计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

   关闭 [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126648

管理员

公社社长

9496#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-14 00:05:43 | 只看该作者 Only view this author
erya123 发表于 2019-8-13 23:44
老师,反应机理中吉布斯自由能变是不是用后续的中间体或者过渡态的(Sum of electronic and thermal Free E ...

看这里怎么正确计算自由能
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html

拿自由能求差就是。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

39

帖子

0

威望

135

eV
积分
174

Level 3 能力者

9497#
发表于 Post on 2019-8-14 09:41:46 | 只看该作者 Only view this author
求问,1、原子电荷和静电势有关系吗?可不可以认为原子电荷是附近区域静电势的加和呢?
2、读了卢天老师的《亲电取代反应中活性位点预测》一文,有一句话,“通常我们所选用的分子范德华表面是由Bader 所定义,即电子密度为 0.001 a.u.的等值面。”也就是说,gview做出的静电势图表面的静电势都是相同的。那么,图像的色差显示的是在此表面之下所有静电势的加和吗?
3、想要标出原子电荷,用gview打开chk文件,result-charge distribution,然后在show numbers前打钩,这样是对的吗?

小白一只,问题很碎,谢谢sob老师

95

帖子

0

威望

237

eV
积分
332

Level 3 能力者

9498#
发表于 Post on 2019-8-14 12:13:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lily19830130 于 2019-8-14 12:21 编辑
sobereva 发表于 2019-8-14 00:04
1 可以优化,但很不划算
2 能计算,但由于Gaussian不支持CCSD解析二阶导数,所以必须要求算数值频率
3  ...

谢谢老师!CCSD(T)/SDD这个搭配可以吗?和CCSD(T)/cc-pVTZ相比呢(cc-pVTZ是不是没有赝势)?如果改为CCSD(T)/cc-pVTZ-PP计算量会增加很多吗?
CCSD(T)校正完的能量如何界定他的校正是适合的?我比较了一下和原来相比有二点几hatree多的差异啊。

52

帖子

3

威望

876

eV
积分
988

Level 4 (黑子)

9499#
发表于 Post on 2019-8-14 15:23:38 | 只看该作者 Only view this author
老师们,我想请教一下在研究AB两个分子发生化学反应的反应路径时,初始状态的非键合复合物是怎么得到的,是把B分子根据经验或猜想以一定角度和距离摆放在A分子的反应活点附近,并进行结构优化么?

212

帖子

0

威望

948

eV
积分
1160

Level 4 (黑子)

9500#
发表于 Post on 2019-8-14 15:32:58 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我使用了柔性扫描,得到了下面的图形,两端点对应的构型的确是ABA直线型和ABA三角形,但是优化后得到的构型不是过渡态,请问还有别的方法吗?

柔性扫描.jpg (71.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

柔性扫描.jpg

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126648

管理员

公社社长

9501#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-15 08:12:03 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2019-8-14 15:32
sob老师,我使用了柔性扫描,得到了下面的图形,两端点对应的构型的确是ABA直线型和ABA三角形,但是优化后 ...

对最高那个点,用opt(calcall,maxstep=5,ts,noeigen)去优化
还优化不出来,索性对键长和键角做个二维势能面扫描,到底有没有过渡态就彻底清楚了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126648

管理员

公社社长

9502#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-15 08:12:40 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2019-8-14 12:13
谢谢老师!CCSD(T)/SDD这个搭配可以吗?和CCSD(T)/cc-pVTZ相比呢(cc-pVTZ是不是没有赝势)?如果改为CCS ...

SDD配CCSD(T)太low
仔细看此文了解常识
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126648

管理员

公社社长

9503#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-15 08:13:30 | 只看该作者 Only view this author
Finesnow 发表于 2019-8-14 15:23
老师们,我想请教一下在研究AB两个分子发生化学反应的反应路径时,初始状态的非键合复合物是怎么得到的,是 ...

