整的实例过程的教程(教材)。例如简单的氢气分子 ...

这些太基本的东西都是在科音初级量子化学培训班里系统性讲授,没有写博文的价值
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-12 06:01:58 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2019-8-11 14:50
谢谢老师,是不是有个什么三次方的公式可以让我们算呢?

没有
估计的准确程度能达到百分之几百都很难
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-12 06:14:20 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-8-11 13:24
sob老师,我找的体系就这么两个异构体,直线型和三角形,现在找不到过渡态,有的看似成功了,虚频在200左右 ...

对1-2-3的键角做柔性扫描,弄清楚势能面特征
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发表于 Post on 2019-8-12 08:30:06 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,做完过渡态和频率计算后,做IRC输入文件时设置的关键词有几个问题:
(1)从过渡态的chk读几何坐标,用geom=allcheck与geom=check有什么区别?
(2)写了geom=allcheck与或geom=check,输入文件写到命令行为止,还是要写到电荷与多重度那行?
(3)什么时候用guess=read,写上guess=read是不是总没有坏处?
(4)用了%oldchk是不是对chk只读,不会更改chk,那么用了%oldchk依然可以用rcfc读过渡态的Hessian吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-12 08:34:56 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-8-12 08:30
请问老师,做完过渡态和频率计算后,做IRC输入文件时设置的关键词有几个问题:
(1)从过渡态的chk读几何 ...

1 一样
2 看你到底用allcheck还是check
3 如果chk里当前存的波函数适合作为你接下来任务的初猜波函数就可以用guess=read,这样能省第一步结构下做SCF的时间,还有助于令波函数保持之前任务最后的状态,避免收敛到其它波函数上
4 对。可
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发表于 Post on 2019-8-12 14:15:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-12 08:34
1 一样
2 看你到底用allcheck还是check
3 如果chk里当前存的波函数适合作为你接下来任务的初猜波函数就 ...

多谢老师,试了一下用geom=allcheck关键词不用写电荷和自旋多重度,但是对于混合基组(过渡金属用SDD,其它用6-31G*)用geom=allcheck直接写完关键词那行就运行出错,请问老师这时有什么好办法读chk的几何结构?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-13 07:04:43 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2019-8-12 14:15
多谢老师,试了一下用geom=allcheck关键词不用写电荷和自旋多重度,但是对于混合基组(过渡金属用SDD,其 ...

geom=allcheck chkbasis就完了
chkbasis代表直接从chk里读取赝势和基组信息
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发表于 Post on 2019-8-13 09:32:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-13 07:04
geom=allcheck chkbasis就完了
chkbasis代表直接从chk里读取赝势和基组信息

谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-8-13 17:08:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lily19830130 于 2019-8-13 23:46 编辑

老师,有几个问题咨询:
1)CCSD的功能是不是只能对原有的方法下得到的结构进行高精度的电子的能量,不能进行结构优化?
2)CCSD是不是对于焓,吉布斯自由能等和振动相关的参数就不能计算?我试了好像说不能计算能量对坐标的二阶导数。
3)CCSD是coupling cluster的缩写,后面的字母,我查了是这样解释的:
  • S – for single excitations (shortened to singles in coupled-cluster terminology)
  • D – for double excitations (doubles)
  • T – for triple excitations (triples)
  • Q – for quadruple excitations (quadruples)
但是还是不明白SD这些字母代表什么?
4)审稿人让给出吉布斯自由能变,请问,电子部分的能量是按照B3LYP计算的,现在按照审稿要求用CCSD计算后,电子部分的能量是不是就可以用CCSD算出的能量来替代E(B3LYP)的值,而其他的数值就可以继续使用b3lyp计算方法得到的数值。
5)审稿人提到DFT的方法中,色散力(范德华力)一般会对化学键的活化起到作用(- I wonder if dispersion interactions areplaying a role when using DFT in this system, due to a hydrocarbon such ascyclohexane has been investigated and thus van der Waals forces might beimportant.)。在我发现的反应机理中,过渡金属和底物的双键之间存在配位键,我观察了静电势,之间也会有静作用。请问老师,审稿人的意思是过渡金属和底物之间不但会形成配位键也会有静电作用?不知道我理解的对不对,如果是这样,我把静电势的图和说明加上是不是就可以了?
谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-8-13 23:44:39 | 只看该作者 Only view this author
老师,反应机理中吉布斯自由能变是不是用后续的中间体或者过渡态的(Sum of electronic and thermal Free Energies)值减去起始中间体(以它为标准)的该值?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-14 00:04:13 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2019-8-13 17:08
老师,有几个问题咨询:
1)CCSD的功能是不是只能对原有的方法下得到的结构进行高精度的电子的能量,不能 ...

1 可以优化,但很不划算
2 能计算,但由于Gaussian不支持CCSD解析二阶导数,所以必须要求算数值频率
3 你的缩写不对。CCSD是Coupled-cluster singles and doubles
字母代表对簇算符考虑到几重
4 是
但是别用CCSD。CCSD算得动的情况CCSD(T)一般都算得动(耗时往往高一倍),而CCSD(T)精度比CCSD强多了
5 静电势和色散作用没有直接关联
你可以考察加上D3或D4校正之后看看结论有何变化
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