简单情况根据化学直觉去摆
最好的做法是先优化出反应过渡态,然后对IRC两反应物一端的结构进行优化得到
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126648

管理员

公社社长

9504#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-15 08:18:51 | 只看该作者 Only view this author
asasas 发表于 2019-8-14 09:41
求问,1、原子电荷和静电势有关系吗?可不可以认为原子电荷是附近区域静电势的加和呢?
2、读了卢天老师的 ...

1 没必然关系。不能
仔细看里面的资料了解相关常识、静电势的定义
静电势与平均局部离子化能综述合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

2 理解得明显不对。只有绘制静电势等值面图,每个点的静电势值才是相同的,类似这种情况:
绘制静电势全局极小点+等值面图展现孤对电子位置的方法
http://sobereva.com/493http://bbs.keinsci.com/thread-13638-1-1.html
和下文绘制的这种图完全不是一码事
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图(含视频演示)
http://sobereva.com/443http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html

不是

3 先弄清楚想算哪种原子电荷,相关知识看http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml。如果列表里有你想算的那种,可以这样显示


这些问题属于波函数分析问题,应当发到本论坛的波函数分析专版,上面有波函数分析与Multiwfn专门答疑帖,本帖1L已经提到了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

62

帖子

0

威望

815

eV
积分
877

Level 4 (黑子)

9505#
发表于 Post on 2019-8-15 21:29:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva老师好,我用oniom计算一个分子,进行下一步计算的时候,我想读取上一步计算结果中chk文件的波函数,我可以用guess=read;geom=check这个关键词吗?我现在使用的是高斯09D版本计算

95

帖子

0

威望

237

eV
积分
332

Level 3 能力者

9506#
发表于 Post on 2019-8-15 21:58:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lily19830130 于 2019-8-15 22:30 编辑

老师,我计算过渡金属催化烃的反应机理,用的是B3lyp。审稿人想让我考虑一下色散作用(我前面问了),您建议我用D3或者D4校正,我利用GD3BJ校正后发现,加色散校正优化后的结构与不加色散校正相比,变化不大;比较优化完的能量,中间体和过渡态的能量大概都有24kcal/mol的差值(是不是应该比较加色散和不加色散的单点的能量?)。请问,这种情况如何界定色散作用是大还是小,该反应体系是否需要考虑色散作用呢?如果要考虑,能量值用CCSD(T)算过了,如何把色散校正加进去呢?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126648

管理员

公社社长

9507#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-16 07:02:18 | 只看该作者 Only view this author
陈丢丢 发表于 2019-8-15 21:29
sobereva老师好,我用oniom计算一个分子,进行下一步计算的时候,我想读取上一步计算结果中chk文件的波函数 ...

不能
ONIOM的chk里不含有波函数信息
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
126648

管理员

公社社长

9508#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2019-8-16 07:03:55 | 只看该作者 Only view this author
lily19830130 发表于 2019-8-15 21:58
老师,我计算过渡金属催化烃的反应机理,用的是B3lyp。审稿人想让我考虑一下色散作用(我前面问了),您建 ...

D3对B3LYP的结果影响大的时候说明色散作用影响大
算过渡金属反应的时候,对于B3LYP,总应当加上D3或D4校正,通常有不可忽视的益处
CCSD(T)本身就能充分体现色散作用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

95

帖子

0

威望

237

eV
积分
332

Level 3 能力者

9509#
发表于 Post on 2019-8-16 08:37:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lily19830130 于 2019-8-16 14:34 编辑
sobereva 发表于 2019-8-16 07:03
D3对B3LYP的结果影响大的时候说明色散作用影响大
算过渡金属反应的时候,对于B3LYP,总应当加上D3或D4校 ...

老师,色散校正是不是只校正能量就可以(加D3单点计算),不需要在家D3的情况下对结构优化吗?跑irc的任务中,需要添加em=GD3BJ吗?谢谢老师!

39

帖子

0

威望

135

eV
积分
174

Level 3 能力者

9510#
发表于 Post on 2019-8-16 09:26:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-8-15 08:18
1 没必然关系。不能
仔细看里面的资料了解相关常识、静电势的定义
静电势与平均局部离子化能综述合集 h ...

谢谢sob老师~下次会注意的!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-5-3 05:57 , Processed in 0.767567 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list